构象搜索案例(Hyperchem)

在这里抛砖引玉，以教科书上的环己烯为例，讲述构象搜索（confromation search）的使用。其实不光Hypercherm可以，Avogadro也可以而且是免费的。教程使用hyperchem只因为界面容易操作。

1. 画出饱和的六元环，即环己烯结构。根据教科书的知识，环己烯有boat和chair两种构型，通常我们通过软件建模能得到最稳定的chair式，难以得到boat。
2. 选中四个碳原子，选择菜单select--name selection--other,填上标示名字TORSION1(自己命名)
3. 菜单compute--conformational search,在构想搜索的窗口选择Options菜单， choosetorsion选中并加入刚才命名的torsion

1. 菜单Option--define ring(定义环状结构部分)

1. 菜单run--start，花上一点时间等等，boat chair 两种构型都出现在搜索列表了。明显chair能量比boat低，而且随机搜索到的次数要多很多

1. 选中构象前的序号，然后put molecular就可以看到相应的结构了。

构象搜索是QSAR以及量化计算前的重要准备工作，关键是体现搜索的思路。