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GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值（lsmeans）
GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值（lsmeans） #2021.12.11 上一次，我计划写个系列，为何？ 本节，介绍如何使用R语言的lm拟合一般线性模型，计算最小二乘均值（lsmeans） 1. 试验数据 ❝数据来源：Isik F , Holland J , Maltecca C . 使用函数计算最小二乘均值 之前都是用lsmeans这个包，现在用emmeans，可以看作是lsmeans的升级包。 但是，数据量大时，这个包也是巨慢。 用一般线性模型，演示一下如何计算lsmeans，通过手动计算和函数计算两种形式，理解计算方法。 另外，lsmeans和整体平均值不一样，它比平均值更能代表表型值。 所以，如果不使用混合线性模型，使用lsmeans作为表型值，也要比平均值更好。
1.3K20编辑于 2021-12-20 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
多年多年数据如何计算BLUE值
因为BLUE值中，第一个水平会当做0，其它为相对值，可以手动进行相加，也可以使用lsmeans包中的lsmeans。 library(lsmeans) re = lsmeans(m1,"Cul") re ? 数据中的lsmeans即为品种的BLUE值，可以作为GWAS或者GS的表型值进行后续的计算。
3.2K30发布于 2019-12-05 - 来自专栏SAS程序分享号号号
SAS-生物等效性PK分析程序合集
/s ddfm=satterth ; random intercept/subject=&subject. ; lsmeans &trtal. /diff=control('R') alpha=0.1 cl; ods output diffs=_temp_diffs lsmeans=_temp_Lsmeans; run; ods exclude ='T')) as b on 1=1 left join _temp_Lsmeans(where=(&trtal. (&trtseq.); lsmeans &trtal. =_temp_Lsmeans; run; ods exclude none; /*T/R 几何均值*/ data _temp_01; set _temp_Lsmeans; Geomean=compress
7.6K53发布于 2021-04-20 - 来自专栏拓端tecdat
R语言析因设计分析：线性模型中的对比
require(lsmeans){install.packages("lsmeans")}if(! lm(Response ~ Treatment, data = Data)library(car)Anova(model, type="II")summary(model) lsmeans boxplot(Response ~ Treatment, data = Data, ylab="Response", xlab="Treatment") 与lsmeans
1.3K00发布于 2020-08-22 - 来自专栏Data Analyst
方差分析分类及SAS实现代码
DATA=XUHUI.DATA ; CLASS edu; MODEL avg_exp= edu_class/ SS3 SS1 SS2 SS4 SOLUTION SINGULAR=1E-07 ; lsmeans 变量是因子 2.2 SS形式表示离差平方和，离差平方和共有四种类型，一般默认的是第三种类型SS3，如果代码中不进行说明，则默认为SS3类型； 2.3 solution意为需在结果中显示参数估计结果 2.4 lsmeans
1.9K20发布于 2019-07-15 - 来自专栏生信技能树
你不需要真的这个包，而仅仅是需要它里面的数据
ComplexHeatmap", "corrplot", "DESeq2", "dplyr", "DT", "edgeR", "ggplot2", "limma", "lsmeans circlize, ComplexHeatmap, corrplot, DESeq, DESeq2, dplyr, DT, edgeR, ggplot2, graphics, limma, lsmeans
1.7K51编辑于 2021-12-24 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
GWAS多环境表型数据用BLUE值还是BLUP值？
www.researchgate.net/publication/268118579_Genomic_Selection_for_End-Use_Quality_Traits_in_CIMMYT_Spring_Wheat 文献2中, 将LSmeans 那么, LSMeans, BLUE, BLUP值有什么区别呢?可以见我之前写的文章:GWAS分析中表型值是使用BLUE值还是BLUP值？
2.2K20发布于 2020-03-19 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
混合线性模型学习笔记1
「需要安装的R包」 install.packages(c('lmerTest', 'lsmeans', 'car', 'multcomp', 'ggplot2', 'knitr')) 2.
71010发布于 2020-05-20 - 来自专栏生信技能树
IMvigor210CoreBiologies包安装指北
circlize", "ComplexHeatmap", "corrplot", "DESeq2","dplyr", "DT", "edgeR", "ggplot2", "limma", "lsmeans
4.6K30编辑于 2021-12-24 - 来自专栏思影科技
眼动研究：先验知识对年轻人和老年人主动视觉和记忆的影响
作者使用lsmeans工具包进行Bonferroni矫正来完成多重比较的矫正。
81020发布于 2019-09-03 - 来自专栏生信菜鸟团
复现单细胞结合常规转录组的Nat Med文章数据挖掘部分
requireNamespace("lsmeans",quietly = TRUE)) install.packages("lsmeans") if(!
95520编辑于 2023-08-23 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
栾生老师 || 线性混合效应模型教程
尽管该日志介绍的是lsmeans包，但用法跟emmeans包都是一样的。而且根据作者介绍，在不久的将来，emmeans包要替代lsmeans包。
9K97发布于 2020-02-14
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