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MIMOSA: 用于分子优化的多约束分子采样
为此，本文提出多约束分子采样框架—MIMOSA，使用输入分子作为初始采样框架，并从目标分布中采样分子。 MIMOSA用GNN进行迭代预测，并且采用三种基本的子结构操作（添加、替换、删除）来生成新的分子和相关的权重。 2.2 分子采样的MIMOSA方法 图1说明了MIMOSA的整个过程，该过程可以分解为以下步骤： （1）预训练GNN：MIMOSA使用大量未标记的分子对两个图形神经网络（GNN）进行预训练，这些分子将在采样过程中使用 从表2看，MIMOSA在所有指标上都有明显更好和更稳定的性能。 ? 从表3中的结果可以看出，在优化单个药物属性时，MIMOSA仍然取得了最好的整体性能。输出和输入分子之间的高度相似性是分子优化任务的关键，在这方面MIMOSA的表现明显优于其他基线。 ?
1.5K40发布于 2021-02-02 - 来自专栏七云博客
『工具』Liunx下使用SpeedTest测速
@debian:~# python speedtest.py --list|more Retrieving speedtest.net configuration... 14939) Mimosa CA, United States) [4.19 km] 9540) DNASOLES (San Jose, CA, United States) [4.19 km] 11599) Mimosa United States) [24.84 km] 如果你想列出指定地区的测试节点，可以使用 python speedtest.py --list | grep China 如果我们想测试主机到Mimosa
2.4K30编辑于 2022-01-25 - 来自专栏科技记者
使用melonnpan通过扩增子或宏基因组测序数据有效预测微生物群落的代谢图谱
2.在新群落中评估预测准确性 其比MIMOSA表现更出色，据我们所知，MIMOSA被评估为目前唯一能够根据人群水平的宏基因组数据预测全群落代谢相对丰度的方法，并提供了一个软件。 MIMOSA建立在前面提到的代谢网络模型（PRMT）的基础上，从分类组成和宏基因组估算微生物群落的代谢潜力。 简单地说，mimosa首先生成一个描述基因和代谢物之间定量关系的化学计量矩阵，以估计感兴趣群体的CMP评分。接下来，将所有样本对的CMP评分的差异与相应测得代谢物的差异进行比较。 为了确定具有统计意义的预测良好的代谢物，MIMOSA依赖于基于Mantel检验的错误发现率（fdr）校正的P值来确定两个距离矩阵之间的相关性。类似地，它依赖用户提供的代谢物和微生物序列特征配对表。 因此，MIMOSA无法对该算法之前未发现的新的元基因组样本进行预测。 Mimosa只能很好地预测少量代谢物化合物（补充图8a；n=20（23%），Mantel检验q<0.05）。
2K32发布于 2020-03-03 - 来自专栏沈唁志
程序员的Mac入门-安装配置iterm2和oh my zsh
oh-my-zsh/themes/目录下，你也可以尝试一下其他的主题 安装插件 incr 这个插件可以快速的提示并补全目录 mkdir ~/.oh-my-zsh/plugins/incr wget http://mimosa-pudica.net
2.1K40发布于 2019-12-09 - 来自专栏cwl_Java
快速学习-Jenkins CLI自动补全
oh-my-zsh，你可以尝试以下步骤： # cd ~/.oh-my-zsh/plugins // 创建 incr 文件夹 # mkdir incr // 下载 incr 插件 # wget https://mimosa-pudica.net
73210发布于 2020-09-18 - 来自专栏coding
oh-my-zsh,让你的终端从未这么爽过
自动补全的插件 incr.zsh 补全插件 下载此插件： $ wget http://mimosa-pudica.net/src/incr-0.2.zsh 将此插件放到oh-my-zsh目录的插件库下
23K62发布于 2018-06-27 - 来自专栏备份笔记
MAC/LINUX终端安装oh-my-zsh及配置常用插件
zsh:实时补全 这个是感觉最有用的，文件多了或者命令记不住的时候： 图片 ##创建文件夹 mkdir $ZSH_CUSTOM/plugins/incr ##下载 curl -fsSL https://mimosa-pudica.net
4.6K90编辑于 2023-03-14 - 来自专栏Cell的前端专栏
Mac 上的开发配置总结
="$HOME/.yarn/bin:$HOME/.config/yarn/global/node_modules/.bin:$PATH" # zsh custom plugin # https://mimosa-pudica.net
1.3K20编辑于 2022-09-16 - 来自专栏备份笔记
Mac/Linux配置oh-my-zsh 安装必用插件
completion on zsh:实时补全这个是感觉最有用的，文件多了或者命令记不住的时候：图片##创建文件夹mkdir $ZSH_CUSTOM/plugins/incr##下载curl -fsSL https://mimosa-pudica.net
12.2K32编辑于 2023-03-14 Nat. Microbiol. | 解读人类微生物组研究中的多组学整合策略
例如MIMOSA等方法可预测某些代谢物是否由微生物产生。 另一种方法基于生物通路，将分子映射到功能通路，从而识别疾病相关路径。这种方法提高了结果的可解释性。
21310编辑于 2026-04-28- 来自专栏windliang的博客
前端工程化发展历史
对，所以你需要使用一个任务管理器来自动化的运行 Browserify，例如 Grunt、Gulp 或者 Broccoli ，甚至可以使用 Mimosa。 Grunt？Gulp ？ Mimosa？我要疯了，这怎么一下这么多东西。 它们都是任务管理器，但现在看起来一点都不 cool 了。
1.5K20编辑于 2022-09-23 - 来自专栏全栈工程师修炼之路
Linux命令行终端优化与使用
主题] : git clone https://github.com/fcamblor/oh-my-zsh-agnoster-fcamblor.git 插件安装 (1) 自动补齐插件： http://mimosa-pudica.net /zsh-incremental.html 将此插件放到oh-my-zsh目录的插件库下： $ mkdir ~/.oh-my-zsh/plugins/incr $ wget http://mimosa-pudica.net
12.1K42发布于 2020-10-26 - 来自专栏全栈工程师修炼之路
Linux命令行终端优化与使用
主题] : git clone https://github.com/fcamblor/oh-my-zsh-agnoster-fcamblor.git 插件安装 (1) 自动补齐插件： http://mimosa-pudica.net /zsh-incremental.html 将此插件放到oh-my-zsh目录的插件库下： $ mkdir ~/.oh-my-zsh/plugins/incr $ wget http://mimosa-pudica.net
3.2K10编辑于 2022-09-28 - 来自专栏阮一峰的网络日志
使用 Make 构建网站
方案一：基于Node.js的专用构建工具（Grunt、Gulp、Brunch、Broccoli、Mimosa） 方案二：npm run命令（教程1、2、3） 方案三：make命令 我觉得，make是大型项目的首选方案
5K40发布于 2018-04-13 - 来自专栏智药邦
ArXiv｜药物设计的分子生成：图学习视角
MIMOSA是建立在MCMC采样框架上的另一种分子生成方法。Gibbs采样 (一种特定类型的MCMC) 可以用于选择哪些可能的分子以用于下一次迭代。
1.3K20编辑于 2022-11-16 - 来自专栏grain先森
前端-学习JavaScript是一种什么样的体验？
不对，你现在可以用 Mimosa。 你在说什么…… 任务管理工具。不过我们现在已经不用了。去年我们还在用，后来改成了 Makefiles，但是现在我们用的都是 Webpack。
1.8K30发布于 2019-03-29 - 来自专栏单细胞天地
单细胞时代|| 单细胞代谢组学之免疫代谢
在单细胞分辨率方面，这种分析的使用仍处于起步阶段，但在bulk方法中，如在Kibbey开发的质量同位素多序数光谱分析(MIMOSA fluxomics)，群落可以很容易地用于量化特定代谢反应的速率实验室
3.9K40发布于 2021-03-10
腾讯云开发者
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