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生信分析网站（免疫浸润分析）
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 此外，免疫浸润分析是近两年的热点，尤其是免疫治疗获得诺奖之后。 免疫浸润分析比生存分析、差异分析和相关性分析难度更大，因为免疫学是不断延伸、拓展的学科，并不断从理论走向应用、临床，兼有科学性和技术性，比如实验中已经普遍应用的免疫印迹（WB），流式分析，免疫组化和免疫荧光等等 生信分析中，有一种算法叫反卷积分析，英文名叫Deconvolution。 生信开发人员可以先通过预设一个优秀的数据训练集（训练集主要包含了每种不同免疫细胞的基因表达特征），然后通过反卷积算法推算出这个整体样本中究竟有哪些免疫细胞。
7.8K43发布于 2020-08-12 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润：生信论文31 方法写作（oncomine）
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。
1.1K20发布于 2020-08-28 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润：生信论文43肝癌引文写作
数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 跟生信论文42中乳腺癌引文写作对比，该论文的引文写作更简单扼要，各部分描述比例均衡，而且过渡巧妙，流畅，值得借鉴和模仿。 生信论文43--肝癌--引文写作 第一段详细介绍肝癌的流行病学，预后现状和治疗情况，引出诊断和治疗的重要性。 第二段通过Pre-mRNA剪切这一生化过程，并阐释其与肿瘤的关系，最后引出PRPF3基因的功能介绍。 差异分析，组学分析，功能分析和免疫浸润分析。最后给出结论，简明扼要。
91331发布于 2020-08-24 - 来自专栏科研菌
纯生信免疫微环境末班车
作者应用ESTIMATE的算法计算了TCGA中OS（骨肉瘤）队列的免疫评分，将OS病例分为高免疫评分组和低免疫评分组。比较了两组之间的免疫相关基因，通过COX回归分析建立了最佳的免疫风险相关模型。 根据免疫评分的中位数将OS病例分别分为高免疫评分组和低免疫评分组。 1：KM生存分析绘图展示高免疫评分与更好的预后显著相关。高和低免疫评分病例的五年生存率分别为82. 1％和48.5％。 ? 图5：风险评分与风险模型中三个免疫相关基因表达水平的关联 6：KM生存分析：高风险评分与不良预后显着相关，高风险评分和低风险评分的五年生存率分别为45.4％和83.8％。 图6：KM生存曲线表明，风险评分与OS预后显着相关 7：ROC：用于预测1年，3年和5年生存率的风险模型的AUC分别为0.634、0.781和0.809 ? 免疫相关风险评分可预测免疫通路的参与 作者选取M19817（免疫应答）和M13664（免疫系统过程）这两个免疫基因集进行GSEA分析。
87920发布于 2020-08-11 - 来自专栏芒果先生聊生信
复现生信论文36.免疫浸润分析
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 生信论文36是单基因分析的生信论文，单纯生信数据库的数据分析，没有湿实验验证，但是可以发表在接近5分的期刊上，很多分析做得很棒，值得借鉴。我们对文章数据进行复现。 第一部分，差异分析，已经复现。 第三部分，免疫浸润（TIMER数据库），复现如下。 免疫浸润结果分析是生信分析的难点之一，也是果友们沟通交流最多的地方，因为免疫学涉及的内容原理性强，需要理解和积累。 在差异分析和临床意义部分的基础上，作者进行免疫浸润分析。前面的差异分析和临床意义是做筛选，筛选后的免疫浸润分析，是升华。 至于最后用GEPIA数据库的相关性分析功能，确认LAYN基因表达与免疫细胞分子标记表达的相关性，这是一种非常好的数据库结合分析，属于双确认。 ? 这样，关于生信论文36的复现就全部完成了。 ?
4.1K21发布于 2020-07-20 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | Nat.Rev.Immunol | 癌症免疫逃逸、免疫编辑和肿瘤内异质性
免疫介导和非免疫介导的选择过程可能导致不同的克隆间动态，从克隆主导到不同亚克隆的非竞争共存，总体定义了肿瘤内异质性（ITH）。 . - 图片说明 ◉ 免疫编辑与免疫逃逸之间的动态关系定义了肿瘤内异质性（ITH）。◉ 在肿瘤进化过程中，亚克隆获得的遗传和表观遗传改变导致了ITH。 区域性作用的免疫逃逸机制干扰T细胞在肿瘤内的浸润或迁移。 它们的效果仅限于肿瘤区域，这些区域有助于单个肿瘤部位内免疫细胞浸润的异质性。 Para_03 患者数据支持将免疫逃逸机制分为全局、区域和局部机制的概念，因为这些机制与组织部位内和组织部位间的不同免疫表型相关。 ◉ 因此，组织特异性的免疫逃逸机制反映了肿瘤微环境中获得的免疫逃逸机制，在限制T细胞浸润或功能方面具有相似性。◉ ITH，即肿瘤内异质性。
1.3K10编辑于 2025-05-23 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析41.肿瘤浸润免疫与胃癌
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 第41篇论文的分享，继续关注免疫浸润表型。 ? 论文题目涉及预后和免疫浸润两种表型。所谓预后，就是基因表达差异与生存率密切相关。 但是，并不是所有的差异表达都与免疫浸润密切相关。 ? 至于影响因子，本人认为该论文应该3+，但是为什么最终发表在2+的期刊呢？个人认为是期刊选择不匹配，这明明是自身免疫的期刊啊。 CMA1差异表达与胃癌的免疫浸润负相关，与卵巢癌没有相关性。 ?
79750发布于 2020-07-01 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润：生信论文31多肿瘤 思路分析
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 第31篇生信论文，对于肿瘤浸润免疫细胞表型入门和初步认识，非常合适。 ? ? 详细而系统地做差异表达的分析，为后续生信分析提供参考。不过，尽管个人不倾向于TIMER数据库的差异分析，但是这种炫酷的结果，也还不错。 ? 免疫检查点分子与肿瘤浸润免疫细胞的相关性分析。 该论文思路清晰，逻辑明确，作图技巧值得学习，是做肿瘤浸润免疫分析的典范。 这篇免疫浸润的生信分析，值得推荐和借鉴！
2K10发布于 2020-08-28 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润：生信论文40乳腺癌引文写作
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 写作举例--生信论文40--三阴性乳腺癌。 第一段，介绍乳腺癌的背景。 芒果认为，本段开始部分衔接和过渡的不好（绿色背景部分），最好直接切入免疫浸润的主题。后面介绍乳腺癌的免疫逃逸和免疫治疗，思路还是蛮清楚的，值得借鉴。 第四段，解决问题，总结式提出BTN3A2与预后、免疫浸润的关系，再用Besides介导免疫浸润及相关分子机制的介绍。 与生信论文36、37相比，该论文写作的思路并不值得推荐，供果友们参考。
74420发布于 2020-08-21 - 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】83 TNBC单细胞免疫图谱揭示了新的免疫细胞亚群
研究人员从14例naïve TNBC肿瘤患者中分离了9683个肿瘤浸润免疫细胞，并进行单细胞转录组测序，共获得了22个免疫细胞亚群，包括T细胞、巨噬细胞、B细胞和DC细胞。 并且发现TCR+巨噬细胞组成的新免疫细胞亚群广泛分布于TNBC肿瘤中。进一步分析显示免疫细胞中与TCR信号通路和细胞毒性相关的分子上调，表明TCR信号通路被激活。 综上，该文献展示了免疫细胞治疗naïve TNBC肿瘤的单细胞转录组图谱，揭示了新的免疫细胞亚群。 为了发现TNBC免疫治疗的潜在治疗靶点，研究人员试图研究这两种免疫抑制T细胞亚群唯一表达的基因。 总共有71对TCR与CD4+ T细胞共享，31对TCR与CD8+ T细胞共享，52对TCR发生在DN T细胞内。
1.9K20发布于 2021-12-01 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信论文36.肿瘤免疫浸润与胃肠瘤
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 关于肿瘤浸润淋巴细胞（或免疫细胞）表型的研究，确实是研究热点。接下来，我们仍然关注肿瘤浸润免疫细胞的生信分析。 ? ? 这篇论文是单基因分析的生信论文，单纯生信数据库的数据分析，没有湿实验验证，但是可以发表在接近5分的期刊上，很多分析做得很棒，值得借鉴。 ? 摘要写作清晰明了。 如果对免疫或者肿瘤免疫浸润或者免疫微环境有足够的了解，上述分析根本做不好，或者即使做出生信分析，也没法去分析结果的含义。 ? 肿瘤免疫微环境是很复杂的表型，也是值得挖掘的宝藏。 对于不做实验发论文的生信分析更是如此。 ? 根据分析结果，LAYN与单核细胞极化密切相关，这里作者把肿瘤免疫浸润的表型进一步深入，单核细胞极化是更具体的表型。
1.2K20发布于 2020-07-20 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润论文：生信论文41引文写作
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 前面说过，生信论文引文写作有两种通用的方式。第二种思路的说服力稍弱。 生信论文41--胃癌--引文写作 第一段介绍胃癌的流行病学和治疗现状，引出免疫治疗，指出存在的问题，从而提出解决办法，引出免疫浸润等主题。 经典三句式，前两句总结分析内容(差异分析、生存分析和免疫浸润分析)，最后总结给出结论。
63220发布于 2020-08-20 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润论文：生信论文40引文写作
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 写作举例--生信论文40--三阴性乳腺癌。 第一段，介绍乳腺癌的背景。 芒果认为，本段开始部分衔接和过渡的不好（绿色背景部分），最好直接切入免疫浸润的主题。后面介绍乳腺癌的免疫逃逸和免疫治疗，思路还是蛮清楚的，值得借鉴。 第四段，解决问题，总结式提出BTN3A2与预后、免疫浸润的关系，再用Besides介导免疫浸润及相关分子机制的介绍。 与生信论文36、37相比，该论文写作的思路并不值得推荐，供果友们参考。
40421发布于 2020-08-20 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润：生信论文42乳腺癌引文写作
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 跟生信论文40中乳腺癌引文写作对比，该论文的引文写作更详细，对于初次生信阅读和写作有很大的帮助，很友好。但是该论文背景介绍显得过多，而分析又比较少，给人头重脚轻的感觉。因此，引文要做到明了，简要。 生信论文41--乳腺癌--引文写作 第一段详细介绍乳腺癌的流行病学，预后现状和治疗情况，引出诊断和治疗的重要性。 遗憾的是，作者没有进行免疫浸润分析。
73630发布于 2020-08-21 - 来自专栏腾讯云数据库(TencentDB)
让数据库“内生免疫”，腾讯云联合北工大攻坚可信数据库一体机技术体系
5月26日，腾讯云与北京工业大学在京达成战略合作，双方将基于可信计算技术，联合研发面向未来的可信数据库一体机产品，让数据库具备“内生安全免疫”能力。 双方此次合作聚焦的可信计算3.0技术，通过密码学基因构建"主动免疫"机制——从芯片层植入可信根实现身份认证，到运行层实时监测异常行为，形成类似生物免疫系统的内生安全防护体系，使数据库在遭受攻击时能自主识别并隔离风险源
40210编辑于 2025-06-09 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析39.肿瘤浸润免疫细胞表型与肾癌
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 第39篇生信论文的分享。 ? 单纯生信数据库的数据分析，没有湿实验验证，发表在4分+的期刊上。 ? ? 摘要写作，背景中按照疾病背景，引出基因，提出科学问题的逻辑进行，内容稍多。 这种探究跟免疫浸润机制不同，是从基因组学，蛋白水平做不同层次的摸索，是生化分子角度；而免疫浸润的机制探究，是从免疫学和肿瘤学角度出发，立足点不同。 因此，基因组学、蛋白互作和免疫浸润是可以出现在同一篇生信论文中的，是并列关系。 ? 富集分析探究机制。根据GO分析，CXCL基因家族与细胞表面信号通路，蛋白的胞外域和信号转导活性相关。 总体分析，这篇论文的生信技能都是我们在公众号里面分享过的，其中以TIMER数据库的使用为主，难度并不大。在做差异表达的分析时，作者采用oncomine+UALCAN数据库双验证的方式。
1.5K40发布于 2020-06-28 - 来自专栏芒果先生聊生信
免疫浸润论文：生信论文36、37引文写作
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 写作举例--生信论文36--胃肠癌。 第一段，介绍胃肠癌的背景。先介绍胃肠癌的流行病学和预后，引出免疫治疗和科学问题；接着，用 in addition再次提升研究的重要性，最后总结出研究的紧迫性。 作者通过前人研究阐释LAYN通过免疫浸润影响肿瘤预后，最后提出待研究的主题。 写作举例--生信论文37--肺癌、卵巢癌和胃癌。 第一段，介绍实体瘤的背景，引出肺癌、卵巢癌和胃癌，并引出免疫治疗和存在问题；接着，用 moreover引出免疫浸润，最后总结出研究的紧迫性。 总结生信论文36、37，作者均采用第二套思路进行引文的写作。
60320发布于 2020-08-20 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析42.肿瘤浸润免疫与乳腺癌
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 第42篇生信论文的分享。 ? ? 论文题目稍显简单，其实可以点出与肿瘤免疫浸润表型相关。影响因子3+。 ? 摘要部分，言简意赅，尤其是数据库的介绍，穿插在结果的叙述之中。 不过，对于单基因的差异分析，尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析，芒果建议采用双确认模式，确实做到统筹兼顾，有局部聚焦（oncomine）和全局通览（TIMER）的神奇效果。 ? 免疫浸润是非常值得关注的表型之一，待挖掘的宝藏也很多。期待果友们多多关照，早早发表论文。 ?
67810发布于 2020-07-01 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析44.肿瘤浸润免疫与胃癌（GEPIA+HPA）
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 第44篇生信论文的分享。题目，显得单薄。文章3分+。 ? ? ? 摘要方法部分，详细介绍数据库，有些是尚未在公众号分享的。 最后，在基因组学分析，通路富集分析，蛋白互作和甲基化分析之后，作者通过TIMER数据库，探究基因差异表达与肿瘤免疫浸润的关系， ? 因此，生信分析逻辑永远重于数据分析。数据库的掌握，并不是多多益善，够用就好。
2.1K30发布于 2020-07-08 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience Foxp3 流式抗体：精准靶向核内 Foxp3，助力肿瘤免疫、自身免疫病研究
在肿瘤免疫治疗、自身免疫病机制探索的科研战场上，调节性 T 细胞（Treg）始终是破解免疫调控谜题的核心靶点。 靶点选对，研究成功一半：Foxp3 为何是免疫研究 "黄金标志物"？免疫研究界早已形成共识：要解析 Treg 的功能机制，Foxp3 是绕不开的关键靶点。 从疾病机制到治疗开发，Foxp3 的研究价值贯穿免疫领域全场景：在肿瘤微环境中，Foxp3+Treg 的浸润程度直接关联免疫治疗疗效与患者预后；在自身免疫病中，Foxp3 突变会导致 IPEX 综合征等严重疾病 聚焦科研热点：解锁多领域研究新可能Elabscience Foxp3抗体的应用场景已全面覆盖当前免疫研究的核心领域，成为科研人员的得力助手：肿瘤免疫微环境分析：精准量化肿瘤组织中 Foxp3+Treg 自身免疫病机制探索：在系统性红斑狼疮、IPEX 综合征等疾病研究中，可动态监测 Foxp3 表达变化，助力揭示免疫耐受失衡机制。
16200编辑于 2025-11-10
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