分子动力学--非标残基的处理四（配体）

作者，Evil Genius

前面我们采用Gaussian16处理配体分子生成ligand.gesp，这个过程相当耗时间，而且对参数、服务器的配置要求都比较高，有没有一种更加快捷的方式进行配体处理生成gro文件呢？

今天我们来进行快捷处理，sobtop。

Sobtop 是一款非常强大且易用的工具，专门用于生成 GROMACS 分子动力学模拟所需的拓扑文件，特别是处理配体小分子时，可以完美解决 pdb2gmx 无法识别非标准残基的问题

Sobtop 的核心输入文件是 .mol2 格式，它包含了分子的原子、键信息和电荷。需要从 ligand.pdb 文件生成它。

我们先用openbable生成mol2文件

obabel ligand.pdb -O ligand.mol2

但是大家要注意，快捷方式带来的就是准确度不够高，最正确的做法仍然是采用Gaussian16处理配体分子计算静电势（ESP），首先，生成 .fchk 或 .log 文件，然后使用 Multiwfn 载入该文件，按照其手册中的 RESP 电荷计算流程，最终导出包含原子电荷的 .mol2 文件。

或者最好的方法还是之前 Gaussian 计算得到的 .gesp 文件，通过 antechamber 生成带有 RESP 电荷 的新 .mol2 文件，替换当前这个。

这里以一个配体分子为例，转化后的mol2文件

然后采用sobtop生成分子动力学模拟需要的gro文件

启动sobtop，输入处理好的mol2文件

程序会提示 Enter the path of the input file:，输入你准备好的 ligand.mol2 文件的绝对路径或相对路径，然后回车。

设置原子电荷 (关键步骤)

加载文件后，你会看到主菜单。输入 7 (Set up atomic charges) 并回车。

生成我们需要的chg电荷信息

* 为了获得最好的模拟效果，强烈建议使用量子化学计算得到的 RESP 电荷。在子菜单中，输入 10 (Load atomic charges from external file via .chg file) 并回车。然后输入你的 .chg 电荷文件的路径。

然后分析选择生成的chg文件

* 完成后退回主菜单（输入 0）。

生成分子的gro文件和rtp文件

采用GAFF立场

完成分析

其实最佳做法还是Gaussian 计算得到的 .gesp 文件，通过 antechamber 生成带有 RESP 电荷 的新 .mol2 文件，然后生成gro文件为最好。

生活很好，有你更好。