- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
分子动力学--结构生物学
作者，Evil Genius今天我们需要总结一些结构生物学的内容。结构生物学是以生物大分子特定空间结构、结构的特定运动与生物学功能的关系为基础，来阐明生命现象及其应用的科学。 辐射损伤会影响蛋白质的本源结构。·相位问题会使结构解析更为复杂。·对较小的结构变化敏感性较差。·需要大型同步辐射光源设备。·解析的结构代表一个稳定状态,难以显示蛋白质的动力学信息。·解析成本较高。 ·可以研究蛋白质的动力学行为，如域的运动、构象变化等。·可以定位蛋白质与相互作用分子的结合位点。·样品准备简单,不需要结晶。·可以进行实时观测,检测蛋白质快速结构变化。 由一级结构在理论上，足以获取其二级、三级结构2、三级结构的保守型远远大于一级结构的保守型同源建模功能以及使用场景构建目标蛋白与模板蛋白高同源度区域的比较精细模型。 为计算生物学和结构生物信息学研究提供结构基础。同源模型可以在无实验结构时开展相关计算和预测。
19520编辑于 2026-06-25- 来自专栏机器人技术与系统Robot
机器人动力学：机械臂正向动力学与逆向动力学
1 机械臂正向动力学与逆向动力学 机器人的动力学按照求解量可以分为三种： 正向动力学：已知机器人的关节驱动力矩和上一时刻的运动状态（角度和角速度），计算得到机器人下一时刻的运动加速度，再积分得到速度和角度 image.png 2 机器人动力学的具体用处 ‘机器人动力学主要用于机器人的仿真和控制。根据不同的应用场景，需要采用不同的动力学建模方式。包括正向动力学和逆向动力学的利用。 机器人的正向动力学主要用于机器人的仿真，包含adams或者matlab/Simmechanics中包含的动力学仿真，由于正向动力学计算得到的是加速度值，因而正向动力学需要有效且高效的数值积分器。 最终得到的动力学模型均可以表示如下： image.png 4 正向动力学与逆向动力学形式 以正向动力学为例子，其在SimMechanics中搭建的具体框图如下所示： image.png 上面所示的动力学模型与机器人的动力学方程是完全对应的 ；正向动力学；逆向动力学
27.3K5948发布于 2020-10-16 Dysurf：四维动力学结构因子模拟程序
Dysurf：四维动力学结构因子模拟程序导读：Dysurf是一个Fortran程序，用于模拟非弹性中子散射（INS）和非弹性X射线散射（IXS）实验的四维动力学结构因子S(Q,E)。 是一个Fortran程序，用于模拟非弹性中子散射（INS）和非弹性X射线散射（IXS）实验的四维动力学结构因子S(Q,E)。 展示了从读取输入文件到输出S(Q,E)的完整计算流程，包括力常数读取、动力学矩阵构建、声子对角化、散射结构因子计算和仪器分辨率卷积。 二、理论方法：动力学结构因子与声子理论动力学结构因子S(Q,E)动力学结构因子S(Q,E)是INS/IXS实验的核心可观测量，描述了散射截面作为动量转移Q和能量转移E的函数。 SQE_<温度>K.dat：动力学结构因子S(Q,E)输出，二维矩阵格式。rmsd.dat：均方位移（MSD）输出，每行一个原子。
14800编辑于 2026-07-17- 来自专栏机器人技术与系统Robot
机器人动力学建模：机械臂动力学
1 机器人动力学 多体系统动力学形成了多种建模和分析的方法， 早期的动力学研究主要包括 Newton-Euler 矢量力学方法和基于 Lagrange 方程的分析力学方法。 多体系统拓扑结构矩阵描述； 凯恩方程 兼有分析力学与矢量力学的优点 高斯最小约束原理 变分原理分析多体系统可能存在的运动；泛函极值原理求解出系统的运动规律 2 递推多体系统动力学 对于上述提到的各种多体动力学方法 3 机器人动力学建模方法分类 image.png image.png 4 多体系统动力学质量属性 多体系统动力学主要涉及到质心位置，系统连杆矢量长度，质量和转动惯量。 惯量张量具体表示如下所示： image.png image.png 关键词： 机器人动力学；多刚体动力学；多体系统，多体动力学；机械臂动力学；动力学建模原理；动态系统；正向动力学；逆向动力学；混合动力学 ；递推多体动力学；计算效率 参考文献： 空间七自由度冗余机械臂动力学建模与控制研究
10.4K6641发布于 2020-10-15 - 来自专栏CreateAMind
结构动力学中的贝叶斯学习：全面综述与新趋势
关键词：贝叶斯推理；机器学习；结构动力学；系统识别；结构健康监测；不确定性量化；可靠性更新。 1 引言 作为社会的基石，工程结构肩负着为子孙后代服务的重大责任。 因此，结构动力学作为一门关键学科应运而生，旨在保障这些重要结构的安全性与可靠性。 另一方面，结构动力学分析主要有两种方法，即基于物理模型的方法与基于数据驱动统计模型的方法[1]。传统上，结构动力学分析依赖于被研究结构系统的物理或定律驱动模型（如有限元模型），如图2所示。 在此基础上，第3节深入探讨用于物理模型的传统与前沿贝叶斯推理方法及其在结构动力学中的应用。第4节考察了当前在结构动力学中广泛应用的四种统计模型贝叶斯推理方法及其相关应用。 3 面向物理模型的贝叶斯推理及其在结构动力学中的应用 3.1 面向物理模型的贝叶斯推理方法 3.1.1 主流贝叶斯系统识别范式 贝叶斯推理方法在结构动力学中的引入可追溯至大约三十多年前[56]。
32710编辑于 2026-03-11 - 来自专栏WELSIM
WELSIM发布2025R2版本，增强结构动力学计算
相对于上一个版本，2025R2版本含有许多新的功能与增强，能够更好地支持各种类型的工程仿真CAE分析，尤其是瞬态结构动力学分析功能。 在材料定义与编辑模块，增加了可应用于OpenRadioss的新的材料属性，如损伤塑性（LAW23），脆性塑性(LAW27)，蜂窝结构(LAW28)，Swift塑性，Ramberg-Osgood塑性等。 如支持了多铺层板壳结构的前处理。软件窗口标题显示当前项目文件的全路径名称。支持拖拽导入STEP几何文件。升级SU2求解器到最新的8.2版本。等其他增强与提升。
32700编辑于 2025-05-19 课前准备--基因 → 细胞 → 空间 → 蛋白结构 → 小分子 → 动力学 → 药物机制科研链条
作者，Evil Genius首先我们梳理一下基因组变异--单细胞空间转录组--结构生物学--分子对接--分子动力学之间的科研关系与前后联系。 “解释靶蛋白的结构基础”，分子对接负责“寻找药物怎么结合”，分子动力学负责“验证这种结合在动态环境中是否稳定”。 这就是前面组学和后面结构药物设计之间的桥梁。六、第四层：结构生物学——“这个靶点到底长什么样？” Protein结构生物学蛋白是什么结构？Mutation结构预测突变改变了什么？DrugMolecular docking药物怎么结合？DynamicsMD结合是否稳定？ “形状”，分子对接找“结合方式”，分子动力学找“动态稳定性”，自由能计算找“结合强弱”，最终通过实验验证并反向优化。
14120编辑于 2026-08-26- 来自专栏DrugOne
具有分子结构多重图的分子动力学驱动图神经网络
在这项研究中，作者针对分子性质预测问题，引入了分子动力学驱动的理念，设计了双层多重图来对分子建模，同时捕捉分子的局部和全局信息。通过信息传递模块，模型的表达能力和计算复杂度得到了很好的平衡。 1.摘要 从分子结构预测理化性质是人工智能辅助分子设计的关键任务，目前已经提出了越来越多的图神经网络 (GNN) 来应对这一挑战。 在这项工作中，作者的目标是设计一个对分子结构既强大又高效的 GNN。 为了实现这一目标，作者提出了一种分子动力学驱动的方法，首先将每个分子表示为一个两层多重图，其中一层仅包含主要捕获共价相互作用的局部连接，另一层包含可以模拟的全局连接非共价相互作用。 2.模型框架 作者首先对分子动力学方法从几何的角度进行分析，发现对于传统局部和非局部关系模型，可以对应转化为对局部和非局部几何信息，其中局部几何信息包含局部角度和近邻距离，而非局部几何信息包含近邻距离和远邻距离
1.3K60发布于 2021-09-17 - 来自专栏分子生物和分子模拟计算
MD，分子动力学
有计算需求的，请联系客服微信号wbf3ng或邮箱wbf3ng@gmail.com
87730发布于 2018-07-03 - 来自专栏CreateAMind
从网络结构预测动力学可观测量的机器学习方法
该目标受限于复杂系统中结构与动力学之间存在的非线性、关联性及反馈效应等困难。 实现这一目标不仅要求我们评估特定结构模式对网络动力学的影响，更需在仅掌握不完整、且常含噪声的结构信息前提下，预测其动力学结果。 本方法具普适性，可拓展应用于其他需从节点子集及其动力学出发预测随机动力学变量的场景（如［8, 11］）。本文所提出的方法为借助现代机器学习技术，深入探索复杂系统的结构与动力学关系开辟了新路径。 本研究成果对网络上动力学过程的分析具有重要意义，并为仅凭结构信息预测系统动力学行为开辟了新路径。 总之，借助机器学习研究复杂网络中的动力学过程，有助于深入理解结构与动力学之间的内在关联，从而通过调控网络结构实现对动力学过程的有效引导与控制。
23110编辑于 2026-03-11 分子动力学模拟GROMACS
分子对接只是找到最佳构象，而整个化学反应过程就需要分子动力学模拟，而分子动力学模拟就离不开GROMACS，研究生阶段拿到的分子动力学结果都是公司给的。 后处理过的结构文件：这是一个经过了预处理步骤（如能量最小化、添加溶剂、添加离子等）之后生成的分子结构文件。 它包含了体系的所有原子及其在空间中的最终坐标，这个结构是进行正式动力学模拟的初始结构，已经消除了严重的原子间冲突，并满足了模拟的物理条件（如电中性）。 要使用 grompp 生成 .tpr 文件，还需要一个额外的输入文件，其扩展名为 .mdp（分子动力学参数文件）。 要开始真正的动力学模拟，我们必须对蛋白质周围的溶剂和离子进行平衡（equilibrate）（NVT与NPT）。
2.3K21编辑于 2025-09-16- 来自专栏用户9688323的专栏
想了解材料热动力学？
热力学研究可能性，动力学研究现实性，即变化速率和变化机理。动力学是反应进度与时间的函数关系，系统的行为状态和输出只取决于起始状态和随后的输入。 对于远离平衡态的系统，以Progogine为首的布鲁塞尔学派经过多年的努力，建立了著名的耗散结构理论，后来通过云街、贝纳德对流实验等一些自组织现象（见图1）得以证实，耗散结构理论指出远离平衡的开放系统可以形成有序状态 图2 传统材料设计与现代材料设计流程对比材料热力学研究固态材料的熔化与凝固、固态相变、相平衡关系与成分、微观结构稳定性、相变的方向与驱动力等。 3.在材料各领域的应用任何一个体系，热力学、动力学和物质结构三方面是密切联系的。金属材料的微观结构和热力学性质影响凝固和热处理过程中的生成相和微观组织演变。 4.热动力学的发展趋势几乎没有一种实用材料的结构在热力学上是稳定的，扩散、相变、位错的产生和运动，以及材料的形变和断裂都涉及各种非平材料热力学文档下载衡，这就需要在实际应用中将CALPHAD模式与其他理论相结合
1.5K20编辑于 2022-06-13 - 来自专栏Dechin的专栏
分子动力学模拟算法框架
技术背景 分子动力学模拟在新材料和医药行业有非常重要的应用，这得益于分子动力学模拟本身的直观表述，用宏观的牛顿力学，结合部分微观的量子力学效应，就能够得到很好的符合统计力学推断的结果。 初始坐标的获取方式有很多种，比如从数据库中直接获取、根据拓扑结构用特定的工具进行生成（比如之前的博客介绍过的OpenBabel），还有就是在材料学领域常用的根据晶体结构去生成有规律的体系初始坐标。 1 1 2 1 2 1 3 1 应该说，在坐标的初始化中，由于分子本身的性质很大程度上是由其拓扑连接性所决定的，所以生成分子初始坐标要以拓扑结构为依据 简单点评一下这两个基于VQE的分子动力学模拟的工作的话，就是只适用于当下量子芯片的Demo使用，距离真在在分子动力学模拟场景下的应用还非常的遥远。 总结概要 分子动力学模拟是一个跨越众多学科领域的强大工具，从物理学的角度来看分子动力学模拟的话，其基于量子力学（量子化学）构建模型，通过牛顿力学进行演化迭代，最后能够在时间平均上等同于统计力学的系综平均
1.5K20编辑于 2022-05-10 分子动力学--蛋白配体模拟
今天我们继续分子动力学，其实在单细胞空间基因组培训上说过突变对蛋白的影响，当时想达到的目的是通过计算的方法计算出某个点突变对蛋白结构、酶活的影响，当时由于知识面比较少，以为没有，后来有个做分子动力学模拟的同学告诉我是可以的 今天我们来分享蛋白配体结合的分子动力学模拟（教程）。当然了，我们先学会用，深层次的内容需要一步一步扩展了。 准备的PDB文件：T4溶菌酶L99A/M102Q下载结构后，可通过VMD、Chimera、PyMOL等可视化程序进行观察，我一般通过PyMOL查看。去除晶体水、PO4和BME分子。 接下来可以移除位置约束并开始正式的数据采集分子动力学模拟。该流程与之前操作类似——将利用包含压力耦合信息的检查点文件作为grompp的输入，并运行10纳秒的MD模拟（相关脚本可在此处获取）。 蛋白质-配体相互作用与配体动力学分析计算轨迹过程中的距离变化gmx distance -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -select 'resname "JZ4
89020编辑于 2025-09-18【活性污泥法】反应动力学
以微小腐生或寄生的丝状菌为代表，是活性污泥的骨架结构。大量异常的增殖会引发污泥膨胀丝状菌的异常增殖是活性污泥膨胀的主要诱因之ー。 原生动物:第二承担者，第一捕食者。 并为微型动物提供附着场所; 菌胶团构成的活性污泥絜疑体有很好的絮凝、沉降性能，使得混合液在二沉池中迅速地完成泥水分离； 菌胶团对于活性污泥系统的运行具有指示作用，通过对菌胶团的颜色、透明度、数量、颗粒大小及结构的松紧程度的观察 吸附影响因素: 微生物的活性程度:处于良好状态的微生物具有很强的吸附能力; 反应器内水力扩散程度与水动力学流态。 吸附过程进行较快，能够在30min内完成，污水BOD的去除率可达70%。 溶解氧 要维持曝气反应池内微生物正常的生理活动，在曝气反应池出口端的溶解氧浓度一般宜保持不低于2mg/L； 曝气反应池内溶解氧也不宜过高，否则会导致有机污染物分解过快，从而使微生物缺乏营养，活性污泥结构松散 反应动力学 米-门公式 从理论上推导出了有机物(底物)在准稳态酶促反应条件下，有机物的反应(降解)速率方程，即米-门公式，提据生物化学反应动力学进行严格推导得出的，因此它是理论公式。
3K10编辑于 2023-05-17- 来自专栏生信技能树
RNAvelocity 9：scVelo应用—动力学模型
动力学模型 在这里，我们使用通用动力学模型来解释完整的转录动态。 这产生了一些额外的见解，如潜在时间和假定驱动基因的识别。 与以前的教程一样，应用胰腺内分泌发育数据集来展示。 finished (0:00:00) --> added 'Ms' and 'Mu', moments of spliced/unspliced abundances (adata.layers) 动力学模型 我们运行动力学模型来学习剪切动力的完整转录动力学。 潜在时间 动力学模型可恢复细胞过程的潜在时间。这个潜伏时间代表细胞的内部时钟，并接近细胞在分化时所经历的实时，分析仅基于其转录动力学。 ，并可通过动力学模型中特征系统地被检测到。
67120发布于 2021-10-12 - 来自专栏CreateAMind
探索指南 II 表征与动力学
反表征主义最宜通过采纳动力学立场来辩护。动力学立场似乎面临与现象论物理学相同的方法论问题：它是事实依赖型的。但动力学立场是否必然为事实依赖型？ 如此可推广的动力学模型能提供发现之引导，使动力学认知科学在方法论上与计算主义及表征主义认知科学处于同等地位。 尽管该观点尚显模糊，它仍是对“协调结构之本体”的一种主张。 其回报在实践中纯属工具性的；然而，在后续一系列研究（前述部分案例即属其中）中，这一关于协调结构“是什么”的模糊主张，已结出更具体建模路径的果实。 其一，可采取工具主义的动力学立场，倚赖高度可扩展的动力学模型（如HKB）。
20210编辑于 2026-03-11 - 来自专栏仿真CAE与AI
一文分清 Abaqus 显式动力学和隐式动力学的本质区别
做 Abaqus 结构动力学仿真，很多工程师都会纠结一个关键问题：到底选显式动力学还是隐式动力学？ 两种分析方法分属 Abaqus/Explicit、Abaqus/Standard 不同求解模块，虽说都能计算结构受动态载荷产生的力学响应，但底层数学原理、适合的工况、运算速度与数值稳定表现差距较大。 ✅ 简单记忆：隐式 = 迭代求解 + 大时间步 + 适合慢速问题显式 = 直接计算 + 极小时间步 + 适合高速瞬态问题二、适用场景特征隐式动力学（Abaqus/Standard）显式动力学（Abaqus 在Abaqus/CAE中创建分析步时，若需进行隐式动力学分析，应选择“Dynamic, Implicit”，系统将调用Abaqus/Standard求解器；若需进行显式动力学分析，则选择“Dynamic 四、常见误区❌ 误区1：“显式只能做动力学，隐式只能做静力学”→ 错！
25800编辑于 2026-07-21 - 来自专栏单细胞天地
RNAvelocity 9：scVelo应用—动力学模型
动力学模型 在这里，我们使用通用动力学模型来解释完整的转录动态。 这产生了一些额外的见解，如潜在时间和假定驱动基因的识别。 与以前的教程一样，应用胰腺内分泌发育数据集来展示。 finished (0:00:00) --> added 'Ms' and 'Mu', moments of spliced/unspliced abundances (adata.layers) 动力学模型 我们运行动力学模型来学习剪切动力的完整转录动力学。 潜在时间 动力学模型可恢复细胞过程的潜在时间。这个潜伏时间代表细胞的内部时钟，并接近细胞在分化时所经历的实时，分析仅基于其转录动力学。 ，并可通过动力学模型中特征系统地被检测到。
1.1K10发布于 2021-10-09 - 来自专栏用户9688379的专栏
利用Adamsview搭建整车动力学模型
最近由于论文需要，需搭建整车的动力学模型，对比市面各种动力学仿真软件后，发现没有适合本课题的应用软件，所以只能自己动手，丰衣足食。 利用Adams/View搭建整车动力学模型，首先需要在三维软件中建立结构模型，之后导入Adams中添加约束，最后与Matlab/Simulink联合仿真。 第一步：三维模型的结构建模。 第二步：Adasm/View中约束的处理 1.减震器部分：推杆，导向结构，减震器之间用等速约束。 3.如果发现模型某一部分结构需要调整时，不用重新导入整个模型，首先在adams的模型树中将有问题的part删除，然后新建一个新的part，把再CATIA中修改后的模型重新导入到新建的part位置上就OK
2.3K20编辑于 2022-05-18
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号