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问基于数据帧中列的树状图的颜色分支
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Stack Overflow用户

提问于 2019-04-18 05:51:12

回答 1查看 330关注 0票数 2

我希望根据hclust函数中使用的数据帧的列中的值为树状图的分支着色。

在您将此问题标记为重复之前，请参阅链接到此question的此question。请注意，这实际上从未在答案中完全解决。根据树状图的拓扑对分支进行着色很容易，但是我不知道如何根据hclust函数中使用的数据帧中的列对分支进行着色。

我尝试过以两种非常相似的方式使用dendextend包：

library(dendextend)

par(mar = c(2,1,0,8)) #make sure the whole plot is on the page
hc <- hclust(dist(mtcars)) #cluster dataframe based on distance
dend <- as.dendrogram(hc) #use dendextend to create dendrogram
dend2 <- color_branches(dend, col = mtcars$cyl) #attempt but fail at coloring branches
plot (dend2, horiz = TRUE) #plot dendrogram

和

dend3 <- assign_values_to_leaves_edgePar(dend, value = mtcars$cyl, edgePar = "col") #attempt but fail at coloring branches
plot (dend3, horiz = TRUE) #plot dendrogram

用factor(mtcars$cyl替换mtcars$cyl也不能解决这个问题。

这两种解决方案都会产生颜色不正确的树状图。

它似乎是根据cyl列中的值的顺序从树形图的底部到顶部对颜色进行排序，但由于分支不再按该顺序排列，因此着色没有任何意义。作为解决这个问题的一种方法，我不希望对数据帧进行排序。

谢谢。

dendrogram

hclust

dendextend

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2019-04-18 06:07:57

你需要按照树状图中树叶的顺序排列颜色。您可以使用labels()提取叶子上使用的名称

dend2 <- color_branches(dend, col=mtcars[labels(dend),"cyl"])

票数 2

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/55736471

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