用户1075469

文章/答案/技术大牛

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LV1

发表了文章 8天前2026-05-26 20:44:26

Microbiome|测转录组的数据，居然能顺手分析微生物组？

小编读完这篇文章，最大的感受就是：同一批 RNA-seq 数据，既能分析宿主基因表达，又能重建微生物组组成，还能挖掘宿主-菌群互作！这对于那些已经做了大量 ...

用户1075469 8天前2026-05-26 20:44:26

队列、可视化、框架、数据、网络

发表了文章 15天前2026-05-19 19:05:25

文献解读-大多数癌症没有微生物组？Cell：有还是无，这是个问题

小编导读：这项发表于《Cell》的重磅研究对16,369个肿瘤全基因组进行了系统的微生物信号分析，开发并验证了名为PathSeq-T2T的宿主过滤与去污染流程。...

用户1075469 15天前2026-05-19 19:05:25

cell、工具、开发、数据、系统

发表了文章 21天前2026-05-13 16:52:16

真菌ITS多样性分析破局者：无需系统发育信号，也能精准定量的新策略

在微生物组研究中，我们常常受困于一个两难选择：既希望像UniFrac那样利用序列间的亲缘关系来评估群落差异，又头疼于系统发育树构建过程的高昂计算开销和某些基因区...

用户1075469 21天前2026-05-13 16:52:16

插件、论文、模型、数据、监督学习

发表了文章 27天前2026-05-07 16:07:17

文献解读-Cross-kingdom metagenomics：同一批数据解析细菌、真核生物与病毒的群落特征

Hello，Hello，小伙伴们大家好！今天和大家分享一篇很有代表性的宏基因组研究文章。这项研究由山东大学相关团队开展，研究对象是我国潮间带泥滩生态系统，文章题...

用户1075469 27天前2026-05-07 16:07:17

框架、数据、系统、编码、基础

发表了文章 2026-04-232026-04-23 18:47:44

GTDB Release R232 的数据扩展与分类体系更新

Hello，小伙伴们大家好！GTDB 是一个基于基因组构建的微生物分类数据库，通过系统发育分析对细菌和古菌进行统一分类，目前已广泛应用于宏基因组数据的分类注释与...

用户1075469 2026-04-232026-04-23 18:47:45

工作、数据、统计、数据库、release

发表了文章 2026-04-172026-04-17 14:09:07

SPIRE：行星级微生物组宝藏数据库，你值得拥有！

大家好！今天小编要介绍的这个数据库，光看名字就有点震撼——SPIRE，全称 Searchable Planetary-scale mIcrobiome REso...

用户1075469 2026-04-172026-04-17 14:09:07

浏览器、数据、数据库、工具、工作流

发表了文章 2026-04-102026-04-10 16:52:45

ggplot2 扩展包精选集 - 生信实战指南

对于我们多数同学来说，ggplot2 绝对是数据可视化的神兵利器。然而，面对日益复杂的科研需求（例如多组学数据展示、系统发育树结合、生存分析、空间转录组映射等）...

用户1075469 2026-04-102026-04-10 16:52:46

数据、图表、ggplot2、工具、可视化

发表了文章 2026-03-252026-03-25 12:31:41

QIIME 2 2026.1 版本更新：性能优化与重要功能前瞻

QIIME 2团队在新年伊始发布了2026.1版本。本次更新虽然规模不大，主要侧重于内部维护，但仍包含一些对生信分析流程具有实用价值的改进和新功能，例如宏基因组...

用户1075469 2026-03-252026-03-25 12:31:42

数据、性能优化、插件、框架、内存

发表了文章 2026-03-252026-03-25 12:30:44

文献解读-爱沙尼亚人群肠道微生物群中古菌群落的分布特征

Hello，Hello，小伙伴们大家好！今天给大家推荐一篇非常实用的宏基因组学研究文章：《Metagenome-assembled genomes of Es...

用户1075469 2026-03-252026-03-25 12:30:44

集合、脚本、数据、数据库、队列

发表了文章 2026-03-252026-03-25 12:30:04

无需阴性对照的宏基因组跨样本污染检测工具——CroCoDeEL

宏基因组测序在微生物组研究中应用广泛,但样本间交叉污染这个技术问题一直被严重低估。这种污染通常发生在96孔板中相邻样本之间,会导致物种丰度失真、假阳性发现,甚至...

用户1075469 2026-03-252026-03-25 12:30:04

数据、检测工具、测试、工具、模型

发表了文章 2026-03-252026-03-25 12:29:32

MetaGEAR流程：宏基因组探索与研究

MetaGEAR是一个基于Nextflow/NF-Core的宏基因组分析流程，能够简化从原始读取到功能性注释的微生物组宏基因组工作流程。几个流程的比较之前有分享...

用户1075469 2026-03-252026-03-25 12:29:32

sample、队列、工作流、数据、容器

发表了文章 2026-03-252026-03-25 12:28:51

噬菌体基因组快速注释工具——pharokka教程

Hello，Hello小伙伴们大家好，近年来，随着高通量测序技术的发展，越来越多的噬菌体基因组被解析，噬菌体组学研究也逐渐成为微生物生态和环境病毒学的研究热点。...

用户1075469 2026-03-252026-03-25 12:28:51

工具、教程、模型、软件、数据库

发表了文章 2026-03-252026-03-25 12:25:13

一条命令画出发表级微生物基因组circos圈图：MGCplotter 实战详解

在微生物基因组分析中，“circos圈图”（circular plot）是最常用的可视化方式之一，但是circos软件的配置文件的复杂程度总是令人望而却步，今天...

用户1075469 2026-03-252026-03-25 12:25:13

软件、gc、布局、可视化、配置

发表了文章 2026-03-252026-03-25 12:19:09

QIIME 2 2025.10 结果直接生成报告，2026新版抢先看

大家好！QIIME 2 2025年的第二个完整版本（2025.10）现已正式发布！

用户1075469 2026-03-252026-03-25 12:19:10

优化、插件、可视化、框架、数据

发表了文章 2025-11-172025-11-17 14:43:58

开源工具Protologger：从16S到全基因组的细菌系统分类流程

微生物研究领域一直面临着大量未命名细菌的困扰。虽然许多新物种已经被分离培养，但由于缺乏有效发表的名称和规范描述，这些菌株的研究和应用受到严重限制。传统的原核生...

用户1075469 2025-11-172025-11-17 14:43:58

工具、解决方案、原型、数据库、开源

发表了文章 2025-11-172025-11-17 14:43:49

QIIME 2 2025.7：微生物数据分析再升级！

QIIME 2 2025.7 作为今年的功能版本，本次更新延续了团队一贯的高质量节奏，带来了多项插件增强、框架优化以及文档更新。

用户1075469 2025-11-172025-11-17 14:43:50

框架、数据、优化、数据分析、插件

发表了文章 2025-11-172025-11-17 14:43:44

文献解读：从样本到出图，你的宏基因组分析可能每一步都在“掉坑”？这篇指南帮你完美避坑

大家好！今天我们来分享一篇发表在《Communications Biology》上的研究。做过宏基因组学分析的同学都知道，从样本处理到数据分析，每一步的选择都可...

用户1075469 2025-11-172025-11-17 14:43:44

开发、数据、性能、数据库、工具

发表了文章 2025-11-172025-11-17 14:43:37

文献解读：具有广泛宿主范围的噬菌体在生态系统中很常见

噬菌体在微生物群落中多种多样且丰富，它们在微生物群落的进化和适应中发挥着重要作用。噬菌体复制和繁殖通常被认为限制在单个或狭窄的宿主范围内。法国巴斯德研究所的研究...

用户1075469 2025-11-172025-11-17 14:43:37

网络、开发、连接、软件、数据

发表了文章 2025-09-042025-09-04 10:14:41

SingleM测试:基于reads和单拷贝标记基因氨基酸序列的物种分析

上个月刚发表在NBT上的软件，看到有几个公众号和博客对这个软件进行了介绍，还是比较好奇这个软件的效果到底如何呀，在小伙伴的怂恿下测试一下下啦！

用户1075469 2025-09-042025-09-04 10:14:42

测试、可视化、软件、数据、数据库

发表了文章 2025-08-252025-08-25 17:39:46

噬菌体宿主预测工具——iPHoP

Hello，Hello小伙伴们大家好，好久没跟大家分享干货啦！近年来，随着宏病毒组学研究的快速发展，病毒与宿主的互作关系逐渐成为微生物生态学和环境基因组学领域的...

用户1075469 2025-08-252025-08-25 17:39:47

工具、软件、数据、数据库、db

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