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问剪切列并附加到同一文件
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Stack Overflow用户

提问于 2019-12-17 22:36:45

回答 2查看 546关注 0票数 0

我正在MacOS上处理一个选项卡分隔的文件。该文件包含15列和数千行。我希望剪切列1、2和3，然后将它们附加到第11、12和13列。我希望在管道中这样做，这样就不需要创建额外的文件了。我找到的唯一一篇文章使用了命令sponge，但我显然在MacOS上没有它，或者它不在我的BASH中。

输入tsv文件实际上是在同一行代码中生成的，

arbitrary command to generate input.tsv | cut -f1-3,11-13 | <Step to cut -f4-6 and append -f1-3> | sort > out.file

输入tsv

chr1    21018   21101   A   B   C   D   E   F   G   chr1    20752   21209
chr10   74645   74836   A   B   C   D   E   F   G   chr10   74638   74898
chr10   75267   75545   A   B   C   D   E   F   G   chr10   75280   75917
chr4    212478  212556  A   B   C   D   E   F   G   chr4    212491  213285

期望输出tsv

chr1    21018   21101
chr1    20752   21209
chr10   74638   74898
chr10   74645   74836
chr10   75280   75917
chr4    212478  212556
chr4    212491  213285

awk

append

pipe

cut

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2019-12-17 22:44:33

使用珀尔和awk：

代码

perl -pe 's/chr[0-9]+/\n$&/g' file | awk '/./{print $1, $2, $3}'

成品率输出

chr1 21018 21101
chr1 20752 21209
chr10 74645 74836
chr10 74638 74898
chr10 75267 75545
chr10 75280 75917
chr4 212478 212556
chr4 212491 213285

票数 0

Stack Overflow用户

发布于 2019-12-20 19:04:53

下面是简短的awk解决方案：

awk '{print $1, $2, $3, "\n" $1, $12, $13;}' input.tsv

产出：

chr1 21018 21101 
chr1 20752 21209
chr10 74645 74836 
chr10 74638 74898
chr10 75267 75545 
chr10 75280 75917
chr4 212478 212556 
chr4 212491 213285

解释

{ # for each input line
    print $1, $2, $3; # print 1st field, append 2nd and 3rd fields. Terminate with new line
    print $1, $12, $13; #print 1st field, append 12th and 13th field. Terminate with new line
}

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/59383092

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