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吊打ChIP-seq的CUT&Tag技术
看到了发表于2020年8月的一个研究，标题是《Efficient chromatin profiling of H3K4me3 modification in cotton using CUT&Tag》 &Tag)和以前的 chromatin immunoprecipitation with sequencing (ChIP-seq) 技术，结论是 CUT&Tag技术实验流程更快，对peaks的分辨率更高 其中ChIP-seq的CUT&Tag技术的样品都有各自的input，分别是IgG和mock，所以其实需要找peaks信号的是另外的3个样品，它们的交集如下所示： ? peaks信号的交集 可以看到， ChIP-seq技术产生了更多在CUT&Tag技术找不到的peaks，这里作者认为是背景噪音。 然后在CUT&Tag技术的两个样品，rep1和rep2的peaks一致性非常好。 从后面的韦恩图也可以看出来： ? 当然，找到了的peaks，金标准是去igv肉眼看看，如下所示： ?
2K10发布于 2021-04-15 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（3）
引言 本系列[1] 将开展全新的CUT&Tag 数据处理和分析专栏。 Bowtie2 比对 CUT&Tag 插入文库的构造，采用 Tn5 适配器和带有条形码的 PCR 引物，具体如下所示： 常规操作是在一个 HiSeq 2500 测序通道中，对最多 90 个混合样本进行单索引
78410编辑于 2025-03-14 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（2）
质量检查参考：https：//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/bad_secorence_fastqc.html
40010编辑于 2025-03-06 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（5）
引言 本系列[1] 将开展全新的CUT&Tag 数据处理和分析专栏。 重复去除 CUT&Tag 技术会将接头序列插入到抗体连接的 pA-Tn5 附近的 DNA 中，而插入的具体位置会受到周围 DNA 可及性的影响。 实际上，发现高质量的 CUT&Tag 数据集的表观重复率通常很低，即使是看起来像是“重复”的片段，也可能是真实的片段。因此，不建议删除这些重复项。 这是因为这些样本中的数据来源于 CUT&Tag 反应中的非特异性片段化。因此，在进行下游分析之前，从 IgG 数据集中去除重复项是比较合理的。
69310编辑于 2025-04-04 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（1）
引言 CUT&Tag 简介 在真核细胞的核里，DNA 上发生的所有动态活动，比如基因表达调控，都离不开一个由核小体（包括它们的化学修饰）、转录因子和相关蛋白复合物组成的染色质环境。 这类方法在过去20年里不断发展，其中一种叫 Cleavage Under Targets & Tagmentation（简称 CUT&Tag）的技术用到了 protein-A-Tn5（简称 pA-Tn5 在 CUT&Tag 中，先把细胞或细胞核透化处理，然后加入针对特定染色质蛋白的抗体，再让带着镶嵌末端接头的 pA-Tn5 附着到抗体结合的地方。 相比传统的 ChIP-seq，CUT&Tag 的信噪比大大提高，绘制染色质特征所需的测序量减少了十倍左右。 目标 这个教程是为了指导大家如何处理和分析按照 Bench top CUT&Tag V.3 协议生成的 CUT&Tag 数据。
1.1K10编辑于 2025-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 分析教程 | 完结撒花
引言 本系列讲解 CUT&Tag 数据处理和分析教程教程[1]， CUT&Tag 数据处理和分析教程（9） CUT&Tag 数据处理和分析教程（8） CUT&Tag 数据处理和分析教程（7） CUT&Tag 数据处理和分析教程（6） CUT&Tag 数据处理和分析教程（5） CUT&Tag 数据处理和分析教程（4） CUT&Tag 数据处理和分析教程（3） CUT&Tag 数据处理和分析教程（2） CUT
71911编辑于 2025-05-15 - 来自专栏用户7627119的专栏
CUT&Tag：DNA-蛋白质互作研究“革新”技术，引领微量细胞表观遗传学
02 CUT&Tag数据展示 Henikoff等通过传统ChIP-Seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法对K562细胞中组蛋白修饰H3K27me3进行研究，结果显示，在相同的数据量（8M Reads 由于植物存在细胞壁、大液泡以及复杂次生代谢产物，植物组织中CUT&Tag的应用非常具有挑战性。 2021年4月，华中农业大学李兴旺课题组将CUT&Tag技术应用于单子叶植物水稻和双子叶植物油菜籽上，新鲜或交联组织都可提核后进行CUT&Tag实验，可以使用低至0.01g植物组织作为起始材料，一天即可完成实验 04 CUT&Tag在单细胞上的应用 CUT&Tag需要的细胞起始投入量低，使用试剂盒可以进行低至60个细胞的实验，这是传统的需要百万级细胞起始量的ChIP-Seq所不能及的。 2019年，Henikoff团队将CUT&Tag实验首次应用于单细胞，将大量的K562细胞进行CUT&Tag实验，Tn5切割后，通过Takara ICELL8单细胞分离系统把单个细胞分配到5184 纳米孔中
2.1K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信菜鸟团
分享一个Steven Henikoff 课题组做出来的新技术—sciCUT&Tag
❝今天来分享一个曾老师分享给我的，近期发表的 single-cell CUT&Tag (sciCUT&Tag) 技术，前一段时间我还在分析Cut&Tag和Cut&Run的数据，转眼就有新的技术更新了，仍然还是 ❞ Cut&Tag 相较于 Chip-seq 来说整体步骤简单，耗时比较短。 文章中是这么描述的：” 靶向和标记切割(CUT&Tag) 是一种抗体导向的原位染色质分析策略，正在迅速取代基于免疫沉淀的方法 ” 。而是否能够完全取代个人拙见肯定是需要基于做的实验吧，各有利弊。 CUT&Tag 技术是基于在单个细胞中进行染色质分析，但受到可以分析的细胞数量的限制。 与其他单细胞 CUT&Tag 方法相比，sciCUT&Tag 的吞吐量至少提高了四倍。 「sciCUT&Tag 方法通过可扩展的复用技术大大降低了每个样本的成本。」
1K30编辑于 2023-11-17 - 来自专栏细胞培养
刀豆蛋白A磁珠（Concanavalin A磁珠）应用解析：BioMag Plus ConA在糖蛋白富集与CUT&RUN（Cut&Tag）中的应用
BioMag Plus ConA磁珠通过将Con A共价偶联至磁性微球表面，实现了快速、高回收率的糖基化分子富集，同时也可用于细胞核捕获以及CUT&RUN、CUT&Tag等实验流程。 关键词：刀豆蛋白A磁珠, Concanavalin A磁珠, 糖蛋白分离磁珠, 凝集素磁珠, BioMag Plus ConA, 磁珠法糖蛋白纯化, CUTRUN磁珠, CUT&Tag磁珠一、为什么Concanavalin 在表观遗传研究领域，ConA磁珠能够高效捕获细胞及细胞核，因此成为CUT&RUN、CUT&Tag以及相关染色质分析流程中的常用工具。相较传统ChIP流程，其能够降低背景噪声，并减少样本需求量。 主要用于糖蛋白、多糖以及糖肽富集，同时也能够用于细胞核捕获以及CUT&RUN、CUT&Tag等表观遗传实验流程。Q2：为什么实验体系必须加入Ca²⁺和Mn²⁺？ An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sitesSingle-cell CUT
1800编辑于 2026-05-21 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（6）
简介 CUT&Tag 技术会在靠近固定酶的染色质颗粒两侧加上接头，不过染色质颗粒内部的标签化反应也有可能发生。 所以，当 CUT&Tag 针对组蛋白修饰时，得到的主要是核小体长度（大约 180 bp）或其倍数的片段。 通过绘制片段长度分布图（精确到单个碱基对），可以观察到 10 bp 的锯齿形周期变化，这是成功的 CUT&Tag 实验的一个典型标志。
45400编辑于 2025-04-13 - 来自专栏DrugOne
. | 张永有李增鹏团队开发无需抗体的高效染色质分析方法，突破传统CUT&Tag方法限制
以CUT&Tag为代表的染色质分析方法可生成高分辨率的文库，并且背景噪音极低，在染色质图谱绘制中被应用广泛。 图1.Af-CUT&Tag与CUT&Tag、Nano-CUT&Tag的比较。 Af-CUT&Tag可实现RNA聚合酶Ⅱ的高分辨率图谱绘制。 在进一步性能评估中，研究团队分别针对RPB1 Af-CUT&Tag、CUT&Tag和Nano-CUT&Tag数据集绘制了TSS图谱（图2c）。 图2.Af-CUT&Tag、CUT&Tag与Nano-CUT&Tag的比较评估。 结 语 Af-CUT&Tag技术突破了传统CUT&Tag方法的限制，提供了一种高灵敏度、无需靶抗体的表观遗传学分析方法。
13320编辑于 2026-03-02 Nat. Comput. Sci. | 基于深度矩阵分解的空间表观基因组数据去噪方法
该方法整合大规模单细胞表观基因组图谱、空间位置信息及组织图像特征，实现对空间 ATAC 和空间 CUT&Tag 数据的有效补全与去噪。 空间 CUT&Tag 数据中的信号增强 在空间 CUT&Tag 数据分析中，SPEED 显著增强了活性组蛋白修饰信号，并提高了由染色质状态推断的基因活性与实际基因表达之间的一致性，证明其适用于不同空间表观组技术 图 5｜SPEED 在空间 CUT&Tag 数据中对组蛋白修饰信号的增强效果。
16110编辑于 2026-01-22- 来自专栏生信宝典
Nature -- 空间表观组学与转录组学联合分析，揭示基因表达的精准调控
利用Zhang等人的方法进行表观基因组分析，通过ATAC-seq测量染色质可及性，或通过CUT&Tag（针对靶标的剪切和标记法）测量组蛋白修饰。 ATAC-seq或CUT&Tag与RNA测序（RNA-seq）以空间分辨率的方式相结合，发展出空间ATAC-RNA-seq和空间CUT&Tag-RNA-seq的新技术。 P22小鼠大脑还通过H3K27me3（抑制性）、H3K27ac（激活性）和H3K4me3（活性）组蛋白标记进行了空间CUT&Tag-RNA测序分析；CUT&Tag聚类与RNA聚类和组织组学呈良好的空间一致性
99140编辑于 2023-08-30 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（4）
引言 本系列[1] 将开展全新的CUT&Tag 数据处理和分析专栏。想要获取更多教程内容或者生信分析服务可以添加文末的学习交流群或客服QQ:941844452。 CUT&Tag 数据背景噪声较低，因此在人类基因组中，仅需 100 万比对片段就能为组蛋白修饰提供可靠的分析结果。而对于丰度较低的转录因子和染色质蛋白，下游分析可能需要 10 倍于该数量的比对片段。
50610编辑于 2025-03-31 - 来自专栏生信菜鸟团
CutRun and CutTag——Linux篇
最近课题有用到Cut&Tag和Cut&Run，所以这周推文想分享一下Cut&Run上游分析。 CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial (protocols.io) 新的ngs流程该如何学习（以CUT&Tag 数据处理为例子） #cuttag Cut Computematrix—2 「CUT&Tag peaks 区域热图」 使用从 SEACR 返回的信号区域的中点来对齐热图中的信号。
3K31编辑于 2023-10-30 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（8）
这类数据通常背景信号极低（即某些区域完全没有读数覆盖），这在 CUT&Tag 染色质实验中尤为常见。 尽管 CUT&Tag 实验的测序深度通常只有 100-500 万片段，但由于该方法的背景噪声较低，因此 FRiP 分数往往较高。
61110编辑于 2025-04-30 - 来自专栏智能生信
[Bio | 论文简读] DiffChIPL：一种基于limma的具有生物复制的高通量测序数据的差异峰值分析方法
DiffChIPL 在真正的 ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag 和 ATAC-seq 数据集上也表现良好。
53920编辑于 2022-12-29 - 来自专栏生信菜鸟团
初探转录因子与组蛋白修饰互作（1）
DNA和蛋白互作技术主要包括染色质免疫共沉淀技术(ChIP)、CUT&Tag、 DNA亲和纯化测序(DAP-seq)、凝胶迁移阻滞(EMSA)、酵母杂交系统和荧光素酶报告基因等。 ChIP-seq, CUT&Tag和DAP-seq"三剑客"是与高通量测序结合的技术,可在全基因组范围内研究DNA与蛋白互作,是很多课题的首选。
94510编辑于 2024-03-06 - 来自专栏生信技能树
Omni-ATAC：更新和优化的ATAC-seq协议（NatProtoc）
在下表中，作者比较了用于绘制DNA调控元件的最常用技术的一些技术和实验方面：ATAC-seq、DNase-seq、MNase-seq、ChIP-seq和靶向CUT&TAG，以帮助新用户决定哪种检测方法最适合他们的特定应用 ATAC-seq DNase-seq MNase-seq CUT&TAG or related ChIC techniques 酶的种类 Tn5 endonuclease endonuclease and
69711编辑于 2025-02-05 - 来自专栏生信技能树
单细胞级别的ChIP-seq和传统bulk数据分析流程差异大吗
很早以前我就在《生信技能树》的推文：新的ngs流程该如何学习（以CUT&Tag 数据处理为例子），提到了我自己是不太可能去把所有的ngs流程全部录制视频的，只能说是更好的传达学习方法给到大家。
82050发布于 2021-04-29
腾讯云开发者
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