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Burkholderia pseudomallei中的VI型分泌系统
---- 题目： 通过体内表达技术鉴定了在巨噬细胞入侵伯克霍尔德氏菌（Burkholderia pseudomallei）时诱导的VI型分泌系统 Introduction 类鼻疽（Melioidosis 对于很多细菌病原体，进入或在真核细胞内生存依赖于其功能性的III型或IV型分泌系统（T3SS或T4SS）。bp基因组具有编码从T3SS1-T3SS3三种T3SS的潜力。 IVET使用基因表达策略研究细菌对宿主环境的反应，分析细菌在宿主体内（包括细胞内）的基因表达，也就是说可以选择在感染期转录诱导的基因。 这种方法也证明可以用于鉴定培养的巨噬细胞中表达的细菌基因，而这依赖于氯霉素可以穿透哺乳动物细胞的事实。 我们的结果表明，至少一种VI型分泌系统（T6SS）基因簇以及至少两种不同金属离子获取系统的基因在巨噬细胞摄取后被诱导。
77240发布于 2019-06-11 - 来自专栏生信技能树
B细胞可分泌GABA需要单细胞数据证明
看到了朋友圈转发一个最新的（November 2021）发表在nature杂志的研究成果，日本RIKEN的科研团队首次发现，B细胞竟会分泌一种神经递质——γ-氨基丁酸（GABA），进而抑制细胞毒性T细胞功能 可以看到B细胞并没有特殊之处哦： 当然了，需要跟降维聚类分群结果对应，如下所示： 从全局表达量来说，B细胞其实是非常特殊了，可惜，它的 GABA相关基因 并没有特殊之处 在AML疾病单细胞数据集查询该基因列表 单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较 我们直接看效果： b细胞各个亚群都或多或少表达 GABA相关基因 可以看到， b细胞各个亚群都或多或少表达GABA相关基因，那么这样的结论值得发表在 nature杂志 吗？ 张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚 细胞通讯分析的背景知识 构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析） 细胞通讯分析结果的解读 SCENIC转录因子分析结果的解读 人人都能学会的单细胞聚类分群注释 对单细胞表达矩阵做
58540发布于 2021-11-23 - 来自专栏音乐与健康
音乐触发基因开关，激活胰岛素分泌
糖尿病是全世界范围内非常常见的代谢性疾病，由于胰岛素分泌缺陷和/或其生物作用受损，导致高血糖，进而导致各种组织，特别是眼、肾、心脏、血管、神经的慢性损害、功能障碍。 关键词：音乐；基因；胰岛素；分泌；体感；声波；情绪；心理；健康；糖尿病；细胞；多模态而最近，苏黎世联邦理工学院的研究人员开发出了一种新方法——通过播放音乐刺激细胞在几分钟内释放胰岛素，例如皇后乐队的热门歌曲 特定音乐促进胰岛素分泌研究团队首先确定了激活离子通道效果最强烈的音乐的音量和频率，他们发现，60分贝左右的音量水平和50赫兹的低音频率是触发离子通道打开的最有效条件。
26010编辑于 2025-10-10 - 来自专栏单细胞天地
内分泌器官胰岛的细分单细胞亚群
让我们从内分泌器官胰岛的细分单细胞亚群开始吧，首先我们让chatGPT帮我们回忆一下内分泌器官的概念啦，它是指能够产生和分泌激素（内分泌物质）的器官，这些激素通过血液传递到体内其他部位，对生理活动产生调节和控制作用 内分泌器官广泛分布在人体各个系统中。以下是一些主要的内分泌器官： 甲状腺： 产生甲状腺激素，对新陈代谢和生长发育有重要影响。 心脏： 分泌心钠肽，对调节体液平衡和血压有影响。 脾脏： 产生多种激素，包括胰高血糖素和免疫相关激素。 再让chatGPT告诉我们 胰岛（胰腺的内分泌器官）中的两种主要类型的内分泌细胞： 胰岛α细胞： 主要激素： 胰高血糖素（glucagon） 功能： 胰高血糖素的主要作用是升高血糖水平，通过促使肝脏释放葡萄糖来实现 这些内分泌细胞在胰岛中的分布并非均匀的，而是形成了特定的结构，使得它们能够协调地调节血糖水平和其他代谢过程。研究人员通过单细胞技术等先进技术，能够更深入地了解每一种内分泌细胞的亚群和功能特性。
36110编辑于 2024-02-01 - 来自专栏音乐与健康
揭示动作电位发放模式调控多巴胺分泌新机制
该研究发现在生理情况下存在一条GPCR-D2R调控多巴胺分泌的新通路，动作电位频率/电压通过直接作用于GPCR-D2R来调节下游电压门控型钙通道（VGCCs）的功能，进而调控多巴胺分泌，其中D131是D2R 这条新通路对多巴胺分泌的调控贡献可高达50%，提示其具有重要的生理意义，为神经元电活动调控突触传递功能和相关疾病治疗提供新理论和新思路。研究发现，D2R神经兴奋依赖性调控多巴胺在体分泌。 研究人员在中脑多巴胺脑区向前投射的前脑内侧束（MFB）给予不同频率的电刺激，通过碳纤维电极CFE实时记录纹状体的多巴胺分泌，发现D2R的拮抗剂HP和激动剂QP均在低频刺激下（20 Hz）显著调控多巴胺分泌 以上结果表明，D2R对多巴胺分泌的调控作用受到神经兴奋模式的精准调控。图1 GPCR-D2R对在体纹状体多巴胺分泌的调节具有频率依赖性 研究还发现，D2R神经兴奋依赖性调控离体脑片多巴胺分泌。 ，即生理状态下D131介导GPCR-D2R对多巴胺分泌的频率依赖性调控。
19700编辑于 2026-02-22 - 来自专栏生信宝典
Cell子刊 | 肠内分泌细胞单细胞测序分析（附资源库传送门）
发现它们一共可以表达14种不同类型的神经内分泌肽，并完成了各EE细胞亚型的神经内分泌肽表达谱的绘制。 研究人员进一步对神经内分泌肽受体在EE细胞中的表达模式进行了分析，发现EE细胞表达的绝大多数神经内分泌肽，其受体并不在EE细胞中表达；而EE细胞表达的绝大多数受体，其相应的配体也表达于其他组织中，提示EE 有趣的是，某些EE细胞表达的神经内分泌肽，其受体也表达在临近的或远距离的EE细胞亚型中，提示EE细胞之间可能存在旁分泌或远距离交流机制。 接下来，研究人员进一步探索了EE细胞不同亚型的分化机制。 在前段肠道区域中存在一类AstC和Tk均不表达的EE细胞，且这些EE细胞表达另一种神经内分泌肽sNPF，这类EE被命名为Class III EE。 最后，研究人员进一步探索了与神经内分泌肽的表达模式高相似性或互斥性的转录因子，并从中发现了hbn, NK7.1，nlp等转录因子对EE多个细胞亚型的分化作用，最终构建了调控EE亚类分化的转录因子代码（图
1.4K30发布于 2019-12-21 - 来自专栏人称T客
【饼哥开扒】CRM荷尔蒙分泌过剩，节操的下限在哪里？
CRM荷尔蒙分泌过剩的结果就是，再次刷新节操下限的“急死你”世界纪录，人家阿基米德也只是吹个牛B翘起地球，您这已经成功通过节操这个平台将地球击穿。
77450发布于 2018-03-16 - 来自专栏生信技能树
细胞通讯分析的背景知识
人们可以从基因表达中推断出CCI和CCC，尤其是在单细胞转录组测序之后，以RNA为代表的细胞信息之间的相互作用更能够对其进行解析。 主要是流程就是根据数据库记录的参与细胞间通讯的相互作用蛋白列表，筛选表达矩阵后，看配体和受体表达量根据某个评分函数的交流得分，多个配体和受体聚合成为细胞与细胞之间的总体交互状态，最后通过网络可视化展现出来 自分泌，旁分泌，近分泌和内分泌 自分泌信号转导是指细胞内通讯，细胞分泌配体，这些配体用于通过同源受体诱导同一细胞上表达的那些分子的细胞应答。 旁分泌细胞间的通讯不需要细胞间的接触，而是取决于信号分子在分泌后从一个细胞扩散到另一个细胞。 内分泌细胞间的通讯代表细胞间的通讯，信号分子被分泌并通过诸如血浆的细胞外液传播很长一段距离。
1.3K32发布于 2020-12-17 IFN-β调控TLR4通路下游IL-12p70分泌的机制研究
既往研究已证实IL-12p70的表达受多种信号通路调控，但其上游决定性因素及其在人群中的变异机制仍未完全阐明。 二、IL-12p70分泌的个体差异现象（一）多种刺激条件下细胞因子分泌谱分析研究首先收集健康受试者全血样本，采用27种不同刺激物进行体外激活，系统检测32种分泌蛋白的表达水平。 然而，免疫表型分析揭示，低应答组CD14+单核细胞表面HLA-DR及CD86的表达水平显著降低。 四、IFN-β作为上游调控因子的鉴定（一）转录组差异分析为进一步解析IL-12p70分泌差异的分子基础，研究对对照组与LPS刺激组进行了全基因组表达谱分析。 差异表达最显著的基因集中于HLA家族，与流式细胞表型结果高度一致。此外，IFN-γ信号通路相关基因如CIITA、MX1、IDO1亦呈现显著差异表达。
7810编辑于 2026-02-24- 来自专栏单细胞天地
垂体神经内分泌肿瘤的单细胞转录组和基因组分析
login=false 摘要 垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs，也称为垂体腺瘤）是第二常见的颅内肿瘤，大约每 1000 人中有 1 人发生。 PIT-1 谱系和促肾上腺皮质激素肿瘤通常会分泌过量的激素，这会导致高催乳素血症（分泌催乳素的促泌乳素肿瘤）、肢端肥大症（分泌生长激素的促甲状腺激素肿瘤）、甲状腺功能亢进（分泌促甲状腺激素的促甲状腺激素肿瘤 最后确定了 3 种正常内分泌细胞类型：生长激素细胞、泌乳素细胞和促性腺激素细胞。肿瘤和配对的正常细胞的比较表明，下调基因是促性腺激素肿瘤相关，而上调基因是关于生长激素和泌乳素肿瘤的。 第一组是 10 个 PIT-1 阳性肿瘤的 PIT-1 谱系 第二组是 4 个 T-PIT 阳性肿瘤的促肾上腺皮质激素谱系 第三组是 8 个促性腺激素肿瘤和 1 个 T-PIT 和 SF-1 异常共表达的肿瘤 图F能够看到，干细胞特异性SOX2和SOX9在一些肿瘤的一小部分细胞中表达。表达 T-PIT 和 SF-1 (P11) 的肿瘤中也会显著表达SOX9，反映了肿瘤的转录失调。
96321编辑于 2022-03-14 - 来自专栏用户7627119的专栏
细胞相互作用在单细胞转录组中的应用（一）
特别是，配体-受体对可用于从其同源基因的协调表达中推断细胞间的通讯。 细胞相互作用类型 细胞互作的类型主要包含四类，分别是自分泌、旁分泌、近分泌和内分泌。 自分泌信号转导是指细胞内通讯，细胞分泌配体，这些配体用于通过同源受体诱导同一细胞上表达的那些分子的细胞应答；旁分泌细胞间的通讯不需要细胞间的接触，而是取决于信号分子在分泌后从一个细胞扩散到另一个细胞；近分泌依赖于接触的细胞间通讯依赖于间隙连接或膜纳米管等其他结构 ，使信号分子直接在细胞之间传递，而不会分泌到细胞外；内分泌细胞间的通讯代表细胞间的通讯，信号分子被分泌并通过诸如血浆的细胞外液传播很长一段距离。 随机打乱细胞类型标签，计算相互作用平均表达量；重复1000次，得到平均表达量的分布；如果用鉴定细胞类型计算的平均表达量较高，大于分布的top50，那么我们可以认为这一对相互作用的P值小于50/1000= 如果有一个亚基的表达量等于0，那么配体Li 的表达量等于0，这跟cellphoneDB的思想类似；Li 的表达量跟LA正相关，LI负相关；Rj的计算方法跟L一样。
2.6K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析）
主要是流程就是根据数据库记录的参与细胞间通讯的相互作用蛋白列表，筛选表达矩阵后，看配体和受体表达量根据某个评分函数的交流得分，多个配体和受体聚合成为细胞与细胞之间的总体交互状态，最后通过网络可视化展现出来 自分泌，旁分泌，近分泌和内分泌 自分泌信号转导是指细胞内通讯，细胞分泌配体，这些配体用于通过同源受体诱导同一细胞上表达的那些分子的细胞应答。 旁分泌细胞间的通讯不需要细胞间的接触，而是取决于信号分子在分泌后从一个细胞扩散到另一个细胞。 近分泌，即依赖于接触的细胞间通讯依赖于间隙连接或膜纳米管等其他结构，使信号分子直接在细胞之间传递，而不会分泌到细胞外。 内分泌细胞间的通讯代表细胞间的通讯，信号分子被分泌并通过诸如血浆的细胞外液传播很长一段距离。
1.5K40发布于 2020-12-17 - 来自专栏量子位
Cell：都怪皮肤分泌的羧酸太“诱蚊”
分泌羧酸越多的人，往往越容易被蚊子咬。 这群科学家分别来自霍华德-休斯医学研究所等多家纽约的研究机构。他们的新发现已经登上了Cell杂志。 首先，研究人员对比了蚊子对各位参与者的偏好度，并分析了各位被试皮肤分泌的多衍生化合物。 被试者中有一部分特别招蚊子，而另一群人则很少被蚊子咬。 研究结果显示，分泌这种羧酸越多的人，就越受蚊子的欢迎；反之，分泌羧酸较少的人就没那么招蚊子。 好了，说完人身上的主观因素，再来聊聊第二点：蚊子身上的因素。 其一，康奈尔大学的研究团队此前发现蚊子的嗅小球对癸醛和十一醛格外敏感，这两种分子的分泌旺盛人群也是蚊子喜欢的。 相关成果论文之前在Nature子刊上发表。 现在这个新研究的论文一作，Maria Elena De Obaldia博士指出： 发现了羧酸对蚊子富有吸引力后，我们就能探索更多解决方法，比如通过涂抹东西或改变饮食来调节分泌。
34340编辑于 2022-12-08 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组学揭示适应内分泌治疗的多步骤疗法
cell被认为是发展为逐步累积transcriptomic reprogramming和genetic mutations而最终获得耐药性cells的前体；这些特征被概括为PA signatures，其表达在 Cells在短期ED的过程中逐渐显示更高的PA signature(以及其中一些marker gene)表达，但没有LTED signature表达(用AUCell进行quantify)；这说明LTED CTC比healthy blood中PA signature高 CTC cluster和CTC single cell相比，前者的PA signature/EMT/Cell cycle signature表达更高 TCGA: luminal A表达PA signature高于luminal B，吻合前者有更长relapse latency的事实 在luminal A中，PA genes内部的co-expression
97220发布于 2020-03-30 - 来自专栏作图丫
影响因子9分+的TCGA泛癌分析思路
结果解析 01 分泌基因在多种癌症中的表达分析 研究人员对于被Human Protein Atlas预测具有至少一种分泌蛋白质的基因，筛选差异表达的基因，与正常样本相比，2933 个secretome 作者研究了12种癌症类型中基于癌症转录组的分泌体的多样性和复杂性。与正常组织相比，肿瘤的分泌组异常基因数量差异很大。 Fig.1 02 分泌基因揭示了人类癌症内外恶病质的潜在介质 鉴于许多分泌可溶性因子与不同类型肿瘤中的恶病质有关，这些肿瘤之间共享的分泌蛋白基因编码有可能揭示该综合征发病机制的关键因素。 重要的是，分泌蛋白的共同上调基因揭示了肿瘤微环境中恶病质的潜在介质，特别是在与该综合征高度相关的肿瘤中。 在单一癌症类型中检测到的上调分泌体基因，特别是与恶病质高度相关的基因，是肿瘤特异性候选基因。 而CIFs的表达水平与肿瘤分级之间没有相关性（Fig.4）。 Fig.4 06 恶病质诱导因子的表达预测了癌症的结果 作者使用生存分析平台比较了CIFs在肿瘤中的表达水平和患者的预后。
1.5K20编辑于 2022-03-29 知识分享--肿瘤相关成纤维细胞在肿瘤耐药和肿瘤进展中的作用
TME中的成纤维细胞在开放性伤口中，成纤维细胞会被激活为肌成纤维细胞，通过分泌胶原蛋白促进愈合。此过程会表达α-平滑肌肌动蛋白（SMA）和成纤维细胞活化蛋白（FAP）等激活标志物。 iCAFs高表达IL-1受体而低表达α-SMA，由IL-1诱导产生且远离癌细胞分布。值得注意的是，iCAFs与myCAFs存在相互转化关系，可响应IL-1和TGF-β等细胞因子发生表型转换。 乳腺癌患者asporin高表达与较好预后相关，但前列腺癌模型显示asporin缺失可减少肿瘤干细胞和间质细胞，增加CD8+细胞——这种矛盾结果提示asporin作用可能因癌种和TME状态而异补体分泌CAFs csCAFs主要分泌C3、C7等补体蛋白，其具体功能和空间分布尚未阐明。值得注意的是，PDAC新辅助治疗中，CAFs分泌的补体蛋白表达增强与患者生存改善相关，提示csCAFs可能影响癌症治疗效果。 CTGF靶向治疗机制：CAFs分泌的CTGF通过调控增殖和EMT促进肿瘤进展，其高表达与不良预后相关突破性进展：抗CTGF-1抗体pamrevlumab联合吉西他滨/白蛋白紫杉醇治疗胰腺癌时，显著提升疗效且未增加毒性
1.1K30编辑于 2025-07-28- 来自专栏生信宝典
上海药物所等发现肥胖的潜在治疗新靶点
然而，肝内脂代谢的调节机制与肝因子表达分泌调控尚未被完全阐明。 研究团队通过比较具有不同身体质量指数（BMI）值的肥胖患者肝脏中Glce的表达发现其与BMI值和HOME-IR等代谢指数呈负相关。 Glce缺失引发的肥胖和肝损伤表型，而Glce或其酶活突变体在体内过表达也能削弱高脂饮食诱导下小鼠体重增长、脂肪过度分化和肝损伤进程。 上述研究表明，肝脏中Glce可通过影响GDF15蛋白的分泌，维持机体能量代谢稳态。 肝脏中Glce调控GDF15分泌影响肝脂代谢的新机制
34110编辑于 2023-08-30 - 来自专栏生命科学
Notch 信号通路的抑制剂、检测 | MedChemExpress
提到大名鼎鼎的 γ-分泌酶，肯定有小伙伴抢答“它是淀粉样蛋白前体蛋白 (APP) 的切割酶，与阿尔茨海默症有关”，但是今天，我们要说的是 γ-分泌酶的另一重身份——Notch 通路激活的重要切割酶。 NICD 进入细胞核后，与 CSL 等转录蛋白结合，将原本“协同抑制复合物”转换为“协同活化复合物”，进而与 DNA 形成多蛋白-DNA 复合体，激活下游相关基因的表达。 如图 5a 所示，shNotch1 细胞系中 Notch1 信号通路蛋白 (Notch1, Hes1) 低表达，CXCR4 表达显著下调。 MK0752 剂量依赖性降低了活化的 Notch1 (NICD) 的蛋白表达。 γ-分泌酶抑制剂DAPT以剂量依赖性方式抑制 NICD、Hes1、Hes3 和 Hes5 的表达，而 Notch1 的表达没有改变。
1.2K40编辑于 2023-03-06 - 来自专栏单细胞天地
单细胞RNA测序揭示了小肠神经内分泌癌患者的肝转移特异性靶点
第一层次降维聚类 综合数据的聚类分析显示，原发和转移肿瘤中都存在七种主要细胞类型：免疫细胞、内皮细胞、成纤维细胞和四种神经内分泌肿瘤细胞亚型 基于基因表达分析，发现分泌、突触前和突触簇对应于神经内分泌分化的不同阶段 ，原发肿瘤显示分化程度最高的突触肿瘤细胞(表达PDGFA)和成纤维细胞(表达PDGFRA)之间可能存在旁分泌诱导相互作用，但转移性肿瘤中没有。 原发和转移性肿瘤微环境对内皮细胞和血管化的不同影响 检查了三种VEGF同源物的产生：发现与转移性肿瘤相比，原发性肿瘤的神经内分泌肿瘤细胞和免疫细胞中VEGFA的表达水平更高。 VEGFB在原发肿瘤的成纤维细胞中高水平表达，但在其转移性对应物和TGFB1中不表达，而VEGFC在内皮细胞中表达水平相当。 原发性和转移性胃肠道神经内分泌肿瘤样本中配体和相应受体 分泌蛋白的大多数致原性基因在原发肿瘤中表达水平较高，而在转移性肿瘤中则没有。
35510编辑于 2024-02-22 - 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】09 PDGF-DD作用于NK细胞
02 背景 (PDGF)-DD： platelet-derived growth factor，通过自分泌和旁分泌 PDGFRβ 表达信号促进细胞增殖、上皮-间质转化、基质反应和血管生成。 作者对包含4000个纯化的人和老鼠分泌蛋白或NKp44配体的单次跨膜蛋白外域的分泌体蛋白文库进行了无偏选筛选。 通过流式细胞仪检测GFP表达情况，筛选到前30个分泌蛋白，其中PDGF-D被确认为NKp44配体(图1B;表S1)。 PDGF-D是PDGF家族的一员。 ），这表明细胞因子的分泌和/或裂解颗粒的释放。 总之，这些数据表明，暴露于PDGF-DD诱导的NK细胞分泌细胞因子的肿瘤细胞会经历细胞周期阻滞，但也会表达炎性细胞因子、趋化因子和细胞表面配体，这些配体可广泛影响对肿瘤的免疫反应。
1.3K20发布于 2021-02-03
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