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课前准备(分子动力学visium)--骨骼健康与修复中骨淋巴管的多模式证据
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课前准备(分子动力学visium)--骨骼健康与修复中骨淋巴管的多模式证据
课前准备(分子动力学visium)--骨骼健康与修复中骨淋巴管的多模式证据
原创
追风少年i
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发布于 2026-08-25 15:47:25
发布于 2026-08-25 15:47:25
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作者,Evil Genius
其实无论是
分子对接还是分子动力学
,都需要我们采用服务器操作,所以大家对linux和python要有一定的基础,其中autodock vina和Gromacs需要大家会操作Linux,pyrosetta需要大家会python,大家可以看一下
2025番外--linux、R、python培训
,希望参加培训的同学全流程学会,一劳永逸解决这个组学的分析问题。
无论做什么事情,我们先把事情做好,再说其他的内容,我认为这个内容非常重要,基本都看的英文版本,总结了很多内容,即使只有一个人参加培训,我也想好好全流程梳理一下,报名后课程取消也不用担心,大家不会有任何的损失,可能是这个内容大家不需要?目前一个人报名都没有,可能要取消了😄。
不过还是那句话,要学好好学,不学就算了,掌握技能和好的心态起码占一样,不要花费了金钱精力时间,还没学会,不如好好玩两个月,回来花钱让公司做了。
今日参考文献
引言:争议背景与研究意义
历史争议:由于骨组织矿物化、抗体穿透难、成像深度有限,骨内是否有淋巴管长期存在争议。
前期工作:此前已用转基因小鼠和光片显微镜提供了直接证据。
后续支持:多项独立研究也从单细胞转录组、病理模型、修复模型等角度证实骨淋巴管的存在和功能。
争议焦点:Meng等人使用特定小鼠模型和检测方法,声称未检测到骨淋巴管。本文旨在用多模态数据回应这些质疑。
空间转录组学确认骨中存在Prox1+内皮细胞(ECs)
分析两个独立的空间转录组数据集(Mathavan et al.骨折模型;Rios et al.骨折愈伤模型)。
在骨皮质、骨髓腔、愈伤组织、再生编织骨中均检测到Prox1+Pecam1+/Cdh5+且Ptprc-的细胞。
这些细胞共表达其他淋巴管标记(Flt4、Reln、Ptgs1),且邻近骨细胞(Runx2/Bglap+)。
结论:空间转录组在完整组织原位证实Prox1+ LECs存在于骨内。
基因小鼠模型中淋巴管检测与重组效率评估
Meng等人使用的Dre/Cre系统需较长诱导时间,文献表明Dre重组慢于Cre。
前期研究(Han et al., Liu et al.)分别用4天(胚胎)或6-12周(成年)诱导,而Meng等人仅用5天。
Meng等人的数据中,肌肉和关节(公认淋巴丰富区)几乎无tdTomato+信号,提示其重组或检测流程存在根本性问题。
tdTomato本身亮度极高,若依赖免疫染色检测则进一步说明其抗体穿透或组织处理不足。
延长诱导仍无法有效提高重组效率
即使延长至1个月,肌肉中仍仅见稀疏淋巴管标记。
骨内同样仅见零星Prox1+细胞,且缺乏LYVE1表达和连续管状结构。
关节区域被刻意裁剪,无法评估。
结论:数据不支持Meng等人“骨内无淋巴管”的结论,反而表明其小鼠模型重组效率低下。
scRNA-seq数据集证实小鼠骨骼和骨髓中存在淋巴管内皮
重新分析Li et al.(骨髓基质)、Baryawno et al.(骨髓冲洗)、Hanai et al.(下颌骨/股骨)等多个数据集。
在所有数据集中均稳定鉴定出Prox1hi、Cdh5+、Pecam1+、Flt4+、Lyve1+、Ptprc-的典型LEC群体。
即使在仅冲洗骨髓腔(未消化骨皮质) 的样本中也能检出,说明LECs是骨髓腔固有的,非污染。
软组织内皮图谱同样难以检测LECs,说明技术局限而非骨特异性问题
分析骨骼肌、肾、脑等公认含淋巴管的软组织scRNA-seq数据,发现Prox1+细胞同样稀疏或不成簇。
说明当前单细胞技术对低丰度、难解离的LECs存在普遍性检测困难。
骨中能反复稳定检出LECs,反而是其真实存在的有力证据。
骨膜不是Prox1+ LECs的充足来源
分析骨膜单细胞数据,其中Prox1+细胞极少,且缺乏Lyve1表达。
数量上远不足以解释骨和骨髓中检测到的LEC群体。
骨膜来源的细胞无法形成独立LEC簇。
结论:LECs不是来自骨膜污染。
人类骨骼scRNA-seq也确认LECs存在
分析人类胚胎下颌骨(Wang et al.)、成人股骨头(Bandyopadhyay et al.)、髂骨骨髓等数据集。
在所有数据集中均鉴定出PROX1hi、CDH5+、PECAM1+、PTPRC-的LECs。
检出率受样本部位、测序深度影响,但多个数据集中均能稳定出现。
领域通用方法论考量
PROX1是淋巴管主调控因子,Prox1-CreERT2-DTA消融是功能研究合理策略。
淋巴管标记物(LYVE1、PDPN、PROX1)无单一绝对特异,但组合使用+三维形态+连续性+全骨背景可可靠识别。
全骨制备物用于scRNA-seq和蛋白质组学是领域标准方法,广泛接受。
病理相关谱系示踪不能推论生理性淋巴管
Meng等人的Pik3ca激活模型诱导的是病理淋巴增生,而非正常淋巴管。
对照小鼠肌肉中无淋巴标记,Pik3ca激活后才有强信号,说明该模型选择性标记异常增殖的淋巴细胞,不能用于否定正常骨淋巴管。
关节区域被裁剪,无法评估正常淋巴管。
组织透明化和成像限制影响解读
Meng等人仅提供4张低质量光片图像,且存在以下问题:
阳性对照(Cdh5-CreER;R26-tdTomato)中骨骺缺失、大片区域无血管信号,说明透明化不彻底、抗体穿透不足或成像深度不够。
LYVE1染色在骨皮质和骨髓中完全无信号。
作者团队的高分辨率光片图像清晰显示LYVE1+CD31+的管状结构,形态上区别于LYVE1+CD45+造血细胞,且位于骨基质内(胶原I+)。
生活很好,有你更好。
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数据分析
#单细胞
#空间
#数据分析
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作者,Evil Genius
其实无论是分子对接还是分子动力学,都需要我们采用服务器操作,所以大家对linux和python要有一定的基础,其中autodock vina和Gromacs需要大家会操作Linux,pyrosetta需要大家会python,大家可以看一下2025番外--linux、R、python培训,希望参加培训的同学全流程学会,一劳永逸解决这个组学的分析问题。
无论做什么事情,我们先把事情做好,再说其他的内容,我认为这个内容非常重要,基本都看的英文版本,总结了很多内容,即使只有一个人参加培训,我也想好好全流程梳理一下,报名后课程取消也不用担心,大家不会有任何的损失,可能是这个内容大家不需要?目前一个人报名都没有,可能要取消了😄。
不过还是那句话,要学好好学,不学就算了,掌握技能和好的心态起码占一样,不要花费了金钱精力时间,还没学会,不如好好玩两个月,回来花钱让公司做了。
今日参考文献
引言:争议背景与研究意义
历史争议:由于骨组织矿物化、抗体穿透难、成像深度有限,骨内是否有淋巴管长期存在争议。
前期工作:此前已用转基因小鼠和光片显微镜提供了直接证据。
后续支持:多项独立研究也从单细胞转录组、病理模型、修复模型等角度证实骨淋巴管的存在和功能。
争议焦点:Meng等人使用特定小鼠模型和检测方法,声称未检测到骨淋巴管。本文旨在用多模态数据回应这些质疑。
空间转录组学确认骨中存在Prox1+内皮细胞(ECs)
分析两个独立的空间转录组数据集(Mathavan et al.骨折模型;Rios et al.骨折愈伤模型)。
在骨皮质、骨髓腔、愈伤组织、再生编织骨中均检测到Prox1+Pecam1+/Cdh5+且Ptprc-的细胞。
这些细胞共表达其他淋巴管标记(Flt4、Reln、Ptgs1),且邻近骨细胞(Runx2/Bglap+)。
结论:空间转录组在完整组织原位证实Prox1+ LECs存在于骨内。
基因小鼠模型中淋巴管检测与重组效率评估
Meng等人使用的Dre/Cre系统需较长诱导时间,文献表明Dre重组慢于Cre。
前期研究(Han et al., Liu et al.)分别用4天(胚胎)或6-12周(成年)诱导,而Meng等人仅用5天。
Meng等人的数据中,肌肉和关节(公认淋巴丰富区)几乎无tdTomato+信号,提示其重组或检测流程存在根本性问题。
tdTomato本身亮度极高,若依赖免疫染色检测则进一步说明其抗体穿透或组织处理不足。
延长诱导仍无法有效提高重组效率
即使延长至1个月,肌肉中仍仅见稀疏淋巴管标记。
骨内同样仅见零星Prox1+细胞,且缺乏LYVE1表达和连续管状结构。
关节区域被刻意裁剪,无法评估。
结论:数据不支持Meng等人“骨内无淋巴管”的结论,反而表明其小鼠模型重组效率低下。
scRNA-seq数据集证实小鼠骨骼和骨髓中存在淋巴管内皮
重新分析Li et al.(骨髓基质)、Baryawno et al.(骨髓冲洗)、Hanai et al.(下颌骨/股骨)等多个数据集。
在所有数据集中均稳定鉴定出Prox1hi、Cdh5+、Pecam1+、Flt4+、Lyve1+、Ptprc-的典型LEC群体。
即使在仅冲洗骨髓腔(未消化骨皮质) 的样本中也能检出,说明LECs是骨髓腔固有的,非污染。
软组织内皮图谱同样难以检测LECs,说明技术局限而非骨特异性问题
分析骨骼肌、肾、脑等公认含淋巴管的软组织scRNA-seq数据,发现Prox1+细胞同样稀疏或不成簇。
说明当前单细胞技术对低丰度、难解离的LECs存在普遍性检测困难。
骨中能反复稳定检出LECs,反而是其真实存在的有力证据。
骨膜不是Prox1+ LECs的充足来源
分析骨膜单细胞数据,其中Prox1+细胞极少,且缺乏Lyve1表达。
数量上远不足以解释骨和骨髓中检测到的LEC群体。
骨膜来源的细胞无法形成独立LEC簇。
结论:LECs不是来自骨膜污染。
人类骨骼scRNA-seq也确认LECs存在
分析人类胚胎下颌骨(Wang et al.)、成人股骨头(Bandyopadhyay et al.)、髂骨骨髓等数据集。
在所有数据集中均鉴定出PROX1hi、CDH5+、PECAM1+、PTPRC-的LECs。
检出率受样本部位、测序深度影响,但多个数据集中均能稳定出现。
领域通用方法论考量
PROX1是淋巴管主调控因子,Prox1-CreERT2-DTA消融是功能研究合理策略。
淋巴管标记物(LYVE1、PDPN、PROX1)无单一绝对特异,但组合使用+三维形态+连续性+全骨背景可可靠识别。
全骨制备物用于scRNA-seq和蛋白质组学是领域标准方法,广泛接受。
病理相关谱系示踪不能推论生理性淋巴管
Meng等人的Pik3ca激活模型诱导的是病理淋巴增生,而非正常淋巴管。
对照小鼠肌肉中无淋巴标记,Pik3ca激活后才有强信号,说明该模型选择性标记异常增殖的淋巴细胞,不能用于否定正常骨淋巴管。
关节区域被裁剪,无法评估正常淋巴管。
组织透明化和成像限制影响解读
Meng等人仅提供4张低质量光片图像,且存在以下问题:
阳性对照(Cdh5-CreER;R26-tdTomato)中骨骺缺失、大片区域无血管信号,说明透明化不彻底、抗体穿透不足或成像深度不够。
LYVE1染色在骨皮质和骨髓中完全无信号。
作者团队的高分辨率光片图像清晰显示LYVE1+CD31+的管状结构,形态上区别于LYVE1+CD45+造血细胞,且位于骨基质内(胶原I+)。
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