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人工智能为基因疗法创建AAV衣壳
该出版物题为“全面的AAV衣壳适应景观揭示了病毒基因，并实现了机器引导设计”。 AAV衣壳是目前最常用的基因治疗载体，因为它们能够将基因物质传递到患者器官，并具有已证实的安全性。 在发表在《科学》杂志上的研究中，作者们展示了他们独特的机器引导AAV工程方法的进展。以前的研究方法很难在不破坏复合衣壳蛋白功能的情况下改变其功能，而且缺乏关于AAV衣壳如何与机体相互作用的知识。 以AAV2衣壳为研究对象，作者构建了完整的单密码子替换、插入，并对其体内传递的功能特性进行了测定。 然后，他们使用机器引导的方法，利用这些数据有效地生成多种不同的AAV衣壳库，这些衣壳库具有针对小鼠肝脏的多种变化，并且其性能优于传统随机突变方法产生的AAV。 在这一过程中，作者揭示了在所有最流行的AAV衣壳序列中，编码先前未被识别的蛋白质，它们被称为膜相关辅助蛋白。作者认为，该蛋白在AAV的自然生命周期中起着重要作用。
1.1K20发布于 2019-12-02 - 来自专栏生信技能树
单细胞亚群比例变化和表达量差异分析
首先是单细胞亚群比例，如下所示： 两个分组的单细胞亚群比例 可以看到，AAV9-Vegfb组相对于 AAV9-S2来说，主要是 处于增殖状态的内皮细胞这个单细胞亚群比例增多了。 _AAV9-Vegfb_barcodes.tsv.gz 11.9 Kb GSM3678223_AAV9-Vegfb_genes.tsv.gz 212.7 Kb GSM3678223_AAV9-Vegfb_matrix.mtx.gz 14.5 Mb GSM3678224_AAV9-S2_barcodes.tsv.gz 14.0 Kb GSM3678224_AAV9-S2_genes.tsv.gz 212.7 Kb GSM3678224 如果你具体看AAV9-Vegfb组相对于 AAV9-S2来说，确实是 处于增殖状态的内皮细胞这个单细胞亚群比例增多了。 AAV9-Vegfb组相对于 AAV9-S2来说 如果有做到原文作者那样的单细胞亚群命名，就需要自己去看文章里面的基因了，反正我使用另外一个整理好的内皮细胞亚群基因，发现非常的不好用： genes_to_check
3.1K30编辑于 2022-06-08 - 来自专栏ATYUN订阅号
亿航赴美上市 “无人机第一股”首日收盘持平
未来交通需要一个革命性的解决方案——亿航载人级自动驾驶飞行器（AAV）提供了一个安全、高效、便捷的空中交通解决方案。 除载人交通之外，亿航AAV还可应用于旅游观光、物流运输、医疗急救、消防应急等场景。 “得益于亿航自动驾驶、全备份安全、集群控制的核心技术，亿航AAV可实现全自动飞行。 3、空中媒体 亿航自主研发的AAV集群控制系统能使1台电脑控制上千架AAV同时飞行，并在空中实现厘米级高精度定位，飞行编队空间动态造型变换和自主安全机制。 亿航致力于AAV商业化赛道，仍正处于成长通道中。而作为一个新兴行业的早期阶段，市场仍难以对AAV企业给出一个合理估值。 据招股书显示，公司载人级AAV已获得CAAC(中国民航)签发的在部分地区进行试飞的书面批准，目的是评估其适航性并制定载人级AAV适航性行业标准，而公司业务相关拟飞行路线还需获得其他批准。
63110发布于 2019-12-19 蛋白语言模型能设计 AAV 吗？关键不在生成，而在如何兼顾可行性与新颖性
今天来介绍一篇使用蛋白质语言模型设计AAV衣壳的文章：这篇论文开发了一种结合蛋白质语言模型和强化学习的生成式设计框架，旨在生成兼具高度序列新颖性与功能活性的新型腺相关病毒（AAV）衣壳，并提出了一套基于生物物理特性的候选序列筛选策略 问题在于，蛋白序列空间极其庞大，实验筛选只能覆盖其中极小一部分，因此 AAV 工程越来越依赖机器学习来缩小搜索空间。 在这条技术路线上，过去不少 AAV 生成工作使用的是 VAE。 但这里又出现第二个问题：预训练 PLM 只会生成“像蛋白”的序列，不会天然生成“像可行 AAV capsid”的序列。 图 3 | 腺相关病毒 2 (AAV2) 的 3D 结构。 对于 AAV 这种功能约束很强的系统，仅靠通用蛋白先验远远不够。 这组结果的真正价值在于，它给一个很重要的负结论：通用 PLM 不能直接当 AAV 设计器。
14010编辑于 2026-04-17- 来自专栏智药邦
AI+基因治疗｜Dyno和安斯泰来宣布合作，总潜在价值超16亿美元
2021年12月1日，Dyno Therapeutics和安斯泰来宣布合作，将Dyno 的 CapsidMap™ 平台用于安斯泰来下一代腺相关病毒 (adeno-associated virus, AAV 这项研究合作将Dyno的人工智能驱动的AAV载体工程能力与安斯泰来基因治疗公司在基于AAV的管线方面的全球领导地位相结合。 根据协议条款，Dyno 将为基因治疗设计功能特性改进的新型 AAV 衣壳，安斯泰来公司将负责使用新型衣壳进行基因治疗候选产品的临床前、临床和商业化活动，包括制造。 该公司专有的CapsidMap™平台迅速发现并系统地优化腺相关病毒（AAV）衣壳载体，其性能明显优于目前的体内基因递送方法，从而扩大了基因疗法可治疗的疾病范围。 Dyno的衣壳序列空间综合图和人工智能驱动的工具加速了AAV基因疗法的设计，以优化可制造性和适用性，治疗更广泛的疾病。
67010编辑于 2021-12-06 - 来自专栏刘旷专栏
撑不起的亿航“空中的士”梦
不同于其他落难无人机企业，转战应用级无人机市场后，亿航因研制出全球首款载人无人驾驶飞行器（AAV）EHang 184一炮而红。 另一方面，商用AAV有望缓解地面物流运输劳动力成本高的问题，是未来中短距离物流运输理想选择。 目前，利用小型无人机进行短途物品配送仍处于初级阶段，相信随着AAV技术的不断进步，大规模的空中物流配送体系在未来会被实现。 其中，2019年亿航累计销售载人级AAV（亿航216）61架，相比之下2018年仅为3架，整体呈现向好发展态势。 诚然，亿航将载人级AAV卖出去获取了高收入但亏损依旧如影随形。 当下，亿航放弃消费级无人机业务，全身心投向空中交通解决方案业务，但空中交通解决方案业务仍处于行业初级阶段，尚未有国家或地区正式批准载人级AAV的商业化运营，亿航现阶段销售出去的载人级AAV仅用于测试、训练或演示
51310发布于 2020-04-27 - 来自专栏智能生信
Nat.Biotechnol. | 机器学习揭示克服基因疗法局限的秘诀
这项工作运用深度学习技术来设计高度多样化的腺相关病毒（AAV）衣壳蛋白变异体作为有效的DNA载体以扩大基因疗法的适用范围。另外该方法可以在产生改良病毒载体和蛋白质治疗剂方面发挥潜在作用。 在这项工作中，研究人员将机器学习引导的多样化应用于复杂的多蛋白装配体AAV衣壳，以测试从高通量实验收集的数据能否用于机器学习模型，成功指导功能性和多样化序列变体设计。 2 模型 AAV是重要的基因传递载体之一，但是有一些局限性。以前的工程策略在克服抗体中和方面均显示出有限的成功， 新的AAV设计可以克服当前载体的局限性，例如以前接触过AAV的患者的免疫力。 为了评估纯数据驱动的多元化方法，作者在二十面体AAV2 VP1蛋白三重对称轴附近生成了合成序列。 为了评估机器学习指导序列设计的不同策略，作者研究了训练集设计和机器学习模型架构的影响。 Deep diversification of an AAV capsid protein by machine learning. Nat Biotechnol (2021).
65520发布于 2021-03-03 - 来自专栏DrugOne
Nature | BindCraft 开源工具破解蛋白质结合剂设计难题，赋能治疗、基因编辑与基因递送
AAV是基因治疗的常用载体，但天然AAV靶向性差，常需高剂量给药，导致脱靶效应与免疫原性风险。传统AAV重定向方法依赖肽段插入或抗体片段融合，需大量筛选且难以控制结合位点。 通过 AAV 工程实现靶向基因递送。 该图呈现了利用 BindCraft 设计的结合剂重定向 AAV 载体以实现靶向基因递送的成果：a 为 AAV-cmv-GFP 重定向的示意图，展示了通过插入细胞类型受体特异性迷你蛋白结合剂，替代 AAV 对细胞表面聚糖的天然结合，实现靶向递送；b 为重定向 AAV 颗粒的嵌合组装示意图，包含天然亚基与插入结合剂的工程亚基，形成从头设计的蛋白质 - 蛋白质相互作用；c 为流式细胞术检测不同 AAV 变体对 HER2 或 PD-L1 过表达 HEK293 细胞的转导效率，标注了信号噪声比（× 倍），显示靶向 HER2 和 PD-L1 的 AAV 变体转导特异性显著提升，而野生型（WT）和敲除型（KO）AAV
90211编辑于 2025-09-02 - 来自专栏科研猫
CRISPR/Cas9的遗传病治疗-《Nature Medicine》3篇同刊
该研究选择了腺相关病毒9型（AAV9）作为递送载体。基因编辑系统需要进入细胞核内才能发挥其编辑作用，这就需要相应的递送工具，可利用AAV9(腺相关病毒)作为载体，将编辑系统导入细胞内。 疗法延长了早衰症小鼠的寿命 美国默克尔生物研究所 https://www.nature.com/articles/s41591-019-0343-4 该研究与西班牙奥维耶多大学的那篇靶向基因和位点大体一致，且运送载体也为AAV9 对杜氏肌营养不良症的AAV-CRISPR基因组编辑的长期评估 美国杜克大学 https://www.nature.com/articles/s41591-019-0344-3 杜氏肌营养不良 （Duchenne 结果显示，通过静脉单次注射AAV8装载的CRISPR后，基因组编辑效果在肌营养不良症的小鼠模型中可持续长达1年的时间。此外，在此期间抗肌萎缩蛋白表达的恢复得以维持。 ?
1.3K20发布于 2019-09-24 - 来自专栏刘旷专栏
亿航智能终于扭亏为盈了
依靠AAV销量 亿航智能招股书透露，亿航智能的业务主要分为城市空中交通（包括载人与物流）、智慧城市管理、空中媒体三个板块。 其中，空中交通业务是亿航智能的主营业务，而亿航空中交通业务收入来源主要是空中无人驾驶飞行器（AAV）的销售，因此AAV的销量与亿航智能的营收相关联。 全球首款商业交付的载人级自动驾驶飞行器（AAV）EH216第三季度的销量为23架，2019年同期则为18架。其中，在本季度出售的23架中，2架为新推出的EH216F（消防版）机型。 虽然基于市场需求在不断增长，亿航智能得以在本季度售出23架AAV，不过这些AAV多用于景区供游客欣赏，实际真正用于“空中交通”的AAV的产品仍在少数，扩大AAV应用范围，探索空中交通的可行性，仍是亿航未来发展的重中之重 今年7月，亿航智能推出新产品EH216F（消防版），是世界上第一款用于高层空中灭火的大型有效载荷AAV，可实现最高可达600米的飞行高度；9月，亿航智能再次推出另一款新产品EH216L（物流版），可为各种城市和偏远地区高频的点对点空中物流应用
57730发布于 2020-12-09 蛋白语言模型能设计 AAV 吗？关键不在生成，而在如何兼顾可行性与新颖性
更直白地说，这篇论文想解决的不是“会不会生成AAV序列”，而是“能不能在保证大概率不坏掉的前提下，往更远的序列空间探索”。 问题在于，蛋白序列空间极其庞大，实验筛选只能覆盖其中极小一部分，因此AAV工程越来越依赖机器学习来缩小搜索空间。在这条技术路线上，过去不少AAV生成工作使用的是VAE。 对于AAV这类任务，这个缺陷很关键，因为“更远的序列空间”里，才更可能出现训练集中没有覆盖的新性质，例如不同抗原性、更好稳定性或不同组织嗜性。 4.方法与技术路线拆解输入作者使用的是Bryantetal.2021的AAV2capsidviability数据集。 对于AAV这种功能约束很强的系统，仅靠通用蛋白先验远远不够。这组结果的真正价值在于，它给一个很重要的负结论：通用PLM不能直接当AAV设计器。
7910编辑于 2026-04-16AI+Drug 文献速递 | AlphaFold3 在 CASP16 表现几何？
hum.2024.227 代码: https://github.com/Sanofi-Public/CAP-PLM 简介: 论文提出基于蛋白质语言模型的机器学习模型CAP-PLM，可精准预测腺相关病毒（AAV ）衣壳突变体适应性，为AAV基因疗法成本控制提供支持。 该模型结合蛋白质语言模型和经典机器学习技术，利用AAV2单突变体数据训练。研究使用多个公开和内部数据集，对比预测值与实验值评估模型。 该研究为AAV衣壳工程提供有效工具，有助于优化临床AAV衣壳，推动基因疗法发展。 8.
16810编辑于 2026-01-08- 来自专栏Android逆向
Radare静态分析so文件-ARM64
48d03bd5 mrs x8, tpidr_el0 │ 0x0000f09c 081540f9 ldr x8, [x8, 0x28] ; aav ; fcn.0000f1d4(0x0) │ 0x0000f0d8 e80b40f9 ldr x8, [var_10h] ; aav e00308aa mov x0, x8 │ 0x0000f0e4 e10740f9 ldr x1, [var_8h] ; aav [0x0000eb50]> pdf @ 0x0000f144 ; UNKNOWN XREF from aav.0x00001f0c @ +0x664 ┌ 88: sym.std [var_8h] ; arg1 │ 0x0000f1e4 e00740f9 ldr x0, [var_8h] ; aav
1.4K00发布于 2020-12-06 - 来自专栏细胞培养
PEI转染试剂在293T、Expi293与CHO-S蛋白抗体瞬转中的应用：PEI MAX、Transporter 5与MAXgene GMP技术解析
摘要： 重组蛋白、单克隆抗体、AAV载体构建及慢载体构建等实验中，瞬时转染效率会直接影响表达产量、实验重复性以及后续工艺放大的稳定性。 本文围绕Polysciences / Kyfora Bio系列PEI转染体系，系统整理其在蛋白抗体瞬转、AAV载体构建、慢载体构建和工艺放大中的应用逻辑，并结合细胞状态、DNA质量、DNA:PEI比例、 与稳定细胞株构建相比，瞬时转染具有周期短、灵活性高、适合快速验证构建体和表达条件等优点，因此在早期蛋白表达、抗体功能筛选、AAV载体构建、慢载体构建以及小中试工艺摸索阶段使用频率较高。 对于需要长期重复开展抗体表达、AAV载体构建或慢载体构建的研究团队而言，稳定的细胞增殖趋势有助于减少工艺波动，也有利于后续建立标准化SOP。 六、293T贴壁细胞转染流程与关键控制点293T等贴壁细胞常用于慢载体构建、AAV载体构建以及部分蛋白表达实验。贴壁细胞转染前的核心要求是细胞状态良好、密度适中、汇合度合适。
13310编辑于 2026-05-13 nature neuroscience：小脑调节口渴
用表达 GFP 的 Cre 重组酶依赖性 AAV 处理对照 Pcp2-cre 小鼠（图 3k，l）。 对于光遗传学刺激，使用表达 Chr2 的 Cre 重组酶依赖性 AAV 来靶向Purkinje神经元。Chr2 与 EYFP 融合，以便可以监测受体表达。 Pcp2 与YGFP和 mCherry在小脑中的共定位超过 80％，证明在光遗传学和化学遗传学实验中使用 AAV 转导靶向Purkinje神经元的效率很高。 用表达 GFP 的 Cre 重组酶依赖性 AAV 处理对照 Pcp2-cre 小鼠（图 3k，l）。 AAV-hSyn-FLEX-GCaMP 治疗后 40 天，我们脑室内或静脉内注射重组白脂素并记录Purkinje神经元活动（图 7g、h）。
47010编辑于 2024-11-25NC：大规模记录自由活动小鼠的神经活动
将携带CaMPARI2序列的腺相关病毒(AAV)注射到小鼠的初级视觉和体感皮层。在向对侧眼睛播放漂移光栅电影期间，在PC光照射后，比较每个区域所有神经元记录的RGR中值。 有趣的是，虽然AAV-SYNI和Emx1-cre组的VI神经元的RGR范围明显大于SI神经元，但B6 PVoe组的RGR范围没有明显差异(图2e)。 我们发现，对于对侧眼刺激，Emxl-cre的d'值显著高于B6 PV，而非显著高于AAV-SYNI(图2f)。 此外，在本研究中，我们通过颅内AAV注射在特定皮质区域表达CaMPARI。因此，我们只能监测到有限数量的大脑区域。 通过系统注射AAv或开发转基因CaMPARI小鼠品系，可以最大限度地提高CaMPARI的全皮质记录能力。
86310编辑于 2024-02-28- 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】18 新的抑癌基因LHPP
与AAV对照相比，AAV-LHPP感染后L-dKO肝肿瘤负荷减少（箭头表示肿瘤）。 通过免疫印迹证实了在AAV-LHPP感染的L-dKO小鼠（20周）的肝中LHPP的过表达 ? AAV-LHPP的L-dKO小鼠几乎没有小肿瘤 ? 与感染AAV的人相比，感染AAV-LHPP的L-dKO小鼠的血清丙氨酸氨基转移酶（ALT），天门冬氨酸氨基转移酶（AST）和乳酸脱氢酶（LDH）的水平降低。对照小鼠中未观察到有害作用。
1.4K20发布于 2021-03-04 - 来自专栏全栈程序员必看
Landsat TM 波段组合[通俗易懂]
原帖：http://blog.sina.com.cn/s/blog_559ae5a90100aav8.html 发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/163488
1.5K20编辑于 2022-09-15 - 来自专栏韩曙亮的移动开发专栏
【C++】泛型编程 ⑪ ( 类模板的运算符重载 - 函数实现 写在类外部的不同的 .h 头文件和 .cpp 代码中 )
$char_traits@D@std@@@1@AAV21@AAV? AV0@AAV0@@Z)，该符号在函数 _main 中被引用 1>Y:\002_WorkSpace\002_VS\HelloWorld\HelloWorld\Debug\HelloWorld.exe :
1.4K10编辑于 2023-11-23 第五篇HD实验类文章--吸烟引发的人体牙龈组织变化的单细胞空间图谱
CXCL12可能上调CXCL14、S100A8/A9等促炎基因空间转录组验证：吸烟组巨噬细胞中CXCL14/APOE/C1QC/S100A8/A9等基因表达显著升高基因干预实验采用内皮特异性Tie1启动子构建AAV-shCXCL12 载体：尼古丁刺激下，AAV-shCXCL12组内皮细胞CXCL12表达降低70%该内皮条件培养基使骨髓源巨噬细胞（BMDMs）：✓ 促炎标志物CD86↓✓ 抗炎标志物CD206↑动物模型验证在"结扎+尼古丁注射 "构建的小鼠吸烟性牙周炎模型中：治疗效果：免疫荧光证实AAV-shCXCL12显著降低内皮CXCL12表达micro-CT显示牙槽骨破坏减少40%HE染色证实骨吸收面积缩小炎症调控：牙周组织中TNF-α
41320编辑于 2025-08-03
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