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「R」Rprofile：R 全局设置
存储在 ~/.Rprofile 中的内容是一个 R 脚本，它会在 R 启动时自动运行，所以可以作为全局的配置使用。 www.jianshu.com/p/5ef62e51d2f6 [2] 博客地址: https://shixiangwang.github.io/home/cn/post/2020-08-13-set-your-rprofile
1.9K21发布于 2020-08-14 - 来自专栏优雅R
R启动
一个 .Renviron 文件简单的例子： R_HISTSIZE=100000 GITHUB_PAT=abc123 R_LIBS_USER=~/R/%p/%v .Rprofile .Rprofile 一般 .Rprofile 位于用户的家目录（即~/.Rprofile）,然而可以通过设置 R_PROFILE_USER 环境变量进行修改。 编辑 .Rprofile 文件最简单的方式是运行 usethis::edit_r_profile()。 .Rprofile 文件常被用来干的事情： 设置默认的 CRAN 镜像。 写一个欢迎信息。 如果你在 .Rprofile 中设置了这些选项，那么尝试在没有 .Rprofile 的另一个系统上运行你的一个脚本，它将不再是可重复的。 q=filename%3A.Rprofile+interactive&type=Code
92040编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器—共享服务器R包调用与安装
可以通过编辑自己家目录下的 .Rprofile 这个文件来实现。.Rprofile 是一个特殊的文件，在 R 会话启动时会被自动执行。 用户级别的 .Rprofile 通常位于用户的家目录下（例如 ~/.Rprofile），影响所有的 R 会话。 （需要修改一下默认设置） 如果你选择不用公共R包库 如果你使用的R包和公共R包库有冲突，选择不用公共R包库，那么你只需要在 .Rprofile 文件中删除公共R包库路径即可。 如何删除有两个途径： 途径一：在Rstudio-server端 ##编辑‘.Rprofile’文件 file.edit("~/.Rprofile") ##编辑后保存文件 ## 重启生效 Rstudio 端修改 途径二：在shell端 在shell端修改需要自己掌握了解vim命令的用户（编辑、保存、退出） ##打开'.Rprofile'文件 vim ~/.Rprofile ##删除公共库目录 ##保存退出
86000编辑于 2024-11-23 - 来自专栏科技记者
高效使用R笔记3
一、 R启动文件 每次R语言启动读入.Renviron和.Rprofile两个文件，前者主要是环境变量，程序位置和API密钥等；后者是启动进需要运行的几行R代码。 启动时先找.Renviron，然后是.Rprofile，它们出现在3个目录中，安装目录（R_HOME，R.home())，家目录（HOME, Sys.getenv("HOME"))和当前工作目录（getwd 可以使用这个命令编辑这个文件，file.edit("./.Rprofile")这里是编辑本项目的。 pathological包里的os_path()函数可以查找.Rprofile和.Renviron文件file.exits()检查文件是否存在。 1） .Rprofile文件历程 其实它只是一个普通R脚本改了个名字而已，Ctrl+Shift+F10可以重启R会话。options()是我们熟悉的常用的默默默认选项设置函数。
1.1K40发布于 2021-05-20 - 来自专栏生信技能树
配置r语言的环境变量文件
而且很讨厌设置r语言的环境变量文件，文件蛮多的， 包括： .Rprofile, .Renviron, Rprofile.site, Renviron.site, rsession.conf, and repos.conf 借用网页 https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/360047157094-Managing-R-with-Rprofile-Renviron-Rprofile-site-Renviron-site-rsession-conf-and-repos-conf 每个用户都可以拥有自己的.Rprofile文件，它在R启动时被加载。 .Renviron： 用于设置环境变量的文件。在这里可以定义系统和用户级别的环境变量，对所有R会话都有效。 Rprofile.site： 系统级别的配置文件，用于定义全局配置，影响所有用户。系统管理员可以在这里设置一些全局性的配置。 Rprofile和.Renviron是用户级别的，而Rprofile.site和Renviron.site是系统级别的。
78410编辑于 2024-11-21 - 来自专栏生信菜鸟团
你真的会管理R包吗
libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4', '/refdir/Rlib', '/usr/local/lib/R/library'))">>~/.Rprofile 每次更新会提前通知，更新后则需要用户自行更新个人目录下的R包，需要再重新修改 ~/.Rprofile。 解决方法 检查发现，用户的 ~/.Rprofile 的 .libPaths() 和在Rstudio里的 .libPaths() 设置并不一样，前者用了4.3，后者用了4.4： 而部分R包在安装过程中，会调用你的 ~/.Rprofile，这就导致了各种兼容性报错。 因此，要解决该问题，就要修改 ~/.Rprofile 的 .libPaths() 为 4.4 ，然后再把已经安装的依赖包，删掉重装。因为这些R包，是在之前4.3的情况下安装的，版本不兼容4.4。
77910编辑于 2025-04-26 - 来自专栏优雅R
「R」去掉 R 控制台上的 + 号连接
这一设定可以通过修改给去掉，打开 ~/.Rprofile file.edit("~/.Rprofile") 在末尾添加以下代码，将 + 设定为 2 个空格： options(continue = "
1.1K40发布于 2020-07-02 - 来自专栏生信星球
镜像三千，只取西湖一瓢饮
file.edit("~/.Rprofile") 这句代码的意思是打开配置文件.Rprofile，进入可编辑状态。如果没有这个文件，会自动新建一个。 异常情况处理 如果没有像我这样自动打开文件，那么你就： file.create("~/.Rprofile") file.edit("~/.Rprofile") 将镜像网站粘贴进去 必须十分注意 不要在这个配置文件里乱加东西
19210编辑于 2025-12-16 - 来自专栏Chocolate Ice 学习笔记
生信学习小组Day6笔记—Chocolate Ice
安装与加载R包镜像设置目的：加快加载速度方法：应用R的配置文件：Rprofile说起来这个，就必须提到Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是 .Renviron，它是为了设置R的环境变量（这里先不说它）；而.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的） ----- -微信公众号：生信星球首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件；然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置 /CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源# 当然可以换成其他地区的镜像最后保存.Rprofile
1.2K30编辑于 2023-01-16 - 来自专栏Bioinformation
Study R packages day 6 打卡
生信R必学的原因： 创建丰富的图表； Biocductor上面各种生信分析R包； 镜像设置及安装加载 R的配置文件：.Rprofile 首先用命令：file.edit('~/.Rprofile') 来编辑文件
25130编辑于 2023-08-14 - 来自专栏生信菜鸟团
如果你想切换共享服务器的R包Seurat5到Seurat4
用Rstudio的terminal或者XShell或者其他的终端登录我们的服务器，按个人习惯来（不管哪个终端都是一样的) ll -a #查看所有文件（包括隐藏文件），看有没有.Rprofile配置文件 #如果没有就touch一个 touch .Rprofile #然后创建我们家目录下安装自己R包的文件夹 #回到家目录 cd #在家目录下创建R_library文件夹 mkdir . /R_library #列出家目录下所有文件 ls #自己的家目录的绝对路径 pwd #我的是/home/data/t230459 然后用vim编辑器编辑.Rprofile 文件至如下： vim .Rprofile
1K10编辑于 2024-01-25 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
10. R studio/R 工具指南（九：配置R 的启动文件）
编辑文件 我们可以通过编辑.Rprofile 文件进行配置。类似linux 中的配置文件，R的配置文件编辑后，也会在启动R 时生效。 这里我们修改家目录下的.Rprofile 文件： file.edit(file.path("~", ".Rprofile")) 如果之前没有配置过，会创建一个新的文件。
1.2K40编辑于 2021-12-17 - 来自专栏DeepHub IMBA
同一个项目中让R和Python无缝工作的五种方法
您可以执行以下五项操作，以使您在同一项目中获得两种语言的无缝编码体验： 在项目启动时定义Python环境 为避免与使用错误的Python解释器相关问题，首先需要在项目启动时通过创建.Rprofile文件并将其保存在项目目录中来定义 您的.Rprofile包含将在您的项目启动时执行的代码。 我通常在.Rprofile中有这两行代码： Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "<path>") print(paste("Python environment forced 创建包含R和Python代码的MD文档 正确设置.Rprofile后，您可以创建具有两种语言代码块的文档，并且可以在代码块之间交换对象。
1.2K40发布于 2021-04-16 - 来自专栏生物信息学
一劳永逸，R的个性化默认配置
预计阅读时间：3 分钟 No.1 以linux系统为例 首先，在$HOME目录下，新建一个文件.Rprofile，并进入vi编辑器： vi ~/.Rprofile 按下键盘Insert键进入vi的编辑模式 第①步： 打开记事本或者其他文本编辑软件； 第②步： 输入默认设置（内容同上述linux案例）； 第③步： 保存文件到 “此电脑>文档” /.Rprofile （文件没有后缀名哦~）； 第④步： 重新进入
1.1K40发布于 2020-04-14 - 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器-配置SeuratV4环境
pc-linux-gnu-library/") #创建一个新的目录 dir.create("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/seuratV4") #修改库目录设置，`.Rprofile ` file.edit("~/.Rprofile") #将自定义目录写入`.Rprofile`文件 .libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/seuratV4 安装后检查 3、指定版本加载 后续，如果想继续使用公共库目录，恢复.Rprofile 为默认设置即可。
85110编辑于 2025-04-02 - 来自专栏生信菜鸟团
R tips：自杀式R包的安装
所以我们可以知道这个报错的原因是dbplyr作为一个被依赖包，却滞后于依赖包的顺序被加载，因此这个错误很好修复，保证优先加载dbpyr： 在Rprofile.site文件中加入library(dbplyr Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library (dbplyr)) Rprofile.site文件是R初始化的时候会执行的代码，它的高优先级保证了我们打开R进行数据分析前（此时R已经加载完毕，包括Rprofile.site里面的代码已经执行），已经把 而且此时在Rprofile.site文件里面已经添加了载入dbplyr包的代码，包括手动载入dbplyr包也会正常载入，但是在这种情况下这里依然报错dbplyr包的NULL subclasses error
1K10编辑于 2023-11-27 - 来自专栏优雅R
「R」R(Studio)中指定外部软件路径
"kernelspec", "--version"), FALSE, FALSE) : error in running command 这种情况是R识别不了外部的$PATH，我们可以通过~/.Rprofile 在RStudio中运行file.edit("~/.Rprofile")或者手动打开，添加如下内容： old_path = Sys.getenv("PATH") Sys.setenv(PATH = paste
1K20编辑于 2022-03-30 - 来自专栏全栈程序员必看
解决RStudio 每次第一句代码出现警告InormalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork)[通俗易懂]
（该设定特指Rstudio） 但是依然无效 最终解决方法 找到R语言安装目录，进入library->base->R，使用记事本打开Rprofile，在其中加入以下语句 Sys.setenv(R_USER 我插入代码的位置为第119行，如下图所示 保存后重启Rstudio即可 参考资料 Customizing your package-library location Managing R with .Rprofile , .Renviron, Rprofile.site, Renviron.site, rsession.conf, and repos.conf setting the home directory
1.3K30编辑于 2022-11-01 - 来自专栏生信探索
如何优雅地管理R包
using 加载R包 using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。 $HOME/.Rprofile文件 Sys.setenv(LANGUAGE = "en") options( bitmapType = "cairo", warnPartialMatchArgs BioCworkflows = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.16/workflows" ) pak添加镜像 写在$HOME/.Rprofile
90320编辑于 2023-04-17 - 来自专栏生信菜鸟团
更新R包版本还有这个不为人知的秘密
pc-linux-gnu-library/4.4', '/refdir/Rlib', '/usr/local/lib/R/library')) 方法二（是一次设置长期有效）： ssh 登陆服务器创建一个 .Rprofile libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4', '/refdir/Rlib', '/usr/local/lib/R/library'))">>~/.Rprofile
35610编辑于 2025-06-15
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