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Cytoscape插件7：MCODE
MCODE,Molecular COmplex Detection 发现PPI网络中紧密联系的regeions，这些区域可能代表分子复合体。 根据给定的参数，分离dense regions，这相对其他cluster方法有其优点，因为其他的方法很少考虑网络的其余部分。总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Dense region。这主要基于connection data，其中很多已经被证实是complex。这个函数不会被因高通量技术带来高假阳性影响。分子复合体预测很重要，因为这可以提供功能注释的另一个水平。因为sub-units of a molecular complex通常情况下，功能代表同一个生物目标分子，对一个未知pro的预测（作为复合体一部分），对这个pro的注释也增加了可信度。 MCODE也可以对感兴趣的dense区域进行提取并可视化，这点很重要，因为现有的工具比如spring不能对大的网络进行操作（spring不能大于2000个nodes）。
4.2K20发布于 2018-10-11 - 来自专栏生信小驿站
美化cytoscape图片
首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/)，选择好蛋白的输入方式后，输入一列差异基因，STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因，格式也是每行
3.3K20发布于 2020-10-29 - 来自专栏生信宝典
Cytoscape教程（一）
What is cytoscape Cytoscape is an open source software platform for visualizing molecular interaction They may be developed by anyone using the Cytoscape open API based on Java鈩? Most of the Apps are freely available from Cytoscape App Store. How to install cytoscape Install Java if you do not have one. Download cytoscape. This file can be imported into Cytoscape by File - Import - Table.
1.8K60发布于 2018-02-05 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
Cytoscape的入门
Cytoscape用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起。 虽然Cytoscape也能适用于 其他分子构件和相互作用，但其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。 Cytoscape的核心是网络图，其中的节点（node）是基因、蛋白质或分子。其中连接的就是这些生物结构之间的相互作用。 系统要求 Cytoscape是一个JAVA程序，能在Linux、Windows和Mac OSX上运行。 对于其他能安装Java5的操作系统平台，比如Solaris和FreeBSD为代表的UNIX，Cytoscape也能运行。 首先我们需要下载并安装 cytoscape 软件。
1.6K30发布于 2020-08-06 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件5：DisGeNET(1)
可以应用cytoscape的layout算法来产生你想要的方式，例如选择organic。应用disgenet style。 例如使用cytoscape搜索框发现disgenet不同的疾病，包含alzheimer，如下图 ?
2.6K31发布于 2018-09-10 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件4：iRegulon
信号通路的调控因子（RBPJ,HEY1,HEY2,HES1） 1.得到参与notch信号通路的基因 为了得到这些基因，我们使用pathway commons web service client from cytoscape the “notch signaling pathway” from NCI/Nature pathway interaction database(ID:notch_pathway)（注意这里 在新版cytoscape
3.7K21发布于 2018-09-10 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件1：Centiscape
Cytoscape的插件或多或少都有一些弊端，Centiscape是目前（文章时间2009）唯一一个可以一次计算多个中心值的插件（相对于network analysis等）.它可以根据拓扑和生物学属性寻找最显著差异的基因 它的结果可以作为普通属性文件使用，丰富了cytoscape的核心分析也可以用其他插件进行分析。而它的plot by nodes和plot by centrality非常有意义而其他工具不具备这些。
3K31发布于 2019-02-25 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件2：CytoHubba
CytoHubba:发现复杂网络的关键目标和子网络 网络对呈现包括PPI，基因调控，细胞路径和信号转导等多种类型生物数据非常有用。我们//+重要性，并且这也能帮助我们发现网络中的中心元素。 cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11中拓扑分析方法，包括，Degrre度，Edge Percolated component边过滤成分，Maximum neighborhood component，Density of Maximum Neighborhood Component，Maximal Clique Centrality and six centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress)以上这些基于最短路径，MCC是新提出的方法，在酵母PPI网络中对关键蛋白的预测有更好的表现。比如依据给定的重要性概念对网络中心性对节点进行排名可以发现重要信息。 研究发现，一个蛋白的degree和他的基因的重要性直接相关，换句话说，具有高degree的蛋白更倾向于是关键蛋白。 已经有几个插件可以对网络数据进行节点排名，比如NetworkAnalyzer和CentiScaPe，他们可以计算有向或无向网络的拓扑参数。这些插件比其他常用的插件提供了更多的中心性测定指标，但是一些其他重要的特性和最近发展的方法他们并未包括进去。不同的方法聚焦不同的拓扑特点或者，相似的特征有着不同的计分策略。为了让生物工作者对网络特点的利用更加辩解，我们编写了cytoHubba插件以执行我们最新发展的算法和几个流行的算法。 加强的node 获取功能控制面板可以帮助研究者搜索和探索网络，并且可以提取感兴趣的子网络。 使用方法 CytoHubba界面提供了一个简单的交互界面有11个得分方法的分析界面。 首先，所有11中方法在每个node中的得分都会被赋予，当然前提是加载了PPI网络，并执行了“compute hubba result”功能。
7.1K10发布于 2018-09-10 - 来自专栏生信宝典
Cytoscape之操作界面介绍
Cytoscape 简介 Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。 Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起。 Cytoscape的核心是网络（图），其中的节点（node）是基因、蛋白质或分子，其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用。 第二步 安装Cytoscape软件 Cytocape从http://cytoscape.org 网站上下载，无论Linux和Windows都可以简单安装。 但是Linux如果没有图形用户界面，Cytoscape启动有问题，目前还没有解决方案。 Cytoscape 使用 Cytoscape 的界面与功能 主界面 ?
4.4K101发布于 2018-02-05 - 来自专栏生信技能树
生信必备技能——Cytoscape
主要是因为，这个步骤呢，主要并不是R代码完成，是需要把差异基因列表输入到string这个网页工具（https://string-db.org/），获取PPI然后导入cytoscape软件，这些过程需要大量的截图才能说清楚事情 而我这样超级懒货肯定是不愿意耗费时间在这些方面，不过架不住有需求的粉丝多，大量的私信和群聊提问都表明了需要cytoscape制作网络图的教程。 于是就有了我们的这个cytoscape制作网络图的课程啦！ 一、背景 cytoscape 目前是最出名的网络可视化神器，免费，零代码，过2万的引用率是最强大的口碑. ? 二、课程目录 Cytoscape 简介 绘制：蛋白互作网络(string PPI) 绘制：miRNA 调控网络 插件：cytoHubba （关键基因） 插件：MCODE （关键子网络） 插件：stringAPP 因为这个cytoscape软件并不是很方便下载，而且上面大量的插件都比较麻烦，所以我们打包了它们在百度云盘和腾讯微云给大家，还包括一些图文并茂的教程，而且提供微信交流群方便大家互相帮助，分享高分文章的绚丽的网络图
3.5K40发布于 2021-04-29 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape中文教程（2）
7 支持的网络文件格式 Cytoscape可以读取一下格式的文件，这些文件实际是提供了cytoscape和其他一些工具的接口。 Cytoscape允许用户添加任意的node，edge和网络信作为node，edge和网络数据列，添加到cytoscape。这可以包括，比如，在PP交互作用中添加一个基因的注释数据或置信度。 8.2 legacy cytoscape 属性格式 除了表格数据，当前cytoscape版本仍然可以使用之前的一些文件格式。 ,如果第一个值仅仅包含数字而没有小数点，cytoscape会认为是java.lang.integer，若都不是那cytoscape会认为是java.lang.string（字符串）。 注意：当cytoscape完成加载后，加载窗口会自动关闭。
6K30发布于 2019-02-25 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape中文教程（1）
写在前面，这个教程真的有点长，是我早期翻译的，如果你完全不懂Cytoscape，那么你读这些，应该会做出非常漂亮的各种基于cytoscape及插件的图，因为这个教程真的很白。 ） usage: cytoscape. Cytoscape ? 某些操作可以在cytoscape产生新的网络。 6Nested NETworks：嵌套网络 Cytoscape有可以把潜逃网络和任何节点联系一起的功能。一个嵌套网络可以是任何当前在cytoscape里已经定义的网络。
12.2K42发布于 2018-09-10 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape中文教程（3）
并且在cytoscape桌面会显示一个新的网络，每个node代表一个基因或蛋白，每个边代表代表在在选择的文章里发现的联系（太强大了!）. 注意，cytoscape提供了非常多的layout方式，包括登记，环形，基于属性的输出。可以多体验。 否则，依然遵从box3也就是14.下面详细说下这种属性文件的建立方法 为了输入属性文件和表达数据文件到cytoscape，基因或蛋白的标识符必须和cytoscape中的nodeID（或其他cytoscape image.png 29 在cytoscape画布上，你会发现，节点颜色红色到绿色分布 （i）低表达值，绿色。 后记：到这一步为止，基本已经掌握了cytoscape作图的功能。更多的细微调节可以自己摸索去调节。
4.8K118发布于 2019-02-25 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件6：CluoGO+Cluepedia
具体的步骤方法 1 数据输入 基因标识数据集可以以简单的text文本文档上传，也可以来于cytoscape的基因网络图。cluego支持几种基因标识符和物种。并且可以扩展。 并且，网络以cytoscape支持的organic输出方式进行展示，这是基于一定几何算法的。根据预先设定的组别，功能组可以被不断的富集merge，当然都是基于kappa算法阈值。
4.6K30发布于 2018-09-10 - 来自专栏生信技能树
cytoscape中文手册推荐（配视频）
刷朋友圈看到了一个《Cytoscape 3.10.0 用户手册》，在线阅读链接是 https://cytoscape.leovan.tech/ ，不喜欢看英文的小伙伴可以读一下： 不喜欢看英文的小伙伴可以读一下 我们之前也有过一个专辑：《cytoscape十大插件》，详见：cytoscape十大插件之九 - 转录调控王者 iRegulon，而且在b站有配套视频操作演示，可以任意快进快退的学习它。 以下是Cytoscape的一些常见用法： 网络可视化： Cytoscape主要用于可视化生物网络，例如蛋白质相互作用网络、代谢网络、基因调控网络等。 你可以根据自己的需求在R中与Cytoscape进行更深入的交互。在使用RCy3时，你需要确保你的计算机上已经安装了Cytoscape软件。 在Cytoscape中导入你的基因网络数据，创建节点和边。 在Cytoscape中导入WGCNA的模块信息CSV文件，将每个节点与对应的模块进行关联。
2K62编辑于 2023-09-04 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件3：Enrichment Map(1)
如Onto-Express，cytoscape的插件BiNGO和WebGestalt展示了GO条目等级结构。这有助于发现条目间的父子条目关系，但是这个应用仍然受限于等级词汇。另外的工具有一些灵活性。 MCM软件和ClueGO（cytoscape插件）比DAVID提供了一个更丰富的可视化解决方案，把富集的基因集以网络形式展示，其中每个基因集代表一个node，边代表相似基因集间的联系。 Enrichment Map可以自由获得使用，是cytoscape的一个开放插件资源。
3.7K21发布于 2018-09-10 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件3：Enrichment Map(2)
5.EM:重叠检测和网络可视化 基因集定义和富集列表文件在cytoscape插件EM中加载，并且通过显著性进行过滤，用户可以自行设置p-value和FDR阈值。 并且以cytoscape force directed输出，权重mode。OC或JC定义了边的权重。 6 EM：应用 EM作为一个java插件免费在cytoscape网络中可视化和分析。
1.8K30发布于 2018-09-10 - 来自专栏生信技能树
cytoscape的十大插件之--cytoHubba插件
下面是cytoscape讲师的笔记 一、软件下载 cytoscape 毋庸置疑是最出名的网络可视化神器，过万的引用率是最强大的口碑，它支持的网络种类很多。 Download Cytoscape 目前已经进化为一个平台，上面可以有成千上万的各种数据分析工具的扩展插件。 r-- 1 jimmy staff 2.0M Jan 29 17:28 stringApp-v1.4.1.jar 这些插件的安装问题，我简单说一下，官网有个下载地址：http://apps.cytoscape.org （或者我们有视频直播课程，在：生信必备技能——Cytoscape ，感兴趣的可以加入学习） 推荐在这里下载cytoscape的APP：https://apps.cytoscape.org/apps/all 示例数据：Yeast Perturbation 如果页面没有，大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 ?
26K96发布于 2021-04-29 - 来自专栏生信技能树
cytoscape的十大插件之六-GENEMANIA
五一劳动节，连续五天，在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧，课程已经结束啦。文末有录播回放学习方式，以及配套授课资料！ 下面是cytoscape讲师的笔记 一、初识 GeneMANIA (http://genemania.org/)是个可生成关于基因功能的假设，分析基因列表和根据功能分析基因优先级的数据库。 cytoscape也可以下载其app进行分析，网络图调整，但里面要下载非常大的数据集，如果断网还得重新下载，推荐大家直接使用网页版！
9.2K34发布于 2021-05-27 - 来自专栏Y大宽
Cytoscape插件5：DisGeNET(2)应用实例
然后，我们在在使用cytoscape的搜索框搜索“diabetes”，我们立即看到两个疾病联系在一起了（三个糖尿病node）。 步骤如下 Gene disease network，source选择curated， 为了达到这个目的，我们先利用cytoscape自己的功能，选择代表慢性阻塞性呼吸疾病的nodes和他们的相关基因，select 在生存的大网络中，在cytoscape的搜索框中输入Chronic Obstructive Airway Disease或者在下面的table面板找寻这个病，找到后右击选中，然后以这些选中节点进行扩增， 在这个网络中，可以在table面板中查找，可以在cytoscape的搜索框中输入obstructive diabetes，会发现3个糖尿病亚类型和慢性阻塞这个疾病，见下图 ?
2.9K31发布于 2018-09-10
腾讯云开发者
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