文献绘图--绘制蛋白配体相互作用示意图

原创

追风少年i

发布于 2026-05-20 09:00:38

920

作者，Evil Genius

大家学一个组学的内容，一定要全面并且逻辑完整，例如单细胞，从拿到fastq数据开始，自己就能一步一步按照思路往下做，整个形成一套完整的分析逻辑，环环相扣，严丝合缝推出最后的分析结果，千万不要这做一下，那儿做一下，分析的整体观还是没有形成。

做完所有的分子对接、分子动力学，我们要将结果展示出来放在文献中，类似下面的图

这一篇我们来练习绘图，拿到类似文献中的图

我们先来绘制左边的图。

第一步：去水，去除景深效果，调整蛋白的颜色，之后，调整出序列，调整配体的颜色。

第二步：选择配体，然后将项目命名为“ligand”，选择ligand周围的残基（在命令框中输入“select 5A，byres ligand around 5”)即选中口袋的残基，并且显示为surface

展示为surface

第三步：将surface的透明度设置为20%，将关键的残基(48-110-111)选中并设置为红色

第四步：渲染（ray），保存即可。

然后第二部分，刚开始一样的操作。

接下来调出配体所在的活性位点

复制项目，新的项目会自动命名为obj01，隐藏1z89的sticks和lines，隐藏obj01的cartoon

取消显示1z89，界面上鼠标点击选中形成氢键的残基，将他们显示为sticks

隐藏obj01的lines。将背景改为白色，便于之后的设置

将配体和残基分别设置合适的颜色

显示π-π相互作用

需要用到的脚本

'''
See more here: http://www.pymolwiki.org/index.php/center_of_mass

DESCRIPTION

   Places a pseudoatom at the center of mass

   Author: Sean Law
   Michigan State University
   slaw (at) msu . edu

SEE ALSO

   pseudoatom, get_com
'''

from __future__ import print_function
from pymol import cmd


def com(selection, state=None, mass=None, object=None, quiet=1, **kwargs):
    quiet = int(quiet)
    if (object == None):
        try:
            object = cmd.get_legal_name(selection)
            object = cmd.get_unused_name(object + "_COM", 0)
        except AttributeError:
            object = 'COM'
    cmd.delete(object)

    if (state != None):
        x, y, z = get_com(selection, mass=mass, quiet=quiet)
        if not quiet:
            print("%f %f %f" % (x, y, z))
        cmd.pseudoatom(object, pos=[x, y, z], **kwargs)
        cmd.show("spheres", object)
    else:
        for i in range(cmd.count_states()):
            x, y, z = get_com(selection, mass=mass, state=i + 1, quiet=quiet)
            if not quiet:
                print("State %d:%f %f %f" % (i + 1, x, y, z))
            cmd.pseudoatom(object, pos=[x, y, z], state=i + 1, **kwargs)
            cmd.show("spheres", 'last ' + object)

cmd.extend("com", com)


def get_com(selection, state=1, mass=None, quiet=1):
    """
 DESCRIPTION

    Calculates the center of mass

    Author: Sean Law
    Michigan State University
    slaw (at) msu . edu
    """
    quiet = int(quiet)

    totmass = 0.0
    if mass != None and not quiet:
        print("Calculating mass-weighted COM")

    state = int(state)
    model = cmd.get_model(selection, state)
    x, y, z = 0, 0, 0
    for a in model.atom:
        if (mass != None):
            m = a.get_mass()
            x += a.coord[0] * m
            y += a.coord[1] * m
            z += a.coord[2] * m
            totmass += m
        else:
            x += a.coord[0]
            y += a.coord[1]
            z += a.coord[2]

    if (mass != None):
        return x / totmass, y / totmass, z / totmass
    else:
        return x / len(model.atom), y / len(model.atom), z / len(model.atom)

cmd.extend("get_com", get_com)

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