分子动力学--非标残基的处理三（配体）

obabel input.pdb -ogjf -O output.gjf --gen3D -h

obabel 9.pdb -ogjf -O 9.gjf --gen3D -h -xk "#P B3LYP/6-31G(d) opt freq"

%chk=ligand.chk    # 指定计算结果存储文件的名称
%nprocshared=8       # 指定使用8个CPU核心进行计算
%mem=16GB            # 指定使用16GB的内存

#P B3LYP/6-31G(d) opt freq SCRF=(SMD, Solvent=Water)

0 1     # 格式为：净电荷 自旋多重度

Pop=MK IOp(6/33=2) IOp(6/42=6) IOp(6/50=1)

%chk=ligand.chk
%nprocshared=8
%mem=16384MB

#P B3LYP/6-31G(d) opt freq SCRF=(SMD, Solvent=Water) Pop=MK IOp(6/33=2) IOp(6/42=6) IOp(6/50=1)

Title: ligand.pdb

0 1 
Br         -1.41808        -3.40237        -2.35105
O           4.68725        -0.14473         4.41003
O           7.53782         0.25274         3.90488
N           3.21339        -2.51671         0.04448
N           7.35642        -2.47520         0.13790
N           5.30833        -3.09637        -0.90452
C           5.28155        -1.97812         1.22860
C           6.67341        -1.92346         1.14695
C           5.33471        -0.73999         3.35912
C           4.63052        -1.41572         2.35526
C           6.71662        -0.58837         3.19913
....

ligand.gesp

obabel input.pdb -ogjf -O output.gjf --gen3D -h --minimize --ff UFF -p7.4

# 设置高斯安装根目录，这里请替换为你的实际安装路径
export g16root=/path/to/gaussian/installation 
# 设置临时文件存放目录，推荐使用节点的本地高速硬盘（如 /scratch, /tmp）
export GAUSS_SCRDIR=/path/to/scratch/folder
# 加载高斯的环境设置脚本
source $g16root/g16/bsd/g16.profile

g16 < your_input_file.gjf > your_output_file.log