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问用于每个群集的FeatureScatter的facet_grid
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Stack Overflow用户

提问于 2021-02-10 19:00:01

回答 1查看 114关注 0票数 0

我想知道是否可以在FeatureScatter函数中为每个集群绘制facet_grid图。我想要绘制的两个特性是由feature1和feature2定义的，方面应该是我的对象中定义为pbmc.big$seurat_clusters中的级别的集群。

FeatureScatter(object = pbmc.big,
               feature1 = "MALAT1",
               feature2 = "percent.mito",
               plot.cor = T)

ggplot2

seurat

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2021-03-13 17:42:58

值得一提的是，您使用的数据可以从this link下载并像这样创建：

library(Seurat)
library(magrittr)

pbmc.big <- Read10X(data.dir = "../data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")
pbmc.big <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.big)
pbmc.big$percent.mito = PercentageFeatureSet(pbmc.big,pattern="^MT-")

运行群集：

pbmc.big = pbmc.big %>% 
SCTransform() %>% 
RunPCA() %>% 
RunTSNE(dims=1:15) %>% 
FindNeighbors(dims=1:15) %>% 
FindClusters(res=0.1)

你可以像这样刻面：

g = FeatureScatter(object = pbmc.big,
               feature1 = "MALAT1",
               feature2 = "percent.mito",
               plot.cor = TRUE)

g + facet_wrap(~colors)

缺少相关性，如果需要的话，一种方法是提取变量并绘制图表：

library(ggpubr)

data.frame(cluster = Idents(pbmc.big),
MALAT1 = FetchData(pbmc.big,"MALAT1"),
percent.mito = FetchData(pbmc.big,"percent.mito")) %>%
ggplot(aes(x=MALAT1 , y=  percent.mito, col = cluster)) +
geom_point(size=1) +
facet_wrap(~cluster)+
stat_cor(method = "pearson")

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/66135601

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