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大更新，QIIME 2 2023.5
抱歉，竟然比发布日期一个月才发现QIIME 2 2023.5 版本更新了！计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年8月发布（QIIME 2023.8)。 有关如何在 QIIME 2 中执行此操作的更多文档可以在上面链接的开发文档中找到。 流程恢复 中途失败的 QIIME 2 流程现在可以从其故障点恢复，而无需从头开始重新启动。 在QIIME 2论坛上查看@ChrisKeefe的教程，并阅读我们新的预印本，促进生物信息学的可重复性.立即开始使用它来记录您的生物信息学，或者通过将来源回放应用于他们的 QIIME 2 结果来学习其他人所做的事情 重大变更 Q2CLI [添加了命令qiime tools list-types和qiime tools list-formats 命令到qiime tools import命令，并将--show-importable-types 在QIIME 2的未来版本中，我们将不再在Silva分类器中包含物种水平的信息。这在QIIME2论坛上讨论过（见物种标签：警告！
91720编辑于 2023-08-26 - 来自专栏小汪Waud
QIIME和USEARCH的安装
QIIME QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，2016年起北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授开发了QIIME2。 QIIME 2是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台，强调数据分析透明。QIIME 2可以使研究者从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。 主要特点： 整合分析流程、自动化追踪数据来源 语义类型系统，自动识别输入文件类型 插件系统可扩展微生物分析功能种类 支持多种用户界面，如API、命令行、图形界面 我尝试用conda来安装qiime2失败了 ，只能安装qiime 找到QIIME的官方安装帮助文档，一句命令就搞定了，但还是安装的qiime conda create -n 16S python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda 安装完成后，我以为qiime会和常规软件一样通过【软件名 --help】来判断是否安装完成，但一直显示找不到qiime，询问建团师兄后才知道qiime并不算是一个软件
3.4K30编辑于 2023-02-03 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2019.7 更新
QIIME 2 2019.7 昨天发布了，让我们来看一下更新了哪些内容。下一次更新在2019.10下旬，请持续关注。虚拟机镜像更新将在下周放出。 7.将明确的QIIME 2引用（Nature Biotech，2019 2）添加到“引用QIIME 2”页面。 添加了一种新的方法qiime多样性alpha-phylogenetic-alt，它使用Faith的系统发育多样性的优化实现。 这将加速QIIME 2中的β系统发育方法。 https://qiime2.org 增加了“引文QIIME2”按钮，使引文信息更容易在主网页上发现。 在主页上增加了权威的QIIME 2引文(Nature Biotech，20192)。
1K20发布于 2020-03-03 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2023.7更新
今天看到官网论坛上宣布，QIIME 2 2023.7 版本现已发布！ 计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年9月发布（QIIME 2023.9），本次更新是一个小的版本更新，更新频率挺高，不过还是有一些改变的，一起来看下！ qiime2团队的目标真的是星辰大海，这是全世界科研工作者合作的力量，重命名为“扩增子发行版”，这意味着宏基因组版本很快将到来！ 重要公告 q2-gneiss - 弃用通知 gneiss不再得到积极维护，因此我们将在下一个版本QIIME 2023.9核心发行版中完全删除 亮点： qiime2 对输出集合进行了一些小的改进和错误修复 我们目前有三个可供使用的QIIME 2发行版 - 核心发行版（我们很快就会将其重命名为“扩增子发行版”），社区发行版和我们新的“微小”发行版 - 仅包含框架，q2types，q2cli，provenance-lib
53110编辑于 2023-08-26 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2021.4发布（qiime2支持galaxy啦）
3、现在提供样本元数据是可选 QIIME 2 2021.4发布啦，一起来学习下最新发布亮点！ 虚拟机生成将在下周的某个时候提供，下一版计划于 2021 年 8 月（QIIME 2 2021.8）发布，请继续关注更新。 发布亮点： ? 但可导出 Conda 环境未预安装在docker上，因此安装 QIIME 2 需要一些时间，之后的作业将立即开始。 Python 的新版本 （3.8） 现在， qiime-2-core中的所有QIIME 2包都是使用Python 3.8构建的！ view.qiime2.org 2 更新图库链接以反映最新版本 （2021.4）。 q2-taxa 更改条形图，以便现在提供样本元数据是可选的。
1.2K40发布于 2021-04-30 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2021.8到来啦
看看QIIME 2 2021.8 文档[1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请联系 QIIME 2 论坛！ dev-docs[6] 记录 QIIME 2 的去中心化出处跟踪以及 QIIME 2 档案格式随时间的变化 workshops[7] 更新了我们的研讨会请求联系信息的详细信息 q2cli[8] 一个新工具 参考资料 [1] QIIME 2 2021.8 文档: https://docs.qiime2.org/2021.8/ [2] q2-sample-classifier: https://docs.qiime2 .org/2021.8/plugins/q2-sample-classifier [3] QIIME 2 Framework: https://github.com/qiime2/qiime2 [4] dev.qiime2.org/ [7] workshops: https://workshops.qiime2.org/ [8] q2cli: https://docs.qiime2.org/2021.8
52710发布于 2021-11-02 - 来自专栏科技记者
qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度
我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢 那么，现成的软件有哪些呢，在这里，我抛砖引玉，提出一个曲线救国的方法，使用qiime2的前任qiime1解决，稍微做几步处理即可。如果你有更好的方法，欢迎交流和推荐，我们共同学习的进步！ 这里我就从qiime2得出的结果直接开始，参考了生信菜鸟团大神的推文，这个大神的教程以全面著称，推荐学习！ qiime tools export \ --input-path taxa/taxonmony.qza --output-path taxa 文件是类似这样一个： Feature ID Taxon 但是根据我的经验，usearch的物种注释结果可能不如qiime2的分类效果好，所以怎样结合这两个方法是个需要解决的问题。这里参考的宏基因组微信公众号的文章。
2K10发布于 2020-06-23 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2024.10 版本发布啦！
发布亮点： qiime2.org 首页更新，更加易于维护和集成动态内容。 q2view 全面过渡到新版本，老版本将不再支持。 QIIME 2 Library 重写，插件分享和更新更加便捷。 目前，旧版本仍在 old-view.qiime2.org 上托管，但我们不再支持它或从 view.qiime2.org 链接到它。 现在可以查看到在Zenodo托管的 QIIME 2 结果的链接。 QIIME 2 论坛更新 QIIME 2 论坛增加了正式的财务利益冲突政策和相关的论坛类别。 ，以标准化访问 QIIME 2 包中的文件。 《使用 QIIME 2》（https://use.qiime2.org） 开始对 QIIME 2 用户文档进行重构，该文档构建为 JupyterBook，并根据 Diataxis 文档框架结构化。
96700编辑于 2024-11-25 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2021.2 版本发布啦
QIIME 2 2021.2 版本现已推出！感谢所有参与者的辛勤工作！ 提醒一下，我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布（QIIME 2 2021.4），但请继续关注更新。 查看QIIME 2 2021.2 文档 有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题，可以联系QIIME 2论坛！ 虚拟机将在下周的某个时候提供！ ---- 以下是发布的亮点： QIIME 2 框架 做了一些与API相关的更改，这仍然是一个正在进行的工作，关于这很快有更多！ ilr_phylogenetic_differentialDifferentials 有关如何使用这些命令的附加教程可以在 empress github repo 找到 busywork 在我们的各种https://github.com/qiime2 从TravisCI 迁移github.com/qiime2存储库并迁移到 Github workshops 修复了一个错误，阻止我们在网站上创建新的workshops条目。
80420发布于 2021-03-11 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2021.11发布啦
QIIME 2 2021.11 版本现已推出！感谢所有参与者的辛勤工作！ 下一版计划于 2021 年2月(QIIME 2 2022.2)发布，请继续关注更新。 查看QIIME 2 2021.11 文档[1] 有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请联系 QIIME 2 论坛！ 以下是发布亮点: QIIME 2 Framework 2[2] 我们非常高兴正式宣布新的QIIME 2 Usage API的发布！ 参考资料 [1]QIIME 2 2021.11 文档: https://docs.qiime2.org/2021.11/ [2]QIIME 2 Framework 2: https://github.com /qiime2/qiime2 [3]Moving Pictures Tutorial: https://docs.qiime2.org/2021.11/tutorials/moving-pictures-usage
58510编辑于 2021-12-18 - 来自专栏科技记者
QIIME2学习笔记（二）
依然参考自上篇的统计咨询公众号的文章代码如下： gzip * #gzip压缩文件夹里所有的数据 source activate qiime2-2018.2 #激活qiime2环境 ##1## import data qiime tools import \ --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ --input-path 171213 –QIIME2中文帮助文档(https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838) 2.导出数据 这里顺便学习一下导出数据，毕竟qiime2全部是专有格式的文件 到这里，没有中文的相关参考了，直接去学习qiime2官方文档。命令比较简单，就是qiime tools export 后面加上文件等参数就行了。 3.metadata 实验设计 文档介绍说类似于qiime1的mappingfile，只不过是tsv格式的，还兼容mapping文件的。文件长得这样： ?
1.1K20发布于 2020-03-03 - 来自专栏科技记者
QIIME 2 2024.5 更新来啦
因此，我们计划的下一个 QIIME 2 版本定于 10 月 2 日 （QIIME 2 2024.10）。 在两个版本之间，可以通过我们的每周版本访问和安装QIIME 2的最新开发版本。 在大多数情况下，这不会影响用户，但与以前版本的QIIME 2一起使用的分类器将不适用于QIIME 2 2024.5。可以在新的QIIME 2 资源页面[2]。 2 资源页面: https://resources.qiime2.org/ [3] QIIME 2 VIEW更新: https://view.qiime2.org/ [4] @Oddant1: https /qiime2/qiime2 [7] Visualization]` 为有效的输出类型 - 这是新的QIIME 2社区插件[q2-boots(microbiome rarefaction analysis /qiime2/library
76210编辑于 2024-06-18 - 来自专栏科技记者
qiime2学习笔记（一）
鉴于qiime已经升级为qiime2，还有了图形版本，真是越来越人性化了，但是图形版本还处于原型阶段，测试安装两次以失败告终，可能是我的系统是deepin，通用性不好，如果在原生的ubuntu或许可以安装成功 话说qiime2已经在今年1月份代替qiime1成为官方支持版本，qiime1已经停止维护了，我表示对于我这种几乎没有qiime1使用经验的人来说，直接上手qiime2也不错。 我的理解中，qiime2最大的区别除了从python2进化到python3，还有一个新的数据格式qza，这又多了一步数据格式导入和转换的步骤。
78720发布于 2020-03-03 - 来自专栏科技记者
qiime2-2019.1更新学习笔记
QIIME2 2019.1发布啦，继续紧跟步伐，看看更新了哪些内容，一并备忘。 后面qiime2的发布节奏会是这样的： QIIME 2 2019.4 QIIME 2 2019.7 QIIME 2 2019.10 下面看一下这次发布有哪些亮点： QIIME 2 Framework qiime2 q2cli 纠正当使用qiime tools export导出时的跨设备链接错误，一般是由于/tmp挂载在一个不同的文件系统导致。 q2-longitudinal 更新了插件引用以反映最终发布状态。 q2-types 1)在使用元数据对象的QIIME2操作中，FeatureTables可以在qiime2中用作元数据。确保您输入的表格方向正确！
82740发布于 2020-03-03 - 来自专栏科技记者
qiime2+picrust1学习笔记
一直迷惑于如何把qiime2和picrust结合起来用来分析16S的数据，直到这两天，看到了微生太公众号的视频教程，才有了眉目，原来如此。详细视频教程可以查找相关公众号获得。 一、所需文件下载 这里我是直接使用qiime2官方教程里的文件，（一不小心又发现qiime2也更新了，软件更新可真快呀！） https://docs.qiime2.org/2019.7/data/tutorials/otu-clustering/table.qza ， https://docs.qiime2.org/2019.7 脚本里是根据他们商业化报告来处理的，这里我们是直接从qiime2分析我是来的数据，所以基本不需要文件导入qiime2这一操作了，otu参考数据还是需要导入一下的。 ，然后导入成qiime2格式，方便后面使用 qiime tools import --input-path ../97_otus.fasta --output-path ref-sequences.qza
1.5K50发布于 2020-03-03 - 来自专栏科技记者
qiime2官方视频教程
qiime2官方视频教程 自从最近发现qiime2推出了自己的官方视频教程，教程使用QIIME 2的Galaxy界面。 https://www.bilibili.com/video/BV18P4y1T7vU 此播放列表将引导观众了解QIIME2癌症微生物组干预教程，该教程以JupyterBook的形式在https://docs.qiime2
88120编辑于 2022-11-08 - 来自专栏科技记者
QIIME2-CLI更新学习笔记
https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860 qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。 学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。 1、qiime tools import命令 –source-format 选项重命名为--input-format qiime tools import \ --type 'SampleData[ qiime tools export \ --input-path unrooted-tree.qza \ --output-path exported-tree 3.qiime tools extract 增加了一个–citations标签，可以这样使用，qiime <plugin> --citations 和 qiime <plugin> <action> --citations。
57820发布于 2020-03-02 - 来自专栏科技记者
QIIME2-2019.10更新学习笔记
QIIME2 2019.10发布了，虽然已经是11月份，依然对这个版本有满满的期待，看看这个版本改进了什么吧！ 下一个版本将会是2020.1，虚拟机镜像将在下周发布。 5.对使用networkx软件包的框架实用程序进行了一些更改-QIIME 2现在与该工具的最新版本兼容！ 5.在QIIME 2 Docs的“数据资源”页面上创建了一个新的“ SEPP Refs”部分-这些方便的小型数据库可用于q2-fragment-insertion！ 6.重写了QIIME 2术语1的用户词汇表-如果您曾经对我们对“workflow”或“pipeline”等词的定义感到困惑，这是为您准备的页面！ Library QIIME 2团队的首席投影设计大师做了他最擅长的事情：增强库上的投影！ q2cli 1.修复了导致帮助文本生成明显减慢的错误！
1.7K10发布于 2020-03-03 - 来自专栏科技记者
qiime2图形界面安装学习笔记
自从知道了qiime2有了图形界面，一直期待自己能安装测试一下，无奈安装了ubuntu和debian两个linux发行版都在npm安装包的过程中报错失败了，看官网的截图是ubuntu的，我却没有成功。 地址放地这：https://docs.qiime2.org/2018.4/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environment 莫名的错误 错误如下： source activate qiime2-2018.4 /Users/zd200572/miniconda3/envs/qiime2-2018.4/etc/conda/activate.d /activate_qiime2_envs.sh:5: no matches found: PYTHONNOUSERSITE=/Users/zd200572/miniconda3/envs/qiime2 -2018.4/lib/python*/site-packages/ /Users/zd200572/miniconda3/envs/qiime2-2018.4/etc/conda/activate.d
1.5K10发布于 2020-03-03 - 来自专栏科技记者
QIIME2 2022.8来啦
提醒一下，我们计划的下一个QIIME 2版本计划于2022年11月（QIIME 2 2022.11）发布，但请继续关注更新。 查看qiime2 2 2022.8 文档[1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请在QIIME 2论坛上与我们联系！ 这意味着您可以上传QIIME 2工件/可视化，Galaxy将识别我们的文件格式，这不包括任何QIIME 2操作，这是下一个令人兴奋的公告。 参考资料 [1]qiime2 2 2022.8 文档: https://docs.qiime2.org/2022.8/ [2]q2galaxy: https://github.com/qiime2/q2galaxy /q2studio [7]QIIME 2 Framework: https://github.com/qiime2/qiime2 [8]q2-cutadapt: https://github.com/qiime2
64930编辑于 2022-11-08
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