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问根据两列查找重复项，然后对另一列进行求和
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Unix & Linux用户

提问于 2021-05-20 22:13:45

回答 1查看 371关注 0票数 0

我有一个像这样的文件，

 REF     QUERY   COVR    COVQ
sca_10_chr8_2_0 scaffold_2     0.08    2.48
sca_10_chr8_2_0 scaffold_1     0.02    0.02
sca_10_chr8_2_0 scaffold_2      0.22    0.06
sca_10_chr8_2_0 scaffold_2      0.21    0.05
sca_10_chr8_2_0 scaffold_1     0.21    0.27
sca_10_chr8_2_0 scaffold_2     0.21    0.64
sca_10_chr8_2_0 scaffold_4      0.20    0.06
sca_10_chr8_2_0 scaffold_8      0.20    0.07
sca_10_chr8_2_0 scaffold_10     0.21    0.08

对于第1和第2列的每个不同组合，或基于第1和第2列的重复组合，我希望将第4列(总覆盖范围)和如下所示的输出文件：

REF QUERY COVQ
sca_10_chr8_2_0  scaffold_2  1.52
sca_10_chr8_2_0  scaffold_1  0.29
sca_10_chr8_2_0  scaffold_4  0.06
sca_10_chr8_2_0  scaffold_8  0.07
sca_10_chr8_2_0  scaffold_10  0.08

linux

bash

awk

grep

回答 1

Unix & Linux用户

发布于 2021-05-20 23:17:47

使用米勒：

$ mlr --pprint --ofmt '%.2f' stats1 -a sum -g REF,QUERY -f COVQ yourfile
REF             QUERY       COVQ_sum
sca_10_chr8_2_0 scaffold_2  3.23
sca_10_chr8_2_0 scaffold_1  0.29
sca_10_chr8_2_0 scaffold_4  0.06
sca_10_chr8_2_0 scaffold_8  0.07
sca_10_chr8_2_0 scaffold_10 0.08

票数 2

页面原文内容由Unix & Linux提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://unix.stackexchange.com/questions/650672

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