所有的样本都可以harmony合并分析吗？ 加测了TCR/BCR的单细胞数据能和普通的单细胞样本合并分析呢？

结论：当然不是无脑合并，需要综合考量各种因素。可以去除TCR/BCR相关基因之后进行合并分析。

问题来源

最近遇到一个有意思的问题：朋友自己的单细胞数据加测了TCR/BCR，想和公共数据集的单细胞数据合并分析，但是，公共数据集的单细胞数据没有加测TCR/BCR，这样还可以使用harmony合并分析吗？

我的第一反应是不太好，但是朋友希望能合并。

我的方案

我本来的解决方案：在朋友的原始数据中，只用scRNAseq文库（去掉BCR/TCR文库），重新走一步cellranger 流程。

但是无意间看到一篇文章，感觉这么做也很好啊，还方便快捷

别看人家分低，做的东西还是挺有意思的，通讯是个瑞典人。

通讯作者：Inga-Lill Mårtensson，瑞典哥德堡大学萨尔格伦斯卡医学院医学研究所，风湿病与炎症研究部门，哥德堡，瑞典。电话：+46(0)703640068；电子邮件：（邮箱地址）。

再看下通讯作者过往发的文章，应该是认真做科研的

文献解决方案

使用正则表达式分别去除BCR/TCR基因

1. BCR-genes were removed from the count data using regular expression commands with the following patterns: ‘IG[HKL]V’, ‘IG[KL]J’, ‘IG[KL]C’, ‘IGH[ADEGM]’.
2. TCR-genes were removed from the count data using a regular expression command with the following pattern:’^TR[ABDG][VJC]’. A cluster containing cells positive for CD3E, CD19 and CD14 was discarded. 文献主要结论

当然了，文献里面要解决的根本不是我最开始提出的问题。文章主要说了BCR/TCR会对聚类结果有影响

• the genes that encode B-cell antigen receptors interfere with the process of unsupervised clustering, as well as the down-stream analyses of these cells.
• the genes that encode T-cell receptors interfere with the unsupervised clustering of these cells.
• This interference is likely due to the high frequencies of B- and T-cell receptor genes among the genes that account for most of the variance in each of the PCs used for the clustering.
• The effects of the B-cell and T-cell receptor genes are abrogated upon their exclusion before clustering is undertaken.

可喜的是，人家提供了代码

Code availability

All custom codes used for data processing and computational analyses are available under project BCR_TCR_Interference at https://github.com/MartenssonLab/.

欢迎批评指正

           ——生信小博士