使用DescTools包中的CochranArmitageTest()函数进行检验: DescTools::CochranArmitageTest(df) ## ## Cochran-Armitage
Chi-squared test ## ## data: df$Y and pred ## X-squared = 14.246, df = 2, p-value = 0.0008065 计算伪R2: DescTools
课本还介绍了Breslow-Day对各层的效应值进行齐性检验,这个检验可以通过DescTools包实现: library(DescTools) ## Registered S3 method overwritten by 'DescTools': ## method from ## reorder.factor gdata BreslowDayTest(myo) ## ## Breslow-Day
Chi-squared test ## ## data: df$Y and pred ## X-squared = 39.521, df = 4, p-value = 5.436e-08 计算伪R^2: DescTools
(老俊俊的生信笔记)这里用到了一个函数getRotatedPolygon 把原始数据进行转换(这里转换的逻辑我暂时还没想明白),这个函数来源于R包BioSeqUtils,我安装这个R包的时候遇到报错,DescTools
除了ICSNP外,还可以使用DescTools::HotellingsT2Test实现,但是该函数完全来自于ICSNP包,基本完全一样,所以不再介绍,还有一个rrcov包也可以实现hotelling-T2 也可以使用DescTools或者rrcov实现,完全一样的用法(注意函数的名字略有不同),结果也完全一样,这里就不再重复了。
DescTools 包里的 PlotPyramid( ) 函数,以及 epiDisplay 包里的 pyramid( )函数都可以用来绘制金字塔图。
0.466253375 0.655579178 # 偏差 deviance(f) ## [1] 40.02758 # 残差自由度 df.residual(f) ## [1] 42 # 伪R^2 DescTools