从R内部运行Plink
我正在尝试使用Windows计算机SSH到Mac服务器，运行一个程序，然后将输出数据传输回我的Windows。我已经能够使用Putty成功地手动完成此操作。
现在，我正在尝试使用Plink自动化这个过程。我已经将Plink添加到我的Windows路径中，因此，如果我打开cmd并键入命令，我就可以成功登录并将命令传递给服务器：
但是，我想使用R将其自动化，以简化数据分析过程。根据一些搜索，互联网似乎认为shell命令最适合这项任务。不幸的是，它似乎没有找到Plink，尽管通过shell向终端传递命令是有效的：
如果我尝试相同的操作，但是使用shell手动设置Plink的路径，不会返回任何输出，但命令似乎不会运行(例如，没有创建TESTFOLDER )：
有人知道为什么当我尝试从R调用Plink时，它不可用吗？或者，如果有关于如何在R中实现这一点的其他想法，也将不胜感激。
提前谢谢你，-sam
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2015-05-21 03:34:06
我来这里是为了寻找这个问题的答案，所以我只能提供这么多，但我想我已经设法使用shell函数在R中实现了PLINK的初始步骤……
这是对我有效的方法：
R:中的NOT
- 安装PLINK并将其位置添加到您的路径中。
- 从PLINK的教程(http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/tutorial.shtml)下载示例文件，并将它们放在路径不包含空格的文件夹中(除非您知道我不知道的内容，在这种情况下，请将其空格)。
然后，在R中：：
## Set your working directory as the path to the PLINK program files: ##
setwd("C:/Program Files/plink-1.07-dos")
## Use shell to check that you are now in the right directory: ##
shell("cd")
## At this point, the command "plink" should be at least be recognized
# (though you may get a different error)
shell("plink")
## Open the PLINK example files ##
# FYI mine are in "C:/PLINK/", so replace that accordingly...
shell("plink --file C:\\PLINK\\hapmap1")
## Make a binary PED file ##
# (provide the full path, not just the file name)
shell("plink --file C:\\PLINK\\hapmap1 --make-bed --out C:\\PLINK\\hapmap1")..。诸若此类。
这就是我到目前为止所做的一切。但如果幸运的话，镜像这些代码行的结构和通用格式应该允许您在R中使用PLINK做您喜欢的事情。
希望这能有所帮助！
PS。当您运行上面的代码行时，PLINK输出应该只会在R控制台中打印出来。
万事如意，
- CC.
Stack Overflow用户
发布于 2015-05-21 07:14:02
我看到了Caitlin的回复，这提醒了我，我从来没有更新过我的解决方案。我的方法是一种变通的方法，而不是解决我的特定问题，但它可能对其他人有用。
将Plink添加到我的路径后，我在Windows中创建了一个包含所有Plink命令的批处理脚本，然后使用命令shell从R调用批处理脚本：
所以，在R中：
shell('BatchScript.bat')批处理脚本包含了我想在Plink中使用的所有命令：
:: transfer file to phosphorus
pscp C:\Users\Sam\...\file zipper@144.**.**.208:/home/zipper/
:: open connection to Dolphin using plink
plink -ssh zipper@144.**.**.208 Batch_Script_With_Remote_Machine_Commands.bat
:: transfer output back to local machine
pscp zipper@144.**.**.208:/home/zipper/output/ C:\Users\Sam\..\output\希望这对某些人有帮助！
https://stackoverflow.com/questions/27966399
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