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来自专栏三代测序-说
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （3）-- SQANTI3 v5.2
SQANTI 3 主要设计用来完成两个同等重要的任务（图2）： 1.长读序列定义的转录组分类和质量控制（SQANTI3 QC）。然而，最近我们在SQANTI 3 工作流程中加入了最后一个步骤（SQANTI3 rescue）： 3.参考转录本的补救（SQANTI3 rescue）。旨在通过参考基因组注释去除artifacts。通过运行SQANTI3 rescue程序，SQANTI 3 将选择已经被去除的aritfacts可信对应的参考转录本，并将它们添加回过滤后的转录组中。一、SQANTI3 v5.2 安装 SQANTI3的下载 $ wget https://github.com/ConesaLab/SQANTI3/archive/refs/tags/v5.2.tar.gz $ tar -xvf v5.2.tar.gz SQANTI3的conda环境创建 $ cd SQANTI3 $ conda env create -f SQANTI3.conda_env.yml $
4.2K11编辑于 2024-01-28
来自专栏天意生信俱乐部
三代测序100问（19）：纳米孔直接RNA测序分析流程（下）——从序列到生物学洞见
转录本分类与提取：为了进一步对这些转录本进行系统性分类（如已知、新异构体、新基因座等），我们可以利用SQANTI3工具。 SQANTI3会将IsoQuant输出的GTF文件与参考基因组注释进行详细比对，为每个转录本打上精确的分类标签。
37010编辑于 2025-11-20
来自专栏三代测序-说
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （2） -- pigeon
Pigeon基于SQANTI3开发，其输出与单细胞Seurat软件下游分析兼容。 UHRR.collapsed.sorted.gff human_ref/GRCh38.sorted.gtf human_ref/GRCh38.fa 测序聚类所得的转录本根据参考基因组注释文件进行以下分类（图5），分类标准参照SQANTI3
3.4K11编辑于 2024-01-26
来自专栏三代测序-说
全长转录组 | PacBio 全长转录组测序的时代是否已经来了？ Kinnex full-length RNA Kit测评
关于数据分析，采用SQANTI3软件对异构体进行分类，并配合IsoQuant深入分析基因和转录本表达水平(2)。感兴趣自己分析的小伙伴请参考我写的详细教程。全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （3）-- SQANTI3 v5.2 全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant
2.8K31编辑于 2024-04-02
来自专栏天意生信俱乐部
长读长测序揭示结直肠癌异常可变剪接图谱与新型治疗靶点
使用SQANTI3 v1.6.1（基于GENCODE v34）进行转录本注释、分类和质量评估，并通过Fusionseeker v1.0.1检测基因融合。
43910编辑于 2025-04-23

全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （3）-- SQANTI3 v5.2

三代测序100问（19）：纳米孔直接RNA测序分析流程（下）——从序列到生物学洞见

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