文献分享（visium HD）--空间转录组学揭示骨关节炎软骨下骨微环境异质性

尽管越来越多的证据表明软骨下骨改变与骨关节炎（OA）相关，但软骨下骨重塑的空间组织仍不清楚。本研究将空间转录组学应用于人类软骨下骨，识别出一个空间保守的成骨核心...

顶刊分享（visium HD & xenium）--人类心脏发生动力学及其在21三体综合征中的破坏

人类心脏发生需要由心脏中胚层和神经嵴来源的多种细胞类型之间协调相互作用。这些细胞群体 orchestrating 关键过程，如窦房结（SAN，心脏主要起搏器）的...

文献分享（SeekSpace + visium HD + xenium 5k）--多平台单细胞和空间转录组学揭示男性乳腺癌的性别特异性恶性状态和结构

背景： 男性乳腺癌（MBC）罕见，目前主要使用从女性乳腺癌（FBC）衍生的知识进行管理。

文献分享--γδ T细胞调节小细胞肺癌的抗肿瘤免疫

Infiltration of γδ T cells in SCLC（γδ T细胞在SCLC中的浸润）：

文献分享--PD-1阻断后肿瘤浸润浆细胞谱分析揭示肿瘤特异性抗体

背景： 肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs）在免疫检查点阻断背景下对抗肿瘤反应的作用尚不完全清楚。

文献分享--人类面部多样性背后的细胞类型和调控元件图谱

人类遗传多样性产生了惊人的面部形状多样性，而颅面畸形是最常见的出生缺陷之一。识别介导基因组影响面部变异的细胞机制仍然是一个挑战。研究构建了一个跨越胚胎第6-11...

顶刊分享（xenium）--跨脑部疾病的转录组脆弱性单细胞图谱

神经退行性和神经精神疾病给社会带来了巨大的公共卫生负担。然而，对这些高度复杂病症的分子机制的理解仍然有限。为了深入洞察不同脑部疾病的病因，研究团队使用来自1,4...

文献分享（xenium 5k）--跨物种单细胞肾脏表观基因组图谱揭示疾病中以上皮为主的衰老样状态

表观遗传衰老是慢性疾病的标志。虽然这种表观遗传变化可以在组织损伤后出现，但受影响的细胞类型在很大程度上仍不清楚。本研究构建了来自健康、损伤（人类）和衰老（小鼠）...

文献分享（xenium）--组织驻留巨噬细胞转移硒转运蛋白保护胰腺癌免于铁死亡

胰腺导管腺癌（PDAC）是一种侵袭性癌症，预后不良，其肿瘤微环境中包含肿瘤发生前就存在的组织驻留巨噬细胞（RTMs）和肿瘤发展过程中招募的单核细胞来源巨噬细胞（...

方法分享--ResolVI：解决空间转录组学中的噪声与偏差

在完整组织切片中、以高空间分辨率、高通量估计RNA表达的技术（空间转录组学）为细胞如何通讯以及组织如何运作提供了新见解。分析亚细胞分辨率空间转录组技术生成的数据...

文献分享（xenium）--肝内胆管癌三级淋巴结构异质性的时空图谱塑造免疫生态位与临床结局

肝内胆管癌（iCCA）是一种高度致命的恶性肿瘤，治疗选择有限。iCCA中三级淋巴结构（TLSs）的空间架构和功能多样性仍不清楚。本研究呈现了TLS的多模态空间图...

课后补充--先导化合物的优化策略

对于经过虚拟筛选（Virtual Screening, VS）得到的候选化合物，下一步不是简单地“继续对接”，而是进入 Hit → Lead → Lead Op...

文献分享（xenium 5k）--单细胞与空间多组学揭示多药耐药中肿瘤-基质界面的复发性多细胞生态位

多药耐药（MDR）是癌症治疗几乎不可避免的终点，驱动肿瘤快速进展，然而其演化逻辑仍不清楚，因为MDR肿瘤很少被切除。本研究利用来自临床试验的配对初治和MDR黑色...

课后补充--RFdiffusion + ProteinMPNN从头抗体设计

如果目标是真正的 IgG / Fab / scFv 抗体，就要特别关注抗体 scaffold 和 CDR 架构，而不能简单把任意 RFdiffusion bin...

课后补充--靶蛋白抗体设计思路

课后补充--抗体和BCR/TCR的区别

③ 抗体： 是 B 细胞/浆细胞产生的可溶性免疫球蛋白，通常与 BCR 具有相同或高度相似的抗原结合特异性。

课后补充--药物设计（Drug Design）方法汇总

通常片段分子比较小，经典的“Rule of 3”常用作片段库设计的经验规则，例如 MW ≤300、logP ≤3、HBD/HBA ≤3。

课后补充--基于配体的虚拟筛选（LBVS）

Ligand-Based Virtual Screening（LBVS） 的核心思想

课后补充--基于结构的虚拟筛选（SBVS）

Structure-Based Virtual Screening（SBVS） 的核心思想是：已知靶蛋白三维结构 → 找到/定义结合口袋 → 准备大规模化合物库...

课前准备--氨基酸突变对蛋白质四级结构形成的影响