使用BioPython将FASTA seq_ID替换为来自dict的新ID
使用BioPython将FASTA seq_ID替换为来自dict的新ID
提问于 2018-08-14 07:32:34
我有一个很大的文件，里面有很多FASTA序列。其中一些需要重命名--我正在尝试将FASTA序列ID替换为它们的更新版本。我将信息存储在字典中，这样旧ID就是键，新ID就是值。无论我做什么，我似乎既不能替换I，也不能正确地写一个新的fasta文件。我正在使用SeqIO读取我的fasta文件。下面是我的一些代码：
这会产生记录ID的浅层替换，因为它们准确地打印在这里，但实际上并没有在文件本身中更改：
rename_fastas = {'446_was_445_cDNA_v01VT':'446_cDNA_v01VT', '446_was_445_cDNA_v03VT': '446_cDNA_v03VT',
'428PBMC_2_V3': '428_PBMC_2_V3', '428PBMC_3_V3': '428_PBMC_3_V3', '428PBMC_4_V3': '428_PBMC_4_V3', '428PBMC_5_V3': '428_PBMC_5_V3'}
with open('fasta.fsa') as f:
for seq_record in SeqIO.parse(f, 'fasta'):
for k,v in rename_fastas.items():
if seq_record.id == k:
seq_record.id = seq_record.description = seq_record.id.replace(k,v)
print(seq_record.id)这让我在新文件中有了太多的条目：
with open('fasta.fsa') as original,
open('fasta2.fsa', 'w') as corrected:
records = SeqIO.parse(original, 'fasta')
for record in records:
for k, v in rename_fastas.items():
if record.id == k:
record.id = record.description.replace(k, v)
else:
record.id = record.id
SeqIO.write(record, corrected, 'fasta')这也不起作用，我不确定为什么：
with open('fasta.fsa') as f:
for seq_record in SeqIO.parse(f, 'fasta'):
seq_record.id = seq_record.description = seq_record.id.replace('428PBMC','428_PBMC')
seq_record.id = seq_record.description = seq_record.id.replace('446_was_445','446')
yield seq_record任何帮助都将不胜感激！
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2018-08-14 18:14:48
试试那个：
rename_fastas = {'446_was_445_cDNA_v01VT':'446_cDNA_v01VT', '446_was_445_cDNA_v03VT': '446_cDNA_v03VT', '428PBMC_2_V3': '428_PBMC_2_V3', '428PBMC_3_V3': '428_PBMC_3_V3', '428PBMC_4_V3': '428_PBMC_4_V3', '428PBMC_5_V3': '428_PBMC_5_V3'}
with open('fasta.fsa') as original, open('fasta2.fsa', 'w') as corrected:
for seq_record in SeqIO.parse(original, 'fasta'):
if seq_record.id in rename_fastas:
seq_record.id = seq_record.description = rename_fastas[seq_record.id]
SeqIO.write(seq_record, corrected, 'fasta')您可以打开文件进行输入和输出。你有一个带有正确密钥的字典，所以不需要每次都遍历它，只需要让字典做它的工作，并通过它的密钥访问它。如果该键存在于dict中，则用该ID的整个值替换dict中的值。最后，将更正后的记录写入输出文件。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/51831862
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