Chai-2已经把抗体设计成功率从0.1%提升到16%,而且还是零样本!不仅是技术奇迹,这更是范式革命:下一代药神,可能不是生物学博士,而是提示词工程师。 AI药神来了? 最近,AI初创Chai Discovery宣布: 分子设计模型Chai-2正在重构药物设计逻辑。 如果说结构预测是生物界的ImageNet,那么Chai-2就是生物界的Midjourney。 随后,Chai-2模型既能生成蛋白质序列,同时也能生成它的3D结构,而且能与该靶点结合。 行业革命:真正的「零样本」 类似大语言模型,Chai-2也涌现了类似「词汇」之类的概念性结构。 也许,蛋白质之间的相互作用规律,早已嵌在数据中。而Chai-2能够将这些规律泛化到全新的领域。 通过这种方法,团队真正说服了自己,也说服整个科研界:Chai-2确实有效。
Chai-2和Latent-X2生成的抗体不仅结合性能优异——它们更具备了“药物特性”!表达量高、稳定性强、无聚集倾向,且脱靶结合率低。 这类可开发性特征的优化通常耗时数月,是研发中的难点。 2024年末,Nabla已证明其JAM-1模型能生成符合“行业标准”可开发性指标的从头设计VHH抗体,而新版JAM-2的表现甚至可能超越Latent X-2与Chai-2。 从现有信息看,Chai-2可能也未经可开发性数据训练——这主要基于其团队规模、人员构成及未提及定制数据集的推测。或许他们使用了少量公共数据集作为评分指标,这点尚不明确。 Chai-2和Latent X-2均采用大于或等于90%的单体纯度(通过SEC测定)作为标准,且Latent X-2将此作为额外的警示旗标(flag)阈值。 何况Chai-2抗体至少在热稳定性上超越了框架匹配的对照样本。虽然存在更细致的反驳观点,但笔者尚未找到令人信服的论据。 Nabla宣称通过70余项从头设计抗体项目训练JAM模型。
2024年11月,Chai完成1.3亿美元融资,并公布其Chai-2模型,据称可从头设计完整单克隆抗体,成功率超过50%,比早期方法提升两个数量级。
例如Chai2平台,Chai-2的突破不仅是AI在药物研发领域的里程碑,更预示着生物学从科学向工程化的转型。 未来,随着Chai-2在制造可行性、药代动力学等领域的进一步优化,AI驱动的药物研发有望实现“一次设计即成”的目标,为癌症、自身免疫疾病及感染性疾病等领域带来革命性进展。
., 2024 扩散模型从头设计 原子级精度;可指定表位 需要已知复合物结构或结合位点先验信息 Chai-2 近期报道 多模态生成模型 据报道可识别多个GPCR纳米抗体,含功能性激动剂 细节有待同行评审 相当) • 针对 GPCR 特异性的微调(fine-tuning)模型 扩展至其他靶点类型: • 对于当前 AF-M 表现不佳的靶点(可溶性蛋白、非GPCR膜蛋白),可结合 RFdiffusion、Chai
从AlphaFold2到RFdiffusion,再到BindCraft与Chai-2,这些工具展示了设计复杂度和自主性的不断提升。AI的开放与普及,使研究人员的关注点从“能否实现”转向“能如何应用”。
可以使用多模态 BioFMs(如 Latent Labs Latent-X2 和 Chai Discovery Chai-2),通过某机构的服务(包括某机构 Bio Discovery、某机构 SageMaker