KS科研分享与服务-TS的美梦

文章/答案/技术大牛

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LV0

发表了文章 1小时前2026-04-15 18:55:27

复现升级Cell顶刊：别具风格小提琴图

粉丝留言，是一篇Cell文章的小提琴图，看起来别具一格，虽然我们没有直接做过这幅图，但是从以往的帖子汲取要点切片，就能够实现这个效果。这里主要四个帖子（复现NC...

KS科研分享与服务-TS的美梦 1小时前2026-04-15 18:55:27

数据、图表、cell、size、函数

发表了文章 13天前2026-04-02 13:09:29

基于cellphonedb的单细胞互作弦图+受配体表达量【一键函数】

前一期发布了关于cellchat结果的可视化复线（circlize系列（六）：复现Science单细胞互作弦图添加受配体表达量（基于cellchat分析结果））...

KS科研分享与服务-TS的美梦 13天前2026-04-02 13:09:29

工具、公众号、函数、可视化、数据

发表了文章 13天前2026-04-02 13:07:59

AI模型知道Seurat包AggregateExpression/AverageExpression的这个小坑吗？

以前还真没有注意，主要是没有遇到上，使用Seurat包AggregateExpression/AverageExpression函数计算基因平均表达量的时候，发...

KS科研分享与服务-TS的美梦 13天前2026-04-02 13:07:59

模型、data、函数

发表了文章 13天前2026-04-02 13:07:08

circlize系列（六）：复现Science单细胞互作弦图添加受配体表达量（基于cellchat分析结果）

circlize作图比较麻烦的地方在于代码很长，如果切换数据修改的内容比较繁琐。所以将这个过程包装为一个函数，方便使用，当然更个性化的展示需要自己往里面添加参数...

KS科研分享与服务-TS的美梦 13天前2026-04-02 13:07:08

排序、数据、索引、com、函数

发表了文章 13天前2026-04-02 13:05:07

ggtrace在ggplot2画图时加描边【单细胞降维图+火山图+曲线图演示】

我们之前介绍过单细胞UMAP的一种修饰（ggplot修饰单细胞降维聚类图+scpubr包作图）。这里介绍ggplot2做图添加描边的普遍方式---ggtrace...

KS科研分享与服务-TS的美梦 13天前2026-04-02 13:05:07

ggplot2、size、函数、数据、aes

发表了文章 13天前2026-04-02 13:04:01

【一步到位】统一空转visium以及scRNA单细胞seurat转h5ad

之前介绍过空转h5ad转seurat的操作（空转python版【2】：visium空转h5ad数据转化为seurat测试）。类似于scRNA一样，小伙伴对于空转...

KS科研分享与服务-TS的美梦 13天前2026-04-02 13:04:01

测试、对象、函数、数据、spatial

发表了文章 13天前2026-04-02 13:03:00

视频教程-纯代码复现nature/cell大型网络图并标注模块基因

致谢：首先感谢ChatGPT pro对我函数无数次的测试及修正！最终促成了这个内容！

KS科研分享与服务-TS的美梦 13天前2026-04-02 13:03:00

布局、函数、可视化、网络、cell

发表了文章 2026-03-102026-03-10 12:05:51

Cellphonedb单细胞互作分析数据库更新及自定义

我们之前说了cellchat的数据库更新。很显然，我们也会感兴趣，能不能更新cellphonedb的数据库，或者说将cellchat受配体添加入cpdb。当然是...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-03-102026-03-10 12:05:52

测试、函数、视频、数据库、input

发表了文章 2026-03-052026-03-05 15:55:03

SPATA2【2】之visium HD空转分析及与seurat互联

SPATA2是一款综合性的空间转录组分析工具，能够分析主流的slide、visium以及visium HD数据。我们此前已经介绍过SPATA2对于visium数...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-03-052026-03-05 15:55:03

工具、教程、数据、object、spatial

发表了文章 2026-01-222026-01-22 13:49:28

听说infercnv不更新了？好在还能用！

听说infercnv不更新了，所以上一期介绍了一款新的CNV分析工具（听名字就很快的单细胞CNV分析之fastCNV（谢绝运行时间焦虑））。infercnv是非...

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data、plot、txt、工具、函数

发表了文章 2026-01-132026-01-13 13:55:26

【KS科研课程合集】单细胞转录组代谢相关分析

VIP打包合集有什么（【新年快乐！】KS生信科研课程：微信VIP打包合集），有很多，你想要的可能都在，不在的可以提需求，尽力满足。也有一生的相伴（KS生信科研课...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-01-132026-01-13 13:55:27

教程、可视化、打包、微信、函数

发表了文章 2026-01-132026-01-13 13:33:24

cell2location空转反卷积分析流程测试详解

cell2location是一款非常流行的用于空转反卷积的基于python的库。文章发表在Kleshchevnikov, V., Shmatko, A., Da...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-01-132026-01-13 13:33:24

cell、测试、可视化、模型、数据

发表了文章 2026-01-132026-01-13 13:33:04

visium HD多样本去批次及sketch下采样分析【scanpy+spatialdata】

前面我们介绍了python版visium HD空转数据的分析，scanpy+spatialdata策略（10X空转visium HD多样本分析策略二【scanp...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-01-132026-01-13 13:33:05

nat、crc、image、sketch、数据

发表了文章 2026-01-132026-01-13 13:32:46

10X空转visium HD多样本分析策略二【scanpy+spatialdata】

上一节我们介绍了python版visium HD数据的一种分析策略（python版10X空转visium HD分析策略一【scanpy+squidpy】）。其实...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-01-132026-01-13 13:32:47

函数、可视化、数据、crc、image

发表了文章 2025-12-312025-12-31 18:31:25

空转python版【2】：visium空转h5ad数据转化为seurat测试

上一节介绍了python版visium数据的分析，问题这不随之而来了嘛！在scRNA分析的时候，就有这个需求，现在scRNA的seurat和scanpy两大主要...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2025-12-312025-12-31 18:31:25

数据、python、测试、工具、函数

发表了文章 2025-12-312025-12-31 18:30:50

空转python版【1】：visium分析(scanpy+squidpy)---矩阵只有10X标准3个文件怎么办？

两个方面的原因：第一是有部分小伙伴的数据分析生态是在python中进行的。第二是类似于scRNA分析的时候，有些功能分析可能R和python不能兼顾，所以必须认...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2025-12-312025-12-31 18:30:51

python、spatial、函数、可视化、数据

发表了文章 2025-12-312025-12-31 18:29:27

【Nature review Genetis】最新报道，就算一天一种反卷积方法，两个月都写不完！

空间转录组学是一种研究细胞空间组织结构的强大方法，而细胞的空间组织是多细胞生命在发育、功能和演化中的关键特征。然而，基于测序的空间转录组学尚未达到单细胞分辨率，...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2025-12-312025-12-31 18:29:27

测试、工具、模型、数据、methods

发表了文章 2025-12-312025-12-31 18:28:19

空转联合单细胞分析(十）:visium空转反卷积测试之SPOTlight流程

前面我们介绍了visium空转反卷积常用方法RCTD，这里介绍另外一种基于R的反卷积方法-SPOTlight，也是论文中的常客。

KS科研分享与服务-TS的美梦 2025-12-312025-12-31 18:28:19

数据、性能、测试、工具、模型

发表了文章 2025-12-312025-12-31 18:27:34

空转联合单细胞分析(九）:复现Nature子刊之Visium HD空转RCTD反卷积演示

对于visium HD数据，没有执行细胞分割，bins其实也不能代表单个细胞，只是8um和16um的精度已经足够接近，也可以进行反卷积进行细胞注释。这里演示RC...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2025-12-312025-12-31 18:27:34

crc、data、flex、metadata、数据

发表了文章 2025-12-202025-12-20 17:30:51

空转联合单细胞分析(二）：【干一件有功德的事】构建一个20w细胞且有意义的Endometrium scRNA参考图谱

因为后期空转反卷积需要scRNA参考数据集，所以这里构建一个。前期演示的空转数据是人类子宫内膜（跟着Nature学空转分析(一）：10x visium多样本基础...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2025-12-202025-12-20 17:30:51

file、layer、search、using、数据

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KS科研分享与服务公众号，分享组学分析及可视化，专业单细胞转录组、空间转录组分析及个性化做图等
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浙江大学
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