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问从以特定字符开始的行中移除子字符串。
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Stack Overflow用户

提问于 2022-11-28 15:06:06

回答 4查看 41关注 0票数 1

我试图在行中更改以>开头的长名称，以便只保留该部分直到Stage_V_sporulation_protein...

>tr_A0A024P1W8_A0A024P1W8_9BACI_Stage_V_sporulation_protein_AE_OS=Halobacillus_karajensis_OX=195088_GN=BN983_00096_PE=4_SV=1
MTFLWAFLVGGGICVIGQILLDVFKLTPAHVMSSFVVAGAVLDAFDLYDNLIRFAGGGATVPITSFGHSLLHGAMEQADEHGVIGVAIGIFELTSAGIASAILFGFIVAVIFKPKG
>tr_A0A060LWV2_A0A060LWV2_9BACI_SpoIVAD_sporulation_protein_AEB_OS=Alkalihalobacillus_lehensis_G1_OX=1246626_GN=BleG1_2089_PE=4_SV=1
MIFLWAFLVGGVICVIGQLLMDVVKLTPAHTMSTLVVSGAVLAGFGLYEPLVDFAGAGATVPITSFGNSLVQGAMEEANQVGLIGIITGIFEITSAGISAAIIFGFIAALIFKPKG

我正在做一个循环：

cat file.txt | while read line; do 
  if [[ $line = \>* ]] ; then
    cut -d_ -f1-4 $line; 
  fi; 
done

但是在地址文件中，而不是在文件中的行(我得到cut: >>tr_A0A024P1W8_A0A024P1W8_9BACI_Stage_V_sporulation_protein_AE_OS=Halobacillus_karajensis_OX=195088_GN=BN983_00096_PE=4_SV=1: No such file or directory)。

我想要的输出是：

>tr_A0A024P1W8_A0A024P1W8_9BACI        
MTFLWAFLVGGGICVIGQILLDVFKLTPAHVMSSFVVAGAVLDAFDLYDNLIRFAGGGATVPITSFGHSLLHGAMEQADEHGVIGVAIGIFELTSAGIASAILFGFIVAVIFKPKG
>tr_A0A060LWV2_A0A060LWV2_9BACI        
MIFLWAFLVGGVICVIGQLLMDVVKLTPAHTMSTLVVSGAVLAGFGLYEPLVDFAGAGATVPITSFGNSLVQGAMEEANQVGLIGIITGIFEITSAGISAAIIFGFIAALIFKPKG

如何更改实际行？

bash

bioinformatics

fasta

回答 4

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2022-11-28 15:21:02

在目前的问题状态下，似乎最容易做到：

awk '/^>/ {print $1,$2,$3,$4; next}1' FS=_ OFS=_ file.txt

在行的开头与>匹配的行只得到打印的前四个字段，由_ (OFS的值)分隔。不匹配的行打印不变。

票数 1

Stack Overflow用户

发布于 2022-11-28 15:13:48

使用sed的一种方法

sed -E '/^>/s/(.*)_Stage_V_sporulation_protein/\1/' file

票数 1

Stack Overflow用户

发布于 2022-11-28 15:15:14

一条sed单线线将是：

sed '/^>/s/^\(\([^_]*_\)\{3\}[^_]*\).*/\1/' file

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/74602571

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