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1000 Genome Project
1000 Genome Project 的目标是发现在人群中频率大于1%的变异位点，对来自不同人群的大量样本进行测序，识别到了许多的变异位点，为人类遗传变异的研究提供了一个综合的资源。
1.8K20发布于 2020-05-11 - 来自专栏AIUAI
Dataset - Visual Genome 数据集
Visual Genome dataset Visual Genome 主页 Visual Genome Data Visual Genome Readme Visual Genome 数据集总览： 108077 Visual Genome 数据标注 数据集主要包括七个主要部分： region descriptions objects attributes relationships region graphs Visual Genome 数据集旨在对图片里出现的所有视觉 objects 进行标注，objects categories 类别达到 33877 种. 1.3. Visual Genome 数据集. Reference [1] - Visual Genome Home [1] - Visual Genome Doc [2] - Scene Graph Generation by Iterative
4.2K110发布于 2019-02-18 - 来自专栏生信修炼手册
KEGG Genome 数据库
kegg Genome 由organisms，selected viruses 和 Metagenomes 3个数据库构成。 kegg官网提供的Genome 数据库的构成示意图如下： ? 总结 kegg genome 数据库存储物种信息，由organisms , viruses, metagenomes 三个数据库构成。
1.1K20发布于 2020-05-09 - 来自专栏yw的数据分析
UCSC genome browser 个人track 安装
因此我们可以用UCSC开发出的genome browser，可以直接把数据信息写成track，连上genome browser 上查看，它还支持安装到本地服务器上（genome browser in box WIG格式要在genome browser 上查看最好转换为bigWig文件，bigWig文件是index后的二进制WIG文件，在genome browser上查看更加快速，用wigToBigWig命令 传到genome browser上可以看到不同位点的变异信息。 bed文件可以在前面添加track和browser行，作为一个track传上genome browser。后面会详细说明。 UCSC hub track 定义文档 ：http://genome-asia.ucsc.edu/goldenPath/help/trackDb/trackDbHub.html
1.8K20编辑于 2022-03-10 - 来自专栏AIUAI
Dataset - Visual Genome 数据集格式
Visual Genome 数据集格式 Visual Genome Readme 1.
2.6K60发布于 2019-02-18 - 来自专栏Fanssi的学习笔记
centos 中安装与使用genome
3.在centos7里面的默认运行级别可以查看到有两种：multi-user.target和graphical.target。
85630发布于 2020-07-01 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
3D-Genome 分析|简介（1）
本系列合集主要用于3D-Genome(Hi-C )系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop检测，差异分析等，欢迎订阅！
24000编辑于 2025-03-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
3D-Genome | TAD 调用之 HiCseg
合集说明 本系列合集主要用于 3D-Genome (Hi-C ) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检测，差异分析等，欢迎订阅！
28400编辑于 2025-04-19 - 来自专栏DrugOne
Genome Biology | 建立预测疾病miRNA的benchmark
---- 今天给大家介绍2019年10月，北京大学基础医学院周源团队、崔庆华团队和河北工业大学李建伟团队合作在Genome Biology上在线发表的题为Benchmark of computational Genome biology, 2019, 20(1): 1-13. 作者 闫肖冬
83150发布于 2021-01-29 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
3D-Genome | TAD调用之TopDom
合集说明 本系列合集主要用于 3D-Genome (Hi-C ) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检测，差异分析等，欢迎订阅！
36010编辑于 2025-04-01 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
3D-Genome：认识接触矩阵(contact matrix)
"contact list"（又称"pairs"文件）记录了测序读段比对后筛选出的有效互作位点对，是构建基因组互作矩阵的初始数据。在后续矩阵生成或标准化步骤中，可能进一步过滤（例如去除自互作的对角线数据）。
49500编辑于 2025-07-03 - 来自专栏智能生信
【Genome Biology】四篇好文简读-专题3
论文地址： https://genome.cshlp.org/content/31/10/1913.abstract 二 论文题目： Multimodal single-cell/nucleus 论文地址： https://genome.cshlp.org/content/31/10/1900.abstract 代码地址： https://github.com/ChengF-Lab/alzGPSnet 论文链接： https://genome.cshlp.org/content/31/11/2095.abstract github链接： https://github.com/ZhaozzReal/IPAFinder
58110编辑于 2022-10-05 - 来自专栏智能生信
【Genome Biology】四篇好文简读-专题1
GiniClust: detecting rare cell types from single-cell gene expression data with Gini index
49510编辑于 2022-04-06 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
在genome browser中添加自己的注释文件
genome browser中的track hub默认是用的GENCODE vM23（mouse）： ? 这样方便快捷，但是有个很大的弊端，就是这样自己看可以，但是当我们把链接（http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?
3K20发布于 2020-08-11 - 来自专栏智能生信
【Genome Research】四篇好文简读-专题1
论文链接： https://genome.cshlp.org/content/early/2021/03/15/gr.268110.120.abstract 代码链接： https://github.com 论文链接： https://genome.cshlp.org/content/31/3/448.abstract Github链接： https://github.com/suhrig/arriba 三 论文地址： https://genome.cshlp.org/content/31/2/301 四 论文题目： Predictive modeling of single-cell DNA methylome 论文链接： https://genome.cshlp.org/content/31/1/101 Github链接： https://github.com/tanlabcode/MAPLE.1.0 ---
65510发布于 2021-10-08 - 来自专栏智能生信
【Genome Biology】四篇好文简读-专题2
SPARK-X: non-parametric modeling enables scalable and robust detection of spatial expression patterns for large spatial transcriptomic studies 论文摘要：
61520编辑于 2022-05-23 - 来自专栏智能生信
Genome Biology | 药物基因组学数据库
近日来自Genome Biology的一项研究中提出了一个综合数据库：My Personal Mutanome (MPM)，用于加速精准癌症医学方案的开发。 My Personal Mutanome (MPM)数据库包含了来自The Cancer Genome Atlas的33种癌症类型中超过10,800个肿瘤外显子组的490,245个突变，映射至94,563 Genome Biol 22, 53 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02269-3
92120发布于 2021-03-03 - 来自专栏Sentieon：文献解读
文献解读-Genome-wide imputation using the practical haplotype graph in the heterozyg
关键词：农业；基因测序；变异检测；文献简介标题（英文）：Genome-wide imputation using the practical haplotype graph in the heterozygous
25110编辑于 2024-09-03 - 来自专栏医学数据库百科
UCSC Genome Browser-基因组浏览器
轨道基本操作 UCSC Genome Browser 是以轨道为单位来展示不同基因组信息的。其中每一个轨道也可以设置展示信息的复杂性。 在UCSC Genome Browser当中一共包括了5种不同的展示：hide、dense、squise、pack以及full。 在Genome Browser当中经常会展示多个轨道的信息。 在不同的轨道之间，可以通过拖拽的方式进行排序 UCSC Genome Browser使用 UCSC Genome Browser主要分成两个主要部分，一部分就是上面介绍的可视化部分。 以上就是关于UCSC Genome Browser的基本内容了。主要还是介绍了一下如何查看基因组浏览器以及在UCSC 怎么进行轨道的设定。其中只是以ENCODE数据距离。
2.8K31编辑于 2022-04-01 - 来自专栏Sentieon：文献解读
文献解读-The chromosome-scale genome of the raccoon dog: Insights into its evolution
关键词：全基因组分析；变异检测；生信分析；文献介绍标题（英文）：The chromosome-scale genome of the raccoon dog: Insights into its evolutionary
28300编辑于 2025-04-29
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