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通过PubTator进行PubMed文本挖掘
效果展示 使用方式 PubTator API的使用 PubTator 提供了 API 以导出注释，并提供包括 curl 、 Perl 、 Python 、 Java 在内的四种代码示例。 /pubtator? 如: curl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator-api/publications/export/pubtator? pmids=26739349,28483577 如需获得文件, 在后面添加 -o output.pubtator 即可(对 pubtator 文件). 根据文档可知, 可以输出三种格式: pubtator (PubTator) biocxml (BioC-XML) biocjson (JSON-XML) 其中, PubTator 是以制表符分隔的,
3.8K20编辑于 2023-04-28 - 来自专栏DrugOne
. | 生物医学知识文献网站PubTator 3.0
在这方面，作者介绍了PubTator 3.0，这是一个旨在支持生物医学文献中的语义和关系搜索的新网站。 它在实体识别和规范化性能上超越了其前版本PubTator 2，也被称为PubTator Central（图2B）。图2C展示了PubTator 3.0的关系提取能力。 有几个项目使用PubTator创建了基因和遗传变异资源或丰富了疾病知识图谱。此外，PubTator还支持了生物标注工作和NLP基准测试的创建。 随着准确性的提高，PubTator 3.0将更好地支持这些用例。引入关系注释到PubTator 3.0为扩展使用场景开辟了新的途径。通过预先从文献中计算出的关系，复杂的研究问题往往可以直接得到回答。 PubTator 3.0的界面、API和批量文件下载可在以下网址获得：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator3/。
85910编辑于 2024-05-13 - 来自专栏生信菜鸟团
老板喊你调研文献？推荐你用R包软件②pubmed.mineR
18199908 17671349 17613705 16843701 16136557 15811229 15288343 > class(pmid) [1] "numeric" 3.3.3获取生物信息pubtator_function () 函数 pubtator_function() 只需输入 PMID（数字或上一步得到的 pmid）, 就可以给出相应的信息，如 'Gene’, ’Chemical’, ’Disease’ 等。 新版的pubmed可以直接导出pmid pubtator_output <- pubtator_function(pmid) 也可以直接输入PMID pubtator_ot6 <- pubtator_function 推文上还描述了一个报错 pubtator_ot1 <- pubtator_function(31158748) 但我这边正常 pubtator_output$Genes pubtator_output 3-在readabs()函数中我们可以批量获得PMID，然后pubtator_function()可以通过PMID获取如 'Gene’, ’Chemical’, ’Disease’ 等生物医学研究中常常用到的信息
98310编辑于 2023-09-09 - 来自专栏生信技能树
R包安利 ② pubmed.mineR—又一个PubMed利器
" # [43] "pubtator_result_list_to_table" "readabs" # [45] "readabsnew pubtator_output <- pubtator_function(pmid) ? 也可以直接输入PMID. pubtator_ot6 <- pubtator_function(31157505) ? 然鹅有时…… pubtator_ot1 <- pubtator_function(31158748) pubtator_ot1 # [1] " No Data " 也有歪果友人发生这样的问题，但直接输入 想获取其中一项： pubtator_output$Genes # [1] "nuclear factor kappa B>81736" "NF-kB>81736" #
2.9K11发布于 2019-06-15 - 来自专栏医学数据库百科
LitVar | 突变相关文章检索工具
如果觉得 pubmedj 检索的结果比较单调的话，那也可以尝试 [[PubTator-pubmed检索注释高亮]] 这个可以高亮显示疾病，基因信息的数据库。 最后值得注意的是，在 LitVarl 里面如果想要查看文章的具体内容的话，点击文章的题目是没用的，可以点击下面的 PMID 或者 PubTator 的链接。 就可以直接到 pubmed 或者 PubTator 里面查看了 突变相关数据库 [[muTarget-突变对表达影响预测]] [[QBiC-突变对转录因子结合位点的影响]] [[Simple ClinVar
1.6K00编辑于 2021-12-10 - 来自专栏DrugOne
人工智能时代的生物医学文献搜索
PubTator突出显示了由最先进NER工具识别的六种类型的概念，如基因和疾病。PubTator还通过批量下载和应用程序编程接口公开其注释，允许其他搜索引擎用PubTator概念增强搜索结果。 值得注意的是，PubTator已被集成到LitVar、LitSense和LitCovid等平台中。
75810编辑于 2024-03-18 - 来自专栏科研菌
推荐一个pubmed文献分析网站！
比如：connectedpapers、LitSense、PubTator。以上的这些工具各有各的用途。今天就来在给大家介绍一个基于pubmed来进行分析的工具吧。 1.
3.1K10发布于 2021-02-19 - 来自专栏医学数据库百科
MeSH: NCBI主题词数据库
快速了解某一个检索结果的内容 在之前介绍的 [[PubTator-pubmed检索注释高亮]] 当中，我们提到的对于检索结果的高亮可以让我们快速的了解这个文字当中有哪些相关的疾病/基因等等。
3.3K11编辑于 2022-02-08 Former系列总结 | 生物化学领域🧬| Magicformer? AI 魔法是否能点亮生物化学的未来？
Bioformer已成功部署到PubTator Central，为大规模文本挖掘提供了高效解决方案。 4.
18410编辑于 2026-01-08
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