如何建立膜蛋白体系的动力学模型

遥想快十年前，刚接触分子动力学方法，当时难度真是非常高，既要懂程序，又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用，所以软件要发展就必须要有良好的用户界面，当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸，也有软件不断继承发展壮大，例如NAMD，GROMACS，AMBER。

目前成熟的建模方法有两种，一是CHARMM-GUI，二是VMD内置的插件QWIKMD。

1. CHARMM-GUI的在线服务器input generator提供了membrane builder模块： 1.1读取蛋白质的（原子）坐标信息; 1.2 调整取向（Orient）,如果是通道蛋白，就是将通道调整为Z方向，方便LIPID的插入； 1.3确定体系大小;（X，Y方向） 1.4构建组件（LIPID，TIP3P）; 1.5组合组件; 1.6体系的平衡模拟

1. VMD1.93提供了QwikMD，AdvancedMD模式里提供了membrane模型的建立。