proMGE：探索原核生物可移动遗传元件的资源

小编近几天看到NM上的一篇文章，研究的是永久冻土融化中的可移动遗传元件。发现用的方法是这个数据库，于是分享一下！

数据库是2022年发表在《Nucleic Acids Res》的，发表至今引用次数为104。

proMGE允许探索分布在7.6万基因组中的240万个MGEs（来自至少有2个基因组的物种，这些基因组出现在proGenomes2数据库中）。 在物种层面，可以探索不同的MGE类别、其基因组位置、抗生素耐药携带潜力及其范围跨越更高分类层级的水平转移：科及以上（每个物种的HGT可视化由iTOL：互动生命树提供）。 此外，对于整合子、IS元素和转座子，还可以探讨它们是否嵌套在其他MGE类别中 （在物种搜索结果中的“嵌套重组酶”标签下）。

MGE的识别与分类

该数据库将原核生物的移动遗传元件（MGE）划分为以下 6 个类别：

• • IS element and Transposon (IS_Tn)：即插入序列（IS）和转座子。其注释依据是基因组中存在转座酶特异性重组酶亚家族蛋白。
• • Phage_like：即类噬菌体元件。这类MGE仅包含噬菌体重组酶亚家族蛋白，但在邻近区域不包含噬菌体结构基因。
• • Conjugative elements (CE)：即接合元件，包括质粒和整合性接合元件（ICEs）。其注释依据是存在类型特异性的重组酶亚家族蛋白，且邻近区域存在接合机制基因。
• • Mobility island (MI)：即可移动岛。这类基因组岛含有噬菌体和接合元件共有的重组酶亚家族蛋白，但邻近区域既没有噬菌体结构基因，也没有接合机制基因

其方法是基于重组酶(recombinase)同源搜索，无法覆盖游离质粒(plasmid)多样性, 因为质粒不一定携带重组酶，短读长组装/分箱的系统性低估，边界界定困难。

注释功能

annotate页面可以识别并分类序列中的MGE。通过该页面，proMGE为用户提供的蛋白质序列提供了使用hmmsearch（HMMER3.1b2）的MGE注释功能， 基于MGE类型特异性重组酶的注释。

关于proGenomes v4

提供超过 190 万条持续注释的细菌和古菌基因组，包含约 80 亿个来自 30,000 多个物种的基因。对所包含的基因组采用严格的质量控制，以便进行准确分析。基因组可以交互式探索和下载，子集可以自定义，例如分类类群、每个物种的代表或栖息地特异性子集。对于每个ANI物种簇，都有预先计算好的全基因组数据。

参考

• • https://progenomes.embl.de/index.cgi
• • https://promge.embl.de/about.cgi
• • https://doi.org/10.1093/nar/gkac163