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批量安装一系列github上面的R包
SCopeLoomR VISION copykat cpbnplot depmap ggforestplot immunedeconv jjAnno mMCPcounter presto scMetabolism spatstat.core tarball/HEAD https://api.github.com/repos/wu-yc/scMetabolism/tarball/HEAD https://api.github.com/repos/spatstat /spatstat.core/tarball/HEAD https://api.github.com/repos/tanaylab/tgutil/tarball/HEAD https://api.github.com omnideconv-immunedeconv-v2.1.2-0-g0c5c619.tar.gz 19M Sep 19 10:19 dviraran-xCell-1.3-2-g7339410.tar.gz 1.3M Sep 19 10:19 spatstat-spatstat.core-v2.4
1.1K21编辑于 2023-09-19 将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
"SeuratObject",version = "4.1.3")下载到本地（比较成功的）install.packages("E:/develop/handmake_install_packages/spatstat.core Matrix_1.5-4.tar.gz",repos = NULL,type = "source")顺序不可以错，否则会出现若干报错ERROR: dependencies 'SeuratObject', 'spatstat.core 4.1.1’> packageVersion("SeuratObject")[1] ‘4.1.3’> packageVersion("Matrix")[1] ‘1.5.4’> packageVersion("spatstat.core biocmanager下载seurat等相关的依赖包，然后单独卸载Seurat、SeuratObject，但因为安装SeuratObject需要的Matrix软件包的版本为1.5-4，而下载Matrix过程中又要依赖spatstat.core
4.4K00编辑于 2024-07-19- 来自专栏生信菜鸟团
Seurat Weekly NO.13 || 依赖关系与维护
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’: object ‘markvario’ is not exported by 'namespace:spatstat 而在这次升级中，把原来的函数spatstat::markvario 变成了 spatstat.core::markvario所以从新安装的时候会有上面的报错。 安装旧版本的spatstat。你不是更新了吗？我用旧的。 ("spatstat", version = "1.64-1") 改Seurat函数。 不推荐，这种方法是不在命名空间文件中出现spatstat，因为目前我还没有空间数据，我不用它为什么要加载它呢？当然，这要求懂一些R包构建的基本知识，不然，不知道修改哪里呀。
1.7K10发布于 2021-04-29 - 来自专栏生信技能树
看起来全部的报错但是R包居然是安装并且成功加载
Installing 42 packages: sitmo, RcppAnnoy, crayon, cli, glue, rlang, pillar, lifecycle, deldir, goftest, spatstat.geom future.apply, cpp11, openssl, generics, data.table, crosstalk, tidyr, htmlwidgets, shiny, igraph, reticulate, spatstat.core crosstalk 1.1.1 1.2.0 FALSE igraph 1.2.7 1.2.8 TRUE spatstat.core
2.1K20编辑于 2021-12-16 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
12. R studio/R 工具指南（十一：R 的更新与R 包的迁移）
versions are later: binary source needs_compilation processx 3.5.0 3.5.1 TRUE spatstat Rhtslib', 'Rsamtools', 'rtracklayer', 'S4Vectors', 'SomaticCancerAlterations', 'SomaticSignatures', 'spatstat versions are later: binary source needs_compilation processx 3.5.0 3.5.1 TRUE spatstat
3.8K30编辑于 2021-12-17 - 来自专栏生信技能树
你不需要真的这个包，而仅仅是需要它里面的数据
corrplot", "DESeq2", "dplyr", "DT", "edgeR", "ggplot2", "limma", "lsmeans", "reshape2", "spatstat DESeq, DESeq2, dplyr, DT, edgeR, ggplot2, graphics, limma, lsmeans, methods, reshape2, spatstat
1.7K51编辑于 2021-12-24 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
104-R茶话会19-几种查看函数源代码的方法
说明它和Seurat:::AnnoyNN，是被隐藏起来的函数，我们需要通过getAnywhere(mean.leverage.ppm) 来查看，或者spatstat.core:::mean.leverage.ppm
96930编辑于 2022-04-05 - 来自专栏GEE数据专栏，GEE学习专栏，GEE错误集等专栏
Google Earth Engine——在 R 中计算和绘制二维空间点密度
计算密度的方法有很多种，如果密度估计的机制对您的应用程序很重要，那么研究专门用于点模式分析的软件包（例如spatstat）是值得的。
43910编辑于 2024-02-02 - 来自专栏生信技能树
SpatialExperiment || 空间数据管理
空间分析常用的R包： sp spatstat spdep fields spatclus geoR rgdal 大量的空间数据分析工具正在开发中，每一个工具都是一个新的视角。
94110发布于 2021-10-21 - 来自专栏单细胞天地
SpatialExperiment || 空间数据管理
空间分析常用的R包： sp spatstat spdep fields spatclus geoR rgdal 大量的空间数据分析工具正在开发中，每一个工具都是一个新的视角。
1K10发布于 2021-01-21 - 来自专栏生信技能树
IMvigor210CoreBiologies包安装指北
ComplexHeatmap", "corrplot", "DESeq2","dplyr", "DT", "edgeR", "ggplot2", "limma", "lsmeans","reshape2", "spatstat
4.6K30编辑于 2021-12-24 - 来自专栏生信技能树
8个高分杂志的空转数据全套标准分析（多样本）
ST_CRC_LiverMetastasis rm(list=ls()) library(dplyr) library(patchwork) ## We need to load a previous version of spatstat
51410编辑于 2025-11-20 - 来自专栏生信菜鸟团
复现单细胞结合常规转录组的Nat Med文章数据挖掘部分
requireNamespace("spatstat",quietly = TRUE)) install.packages("spatstat") if(!
98320编辑于 2023-08-23 - 来自专栏单细胞天地
空间信息在空间转录组中的运用
Aq78xAEACAAJ https://stackoverflow.com/questions/61661388/converting-a-png-file-to-a-window-owin-file-in-spatstat
2.7K41发布于 2020-12-24 - 来自专栏单细胞天地
应用空间统计学分析空间表达数据
library(SeuratData) library(cowplot) library(ggplot2) library(sp) library(grid) library(raster) library(spatstat
1.8K20发布于 2021-01-12 - 来自专栏生信技能树
应用空间统计学分析空间表达数据
library(SeuratData) library(cowplot) library(ggplot2) library(sp) library(grid) library(raster) library(spatstat
1.5K20发布于 2021-10-22 - 来自专栏单细胞天地
CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析
plotGeneExpression(cellchat, signaling = "CXCL") #> Registered S3 method overwritten by 'spatstat': #
39.2K613发布于 2021-08-20
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