分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤八（Gromacs）

作者，Evil Genius

每一个组学内容都很多啊，都需要花费大量的时间学习，学习的最好阶段就是学生阶段，你的导师就是你的伯乐，像我这种社会底层人员，纯纯没事干，学了有没有用真的不知道。

这一篇我们继续分子动力学，上一步我们处理配体分子得到符合Gromacs的出入文件

这里我们只需要gro和top文件，做简单的修改即可使用。

首先我们第一步，要把top文件转化成itp文件，因为在分子动力学模拟的时候只能有一个主top文件，而我们之前对蛋白质处理生成了一个top文件。

我们先来看一下配体分子的top文件

首先去头，把[ moleculetype ]前面的全部删掉

然后掐尾

另存为mol.itp文件，这样就处理好了。

接下来我们需要创建复合物的gro文件

根据gmx pdb2gmx的输出，已经获得了蛋白的结构文件pro_processed.gro，它包含了经处理后与力场相容的蛋白质结构。同时手动生成了配体的gro文件MOL.gro。将配体的gro文件添加到蛋白质的gro文件就可以得到蛋白配体的复合物(complex.gro)。 接下来，复制MOL.gro的坐标部分粘贴到complex.gro文件中，位于蛋白质原子最后一行的下面，盒向量的前面即倒数第二行，同时记得更改文件第一行的原子数。

我们来改一下，首先复制配体分子的坐标

粘贴到蛋白gro坐标文件下面并对齐

修改原子个数，蛋白质分子的原子加上配体分子的原子数量

保存为complex.gro文件,如果这个文件可以用pymol打开，说明构建成功。

完成了之后，需要创建配体拓扑文件

打开topol.top到最后

top文件的改动：首先配体atomtypes部分粘贴到topol.top相应部分，因为标准的立场文件只有标准氨基酸残基的信息，我们需要把非标准的氨基酸信息加进去。

添加小分子的参数信息

最后，添加配体名称

这样就完成了蛋白配体复合物的gro、itp、top文件，就可以继续往下，添加盒子等下面的步骤了。

生活很好，有你更好。