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如何用Molecule测试Ansible角色
和docker-py： (my_env) sammy@ubuntu:$ pip install molecule ansible docker-py 以下是每个包的功能： molecule：这是主要的Molecule 让我们编辑molecule.yml以反映这些变化： (my_env) sammy@ubuntu:$ nano molecule/default/molecule.yml 添加yamllint选项和平台信息 请注意在molecule.yml中的参考文献molecule/default/yamllint.yml的yamllint文件。 第六步 - 使用Molecule测试角色 一旦我们启动测试，Molecule将执行我们在场景中定义的操作。我们将再次运行默认molecule场景，在默认测试序列中执行操作，同时更仔细地查看每个场景。 可以使用官方Molecule文档是学习如何使用Molecule的最佳资源。 ------ 参考文献：《How To Test Ansible Roles with Molecule》
5.8K41发布于 2018-08-13 - 来自专栏数栈技术分享
Molecule在GitHub与Gitee正式开源
铛铛铛 12月16日9:00 我们的Molecule在GitHub与Gitee 正式开源咯！！！ 什么？你还不知道它是谁？ 那就先来认识一下这位新成员吧 ps：悄悄告诉你 关注“数栈研习社”还有小惊喜哦 Molecule简介 Molecule是一个受VS Code启发，使用React.js构建的Web IDE UI 框架。 于是在对VS Code源码进行研究后，Molecule诞生了。 Molecule优势 ▪ React.js 应用无缝接入 ▪ 基于 React.js 的组件库，更好的 UI 自定义能力 ▪ 基本兼容了 VS Code 上千种 ColorTheme 扩展 ▪ Molecule /dtstack_dev/molecule 目前的Molecule还是一个Beta版本，虽然参考了一些VS Code的设计概念，但API还是不够简洁，布局也不够精细。
73420编辑于 2021-12-16 - 来自专栏数栈技术分享
12月16日Molecule在Github、Gitee正式开源
作为开源社区的积极贡献者，本次数栈技术开源团队为大家带来了袋鼠云开源家族新成员——Molecule。 Molecule是什么？ Molecule是一款受VSCode启发，使用React.js构建的Web IDE UI框架。 Molecule具有较高的Workbench自定义能力，可帮助需求IDE UI业务场景的开发者，实现业务代码和IDE UI组件解耦，使业务迭代和IDE UI交互迭代可异步进行，降低升级维护成本。 为什么要开源Molecule？ Molecule虽然是从我们的业务场景中诞生出来的一套Web IDE UI方案，也已在多个项目和产品中得到了“实战”，但我们团队仍认为它还有很多不足。 ，提升Molecule生命力，繁荣国内开源生态。
55630编辑于 2021-12-16 - 来自专栏DrugOne
Molecule Dance助力新型FAK抑制剂设计
研究团队在「德睿智药」Molecule Dance计算平台支持下，深入研究了多个全新化合物和阳性对照药TAE226与黏着斑激酶（Focal adhesion kinase，FAK）的结合模式，为系统理解构效关系 技术平台 该研究使用「德睿智药」Molecule Dance技术平台，其主要功能为蛋白质结构预测，以及微观尺度下的蛋白动态模拟。 Molecule Dance平台已成功支持「德睿智药」十数个难成药靶点新药研发项目快速推进。 综上而言，此项研究借助Molecule Dance计算平台的创新性方法，发现了化合物7b作为新型FAK抑制剂的潜力，可作为先导化合物进一步优化以提高成药性。
25200编辑于 2024-02-02 - 来自专栏DrugOne
德睿论文｜Molecule Dance揭秘药物-蛋白质动态结合方式
基于「德睿智药」Molecule Dance计算平台的Motion Based Drug Discovery模块，研究团队对SARS-CoV-2主蛋白酶（SCM）与五种常见新冠抑制剂的相互作用进行比较分析 技术平台 该研究使用「德睿智药」Molecule Dance技术平台，其主要功能为蛋白质结构预测，以及微观尺度下的蛋白动态模拟。 Molecule Dance平台已成功支持「德睿智药」十数个难成药靶点新药研发项目快速推进。
60920编辑于 2023-10-27 - 来自专栏云计算教程系列
如何在Ubuntu 18.04上测试与分子的可靠角色
Ansible将自动安装为Molecule的依赖项： python3 -m pip install molecule docker 以下是每个包的功能： molecule：这是您将用于测试角色的主要Molecule Molecule提供主机以供测试。 在开始测试之前，Molecule验证配置文件molecule.yml以确保一切正常。 第4步 - 修改运行测试的角色 在我们的示例中，配置Molecule涉及修改Molecule配置文件molecule.yml以添加平台规范。 让我们编辑molecule.yml以反映这些变化： nano molecule/default/molecule.yml 添加突出显示的平台信息： --- dependency: name: galaxy
3K84发布于 2018-11-16 - 来自专栏R语言交流中心
R语言中的分子描述的计算
. get.alogp Commonly Used Molecular Descriptors get.atom.count Get the atoms from a molecule or bond or bond get.bonds Get the bonds from a molecule get.charge Operations on atoms get.connected.atom Get get.mcs Perform Substructure Searching & MCS Detection get.mol2formula Parser a molecule to formula get.property Get the Value of a Molecule Property get.smiles Get the SMILES for a Molecule get.smiles.parser Get the Total Charges for the Molecule get.total.formal.charge Get the Total Charges for the Molecule
2.3K20发布于 2019-07-31 - 来自专栏Dechin的专栏
MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08）
基础类Molecule的解析 我们先来看一下源代码中的Molecule这个类的自我介绍： class Molecule(Cell): r""" Base class for molecular The `Molecule` Cell can represent a molecule or a system consisting of multiple molecules. 在构建Molecule的时候需要传入键连信息bond，否则不带键连关系的Molecule计算出来的力场能量是错误的。 构象信息。 除了逐个原子的去构建一个Molecule，还可以定义好一系列完整的残基Residue再输入给Molecule进行构建，或者通过模板template来进行构建。 单位信息。 上述主要是给Molecule的输入信息，输入给Molecule之后在内部构建build一次，才能得到一个最终的分子系统对象。
52220编辑于 2023-09-01 - 来自专栏生信宝典
gggenes绘制多物种基因结构比较
每一行代表一个基因或一个区域；列分别是： molecule：基因组名字 gene: 基因名字 the name of the gene start: 基因在基因组开始位置 (如果在负链，注意起始位置的写法跟 基因组信息molecule映射到y轴。如果绘制的基因来自不同基因组的位置的数值相差很大，一般指定scale =“free”来调整横轴的坐标展示，以避免部分数字太大压缩了小基因组的基因的展示。 library(ggplot2) library(gggenes) ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) + geom_gene_arrow() ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) + facet_wrap(~ molecule, scales
4.9K21发布于 2019-11-07 - 来自专栏生信宝典
咦！这样画基因结构图够好看！（结尾有送书福利）
每一行代表一个基因或一个区域；列分别是： molecule：基因组名字 gene: 基因名字 the name of the gene start: 基因在基因组开始位置 (如果在负链，注意起始位置的写法跟 基因组信息molecule映射到y轴。如果绘制的基因来自不同基因组的位置的数值相差很大，一般指定scale =“free”来调整横轴的坐标展示，以避免部分数字太大压缩了小基因组的基因的展示。 library(ggplot2) library(gggenes) ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) + geom_gene_arrow() ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) + facet_wrap(~ molecule, scales
5.7K33发布于 2020-02-26 - 来自专栏数栈技术分享
两步实现让antd与IDE和睦相处的处理案例
【GitHub开源地址】 https://github.com/DTStack/Taier https://github.com/DTStack/molecule 何为Molecule与Taier Molecule在各方面的不俗表现使我们很快意识到，用Molecule来承担Taier系统中的IDE组件角色几乎是顺理成章。 IDE搭建，为何Molecule Molecule之前，前端苦Web IDE久矣。 除了上述提到菜单栏和活动面板以外，Molecule 支持对所见的所有区域均可自定义。具体细节可以通过 Molecule 的官方文档进行查看。 同时， Molecule 的 引入优化了Taier的交互方式，在不舍弃已有的 Ant Design 的前提下，数栈设法兼容了 Molecule 的风格，提升了一站式大数据开发平台的用户体验。
1.4K30编辑于 2022-04-14 - 来自专栏生信菜鸟团
探索ggplot2的无限可能：140+ggplot2扩展包让你的图表更出彩
# 看下包中自带的测试数据 head(example_genes) # molecule gene start end strand orientation # 1 Genome1 genA dummies <- make_alignment_dummies( example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, id = gene), on = "genE" ) p <- ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill p <- ggplot( example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene, label = gene) ) , fill = gene, forward = orientation)) + geom_gene_arrow() + facet_wrap(~ molecule, scales = "free
63210编辑于 2024-12-09 - 来自专栏生信小驿站
R语言之分子指纹(1)计算分子指纹及批量保存sdf格式
1024) dta[num, 'fp'] <- 1 rownames(dta) <- dta$mol dta$mol <- NULL names(dta)[1] <- paste0('molecule ', i) dt <- cbind(dt, dta) } #统计单个指纹的分布 dt$sum <- rowSums(dt) table(dt$sum) dt[1:6,1:6] # molecule1 molecule2 molecule3 molecule4 molecule5 molecule6 # fpt1 0 0 0 0 ) #循环生成sdf文件 for (i in 1:iter_num) { m <- parse.smiles(SMILES[i]) ## perform operations on this molecule file_name <- paste0('molecule', i, '.sdf') write.molecules(m,filename=file_name ) } 用DS2019读取这些sdf
2.2K21发布于 2021-01-20 - 来自专栏生物信息学
原来可以用R这么画基因结构图
准备输入数据 官方给的例子如下： > head(example_genes) molecule gene start end strand direction1 Genome5 genA 作图 library(ggplot2)library(gggenes) ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule 下面的我们加上方向，也加上基因名称，代码如下： ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene, label = gene, forward = direction)) + geom_gene_arrow() + facet_wrap(~ molecule, scales (data = example_subgenes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene, xsubmin
3.2K20发布于 2020-04-13 - 来自专栏数栈技术分享
基于开源大数据调度系统Taier的Web前端架构选型及技术实践
Molecule 是我司开源的一个轻量级Web IDE UI 框架。 点此进入molecule介绍 在 Taier 的界面中，整个 IDE 的界面就是基于 Molecule 所提供的 Workbench 所做的自定义，这一部分是 Taier 界面至关重要的一部分。 Molecule 接着，我们介绍一下 Molecule 在 Taier 中的应用。 如图所示，我们通过调用 molecule.editor.setEntry来自定义 Workbench 的入口页，通过 molecule.activityBar.add 以及 molecule.sidebar.add Molecule 与 Services 的联系 我们通过 Extensions 中调用Services 方法，然后在Services 中调用 Molecule 导出对象的方法即可。
98772编辑于 2022-06-27 - 来自专栏数栈技术分享
基于开源大数据调度系统Taier的Web前端架构选型及技术实践
Molecule 是我司开源的一个轻量级 Web IDE UI 框架。 点此进入 molecule 介绍 在 Taier 的界面中，整个 IDE 的界面就是基于 Molecule 所提供的 Workbench 所做的自定义，这一部分是 Taier 界面至关重要的一部分。 Molecule 接着，我们介绍一下 Molecule 在 Taier 中的应用。 如图所示，我们通过调用 molecule.editor.setEntry 来自定义 Workbench 的入口页，通过 molecule.activityBar.add 以及 molecule.sidebar.add Molecule 与 Services 的联系 我们通过 Extensions 中调用 Services 方法，然后在 Services 中调用 Molecule 导出对象的方法即可。
73010编辑于 2022-06-20 - 来自专栏DrugScience
Python每日一谈｜No.31.实例.11-OpenMM.No.3.小分子力场生成
1.首先你需要安装openmmforcefields conda install -c conda-forge openmmforcefields 2.然后产生一个小分子模版生成器（a small molecule residue template generator），按照下例 # 创建一个 openforcefield Molecule 对象（苯，SMILES模式） from openforcefield.topology import Molecule molecule = Molecule.from_smiles('c1ccccc1') # 创建一个SMIRNOFF模版（这个模版会有着最新的Open Force Field 对象（苯，SMILES模式） from openforcefield.topology import Molecule molecule = Molecule.from_smiles('c1ccccc1 from openmmforcefields.generators import GAFFTemplateGenerator gaff = GAFFTemplateGenerator(molecules=molecule
2K31发布于 2021-03-29 - 来自专栏DrugOne
Python脚本：将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件
Lists contain the molecule ID and the mol2 file contents. () while not mol2file.tell() == os.fstat(mol2file.fileno()).st_size: if line.startswith("@<TRIPOS>MOLECULE "): mol2cont = [] mol2cont.append(line) line = mol2file.readline() molecule_id = line.strip() while New files will be named <molecule_name_1>.mol2, ... <molecule_name_n>.mol2 Returns ----------- chunks : int Number of files written.
87140发布于 2021-02-01 - 来自专栏前端实验室
牛逼！仿VScode 开源了一个在线IDE
VS code 相信大家都用过，今天就给大家介绍一个开源的在线Web IDE——molecule Molecule Molecule 是一款受 VSCode 启发，使用 React.js 构建的 Web 然后进入到项目，进行安装依赖 启动 yarn start # 或者 npm npm run start 这个命令会自动在默认浏览器中打开 http://localhost:3000 这个地址，即可看到 Molecule Molecule是一个非常棒的在线 IDE ，他针对Workbench UI、 ColorTheme 、自定义热键、快捷访问等功能进行自定义扩展。 如果你也想自己搭建一个在线的IDE，可以访问它的源码 github链接:https://github.com/DTStack/molecule
2.3K30编辑于 2023-09-07 - 来自专栏程序生涯
PHP10段常用功能代码
﹥ ﹤moleculedb﹥ ﹤molecule name='Benzine'﹥ ﹤symbol﹥ben﹤/symbol﹥ ﹤code﹥A﹤/code﹥ ﹤/molecule﹥ ﹤molecule name='Water'﹥ ﹤symbol﹥h2o﹤/symbol﹥ ﹤code﹥K﹤/code﹥ ﹤/molecule﹥ ﹤/moleculedb﹥"; //load the xml simplexml function $xml = simplexml_load_string($xml_string); //loop through the each node of molecule foreach ($xml-﹥molecule as $record) { //attribute are accessted by echo $record['name'], ' '; /
88010发布于 2020-08-14
腾讯云开发者
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