gtsummary包是专门用来画表格的,高度自定义的多种选项,快速绘制发表级表格。可用于总结汇总数据集、多种模型等。 快速绘制描述性统计表格、基线资料表(例如医学期刊常见的表1!) 。 本期目录: 安装 tbl_summary 基本使用 自定义输出 修改统计方法 同一个变量展示多个统计量 交叉表 和compareGroups包进行比较 安装 # 2选1 install.packages("gtsummary ") remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary") tbl_summary 自动计算描述性统计指标,支持连续型变量、分类变量,生成的表格支持自定义细节 library(gtsummary) suppressPackageStartupMessages(library(tidyverse)) 使用自带的trial数据集进行演示,这个数据集也是临床中常见的数据类型 ## [7] tidyr_1.2.0 tibble_3.1.7 ggplot2_3.3.6 ## [10] tidyverse_1.3.1 gtsummary
gtsummary 是一个基于 gt 包的数据汇总表生成包。 ("gtsummary") 开发版: remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary") 使用 数据框 跟它的依赖包 gt 很类似。 更多的介绍和使用请看英文文档:http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/[2] 参考资料 [1]https://github.com/ddsjoberg/gtsummary : https://github.com/ddsjoberg/gtsummary [2]http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/: http://www.danieldsjoberg.com /gtsummary/
晚上想起上午时候提示我没有tbl_summary函数,查到是gtsummary包的,习惯性看了下包的功能,这不是也可以绘制三线表? 惊了,于是有了这篇分享。 1 下载R包,数据 使用内置数据集演示 #install.packages("gtsummary") library(gtsummary) #查看内置数据集 head(trial) ? 四 参考资料: http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/ http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/gallery.html
curatedMetagenomicData)library(tidyverse)library(SummarizedExperiment)library(TreeSummarizedExperiment)library(gtsummary study_name %in% datasets_tokeep$study_name)metadata %>% dplyr::select(study_name, age, gender, BMI) %>% gtsummary ::tbl_summary(by = "study_name") %>% gtsummary::modify_header(label ~ "**Characteristic**") %>% gtsummary ::add_p() %>% gtsummary::add_overall() %>% gtsummary::bold_labels() 添加图片注释,不超过 140 字(可选)肠道微生物数据通过curatedMetagenomicData
4、gtreg - Regulatory Tables For Clinical Research with 'gtsummary'[7] library(gtreg) gtsummary::theme_gtsummary_compact processor: https://github.com/pdfcpu/pdfcpu [7] gtreg - Regulatory Tables For Clinical Research with 'gtsummary
主题 数据高亮 5、gtsummary[16] - 准备好的演示数据总结和分析结果表 gtsummary包提供了一种优雅而灵活的方法来使用R编程语言创建可发布的分析和汇总表。 gtsummary包总结了数据集、回归模型等等,使用了具有高度可定制功能的合理默认值。 6、mathpix[17] - 图片转公式神器 好用的公式提取工具。支持拷贝到Word和LaTex。 eulerr [14] gt: https://gt.rstudio.com/ [15] gtExtras: https://github.com/jthomasmock/gtExtras [16] gtsummary : https://github.com/ddsjoberg/gtsummary [17] mathpix: https://mathpix.com/ [18] Cookbook for R 中文版:
`gtsummary`[7] - 有用的 gt 拓展包。 以下是表格语法: ? reactable: https://glin.github.io/reactable/ [6] flextable: https://davidgohel.github.io/flextable/ [7] gtsummary : http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/ [8] 文档: https://gt.rstudio.com/reference/tab_options.html
xfun::session_info(packages = c( "tidyverse", "readxl", "gtsummary", "stringr", "writexl", "psych" en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / C / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8#> #> Package version:#> DT_0.33 gtsummary
❞ 加载R包 library(tidyverse) devtools::install_github("MSKCC-Epi-Bio/bstfun") library(bstfun) library(gtsummary
T > t)$是累积分布函数生存分析应用案例加载R包导入本教程分析所需要的R包library(tidyverse)library(survival)library(survminer)library(gtsummary
链接:https://cran.r-project.org/web/packages/gridExtra/vignettes/tableGrob.html 11.gtsummary | 批量建模并输出整洁模型结果 本推文通过具体示例介绍了利用gtsummary包进行快速回归建模并输出统计结果的方法。
临床数据一般是使用图表汇总Table1的方式进行展示,例如R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特征三线表 或者 gtsummary|巧合-绘制多种数据汇总表“神器” 。
:tab_model(CSS=**) 更多其他案例大家可参考:R-sjPlot回归表格绘制[3] 当然,除了上面介绍的外,下面小编再汇总列出其他的优秀第三方R包,小伙伴们可自行选择学习哈~如下: R-gtsummary
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傻傻分不清楚 超强的gtSummary ≈ gt + comparegroups ?? 等,为什么用tableone呢?