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来自专栏小明的数据分析笔记本
如何根据物种拉丁名找到其在NCBI Taxonomy所处的位置
之前读 ete3 的帮助文档的时候看到过类似的功能http://etetoolkit.org/docs/latest/tutorial/tutorial_ncbitaxonomy.html。最近可能会用到这个功能，记录自己使用的代码 (首先是安装ete3：自己windows10电脑安装了Anaconda3，直接在DOS窗口下使用命令pip install ete3即可安装) 单个物种以石榴（Punica granatum）为例 from ete3 import NCBITaxa ncbi = NCBITaxa name2taxid = ncbi.get_name_translator([ littorea Punica granatum Heimia myrtifolia Sonneratia alba Epilobium ulleungensis 代码 import sys from ete3
2.4K50发布于 2020-03-03
来自专栏生信宝典
ETE构建、绘制进化树
64.sh -b -p ~/anaconda/ export PATH=~/anaconda/bin:$PATH; # Install ETE conda install -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps # Check installation ete3 version ete3 build check github源码安装 wget https://github.com -O ete3.20160719.zip unzip ete3.20160719.zip python setup.py install yum install python-six.noarch ete3 ete3 compare -r newtree1.nwq -t "tree2.nw tree3.nw tree4.nw" --unrooted # Tree file can be got using 取代ete3, 后面的代码不变。
4K50发布于 2018-02-05
来自专栏生信宝典
Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法
安装ete3 使用官方的推荐命令安装时出了问题，py3.5的包装到了py2.7环境下。解决办法，新建一个py2.7的环境，然后安装。 ETE构建、绘制进化树 # 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3 # ete3存在于2个通道中，官方推荐使用自己的通道，但没有成功 # -n 指定安装环境 -c 指定下载通道 # conda install -n phylo -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps # bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道，将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install -n phylo ，如下 # anaconda_path/envs/phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate
2.5K60发布于 2018-02-05
来自专栏生信宝典
Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出
安装ete3 使用官方的推荐命令安装时出了问题，py3.5的包装到了py2.7环境下。解决办法，新建一个py2.7的环境，然后安装。 # 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3 # ete3存在于2 # bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道，将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate phylo # 在新环境里面执行命令操作 ete3 -h # 其它操作表示需要启动的软件环境，也就是上面conda create建立的环境 # -b：一般不需要指定，如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径 conda_env_run.sh -c 'ete3
2.4K10发布于 2019-08-23
来自专栏生信宝典
一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移
Use 'conda deactivate'. ct@ehbio:~# which python /usr/bin/python 在环境phylo中安装ete3 起因是使用官方的推荐命令安装时出了问题， # 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3 # ete3存在于2 # bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道， # 将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate phylo # 在新环境里面执行命令操作 ete3 -h # 其它操作表示需要启动的软件环境，也就是上面conda create建立的环境 # -b：一般不需要指定，如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径 conda_env_run.sh -c 'ete3
3.7K10发布于 2021-12-01
来自专栏BioIT爱好者
一文掌握 conda 安装配置生物信息软件
# 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3 # ete3存在于2 个通道中，官方推荐使用自己的通道，但没有成功 # -n 指定安装环境 -c 指定下载通道 # conda install -n phylo -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps # bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道， # 将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate phylo # 在新环境里面执行命令操作 ete3 -h # 其它操作表示需要启动的软件环境，也就是上面conda create建立的环境 # -b：一般不需要指定，如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径 conda_env_run.sh -c 'ete3
5.4K32发布于 2021-10-15

如何根据物种拉丁名找到其在NCBI Taxonomy所处的位置

ETE构建、绘制进化树

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Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

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