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课前准备----nicheDE与nicheLR
,'Spatial',vignette_library_matrix,vignette_deconv_mat,sigma = c(1,100,250))矩阵转Niche-DE#load counts matrixdata ("vignette_counts")#load coordinate matrixdata("vignette_coord")#load expression profile matrixdata(" vignette_library_matrix")#load deconvolution matrixdata("vignette_deconv_mat")#make Niche-DE objectNDE_obj = CreateNicheDEObject(vignette_counts,vignette_coord, vignette_library_matrix ,vignette_deconv_mat, sigma = c(1,100,250))计算和划分Niche（Calculation of the
18700编辑于 2024-08-12- 来自专栏优雅R
「R」R 基础语法与获取帮助
比如，如果我们想要得到grDevices包的帮助文档，可以使用： > library(help="grDevices") 有些函数（尤其是Bioconductor中的函数）会包含至少一个指南文档（vignette 可以使用vignette命令来查看指南文档。 比如，查看affy包的指南文档： > vignette("affy") 想要查看已加载的所有包中的指南文档，可以使用下面命令： > vignette(all=FALSE) 想要查看已安装的所有包的指南文档 ，使用： > vignette(all=TRUE) 最后介绍一下在实战中如何去搜索和学习一个 R 包： 打开浏览器，使用你自己最喜欢的搜索引擎 使用 CRAN 包名（优先）或Bioconductor
79311发布于 2020-07-06 空转数据分析之特异性生态位基因依赖的细胞通讯
,'Spatial',vignette_library_matrix,vignette_deconv_mat,sigma = c(1,100,250))矩阵转Niche-DE#load counts matrixdata ("vignette_counts")#load coordinate matrixdata("vignette_coord")#load expression profile matrixdata(" vignette_library_matrix")#load deconvolution matrixdata("vignette_deconv_mat")#make Niche-DE objectNDE_obj = CreateNicheDEObject(vignette_counts,vignette_coord, vignette_library_matrix ,vignette_deconv_mat, sigma = c(1,100,250))计算和划分Niche（Calculation of the
79120编辑于 2024-04-09- 来自专栏BioIT爱好者
R 语言常用操作与函数汇总
function) 自动运行该函数帮助文档中的例子 example(function) 展示一些包中 demostration demo("package") 有的包，特别是 bioconductor 的包有 vignette ，用函数查看 vignette('mypackage') 查看 vignette openVignette('mypackage') 搜索 R 网站上的 "helpinfor" 相关信息 RSiteSearch
86920发布于 2021-10-15 《URP管线中后处理效果的创新应用与优化实践》
在解决性能问题的同时，开发团队发现部分后处理效果叠加后出现视觉异常，例如Color Grading与Grain效果叠加时，画面出现局部偏色（森林场景的绿色区域出现泛黄现象），Bloom与Vignette 针对Bloom与Vignette的叠加异常，开发团队调整了后处理效果的执行顺序—将Vignette效果的执行时机从“Bloom之后”改为“Bloom之前”，先通过Vignette暗化画面边缘，再对整体画面进行 Bloom计算，避免Bloom的光晕在画面边缘被Vignette截断，使光晕过渡更加自然。 通用执行顺序遵循“从基础调整到风格强化”的逻辑：第一步执行Color Grading（色彩校准），为画面奠定整体色调基础；第二步执行Vignette（暗角），引导玩家视线聚焦；第三步执行Depth of （偏蓝）+ Vignette（中强度）+ Depth of Field（中强度）+ Bloom（低强度）”，突出庄严冷峻的基调；洞穴场景开启“Color Grading（偏红）+ Vignette（高强度
43200编辑于 2025-09-16- 来自专栏大猫的R语言课堂
SAS or R：谁更适合你？（四）
当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的 ” 其实，大猫写这段的目的不是比较两种语言的support孰优孰劣，而是告诉大家在选择语言的时候，一定要选择well supported 在这里大猫的建议是：如果软件的文档写的非常好，比如SAS，那么多看看里面的example对于解决你的问题很有帮助，如果文档比较难懂，那我们还有其他方法—— 2）Introduction/vignette 对于R而言，就是那些vignette了，一般使用广泛的R包都拥有不止一篇的vignette，甚至还拥有自己的网站。 所以当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的，这至少说明这个包还拥有旺盛的生命力，许多人在用他。
1K30发布于 2020-10-23 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
93-R分享06-Rmd的多种输出格式
handouts in the style of Edward Tufte tufte::tufte_book[18] - PDF books in the style of Edward Tufte html_vignette [19] - R package vignette (HTML) github_document[20] - GitHub Flavored Markdown document 输出为md 格式 参考： tufte-handouts.html [18]tufte::tufte_book: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/tufte-handouts.html [19]html_vignette : https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/r-package-vignette.html [20]github_document: https://rmarkdown.rstudio.com
3K20编辑于 2022-02-09 - 来自专栏生信技能树
GitHub的R包毕竟没那么可靠，你要学会自己解决报错
- re-building ‘FACETS.Rnw’ using Sweave Loading required package: pctGCdata Error: processing vignette re-building ‘FACETS.Rnw’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘FACETS.Rnw’ Error: Vignette status: 1, stdout + stderr (last 10 lines): E> Loading required package: pctGCdata E> Error: processing vignette ‘FACETS.Rnw’ E> E> SUMMARY: processing the following file failed: E> ‘FACETS.Rnw’ E> E> Error: Vignette
1.7K10发布于 2020-02-20 - 来自专栏哈雷彗星撞地球
iOS 中的CIFilter(基础用法)
setValue(croppedImage, forKey: kCIInputBackgroundImageKey) // 6 let vignette = CIFilter(name: "CIVignette") vignette?. outputImage, forKey: kCIInputImageKey) vignette?. setValue(intensity * 2, forKey: "inputIntensity") vignette?. setValue(intensity * 30, forKey: "inputRadius") // 7 return (vignette?.
2.5K30发布于 2018-08-22 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
11. R studio/R 工具指南（十：本地安装R 包）
- re-building ‘FACETS.Rnw’ using Sweave Loading required package: pctGCdata Error: processing vignette ‘FACETS.Rnw’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘FACETS.Rnw’ Error: Vignette status: 1, stdout + stderr (last 10 lines): E> Loading required package: pctGCdata E> Error: processing vignette ‘FACETS.Rnw’ E> E> SUMMARY: processing the following file failed: E> ‘FACETS.Rnw’ E> E> Error: Vignette
2.8K20编辑于 2021-12-17 - 来自专栏简说基因
R医学科研：R语言简介
foo为关键词搜索在线文档和邮件列表存档 apropos(“foo,” mode=“function”) 列出名称中含有foo的所有可用函数 data() 列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集 vignette () 列出当前已安装包中所有可用的vignette文档 vignette(“foo”) 为主题foo显示指定的vignette文档
1.2K20编辑于 2022-04-12 - 来自专栏技术总结
Swift3.1动画之Core Image
setValue(croppedImage, forKey:kCIInputBackgroundImageKey) //6 合成输出上运行晕影滤镜(vignette filter)，使照片的边缘变暗 let vignette = CIFilter(name:"CIVignette") vignette?. outputImage, forKey:kCIInputImageKey) vignette?. setValue(intensity * 2, forKey:"inputIntensity") vignette?. setValue(intensity * 30, forKey:"inputRadius") //7 返回滤镜的输出 return vignette!.
2K80发布于 2018-05-22 - 来自专栏开源部署
HP刀片安装系统或ESXi
javax.portlet.endCacheTok=com.vignette.cachetoken&javax.portlet.prp_ba847bafb2a2d782fcbb0710b053ce01= wsrp-navigationalState%3DdocId%25253Demr_na-c02787254%25257CdocLocale%25253Dzh_CN&javax.portlet.begCacheTok=com.vignette.cachetoken
1.8K10编辑于 2022-06-30 - 来自专栏优雅R
「Workshop」第六期：R 包开发
use_readme_rmd()/usethis::use_readme_md() NEWS - usethis::use_news_md() CITATION - usethis::use_citation() Vignette - usethis::use_vignette() Pkgdown - usethis::use_pkgdown() and pkgdown::build_site() 自动集成 rlib/actions
1.1K30发布于 2020-07-03 - 来自专栏数据驱动实践
R语言绘制靓图--ggthemr、gsci、tvthemes主题包
flat Base 16 flat dark Base 16 camouflage chalk copper grape 2 ggsci install.packages("ggsci") vignette scale_fill_aaas() + ggtitle("scale_fill_aaas()") grid.arrange(p1_aaas, p2_aaas, ncol = 2) 更多图片示例，请查看 vignette
84130发布于 2021-10-11 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞｜RNA-seq & ATAC-seq 联合分析
/vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyte_sorted_10k_filtered_feature_bc_matrix.h5") fragpath <- ".. /vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyte_sorted_10k_atac_fragments.tsv.gz" # get gene annotations for /vignette_data/multiomic/pbmc_multimodal.h5seurat", assays = list("SCT" = "counts"), reductions = 'spca
71310编辑于 2024-06-18 - 来自专栏DeepHub IMBA
进行图像增广（数据扩充）的15种功能总结和Python代码实现
= np.array(range_vignette) self.random_sign = random_sign def __call__(self, X, Y): -w/2, w/2, w), np.linspace(-h/2, h/2, h)) x, y = np.abs(x), np.abs(y) # create the vignette vignette = (x + y) / 2 * np.random.uniform(*self.range_vignette) vignette = np.tile( vignette[..., None], [1, 1, 3]) sign = 2 * (np.random.random() < 0.5) * (self.random_sign) - 1 X = X * (1 + sign * vignette) return X, Y 镜头变形 最后，这是一种非常好的方法。
8.3K52发布于 2020-07-16 - 来自专栏力哥聊运维与云计算
HP ILO 固件刷新失败处理方法
wsrp-navigationalState%3DdocId%253Demr_na-c01878920-1%257CdocLocale%253D%257CcalledBy%253D&javax.portlet.begCacheTok=com.vignette.cachetoken &javax.portlet.endCacheTok=com.vignette.cachetoken 英文版 使用HP Smart Update Firmware DVD Version 9.30 http
2.7K30发布于 2019-06-28 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞分析｜Seurat中的跨模态整合
有关在R中本地运行的更多详细信息，请参见此vignette中的ATAC数据部分。 我们遵循Signac包vignette中的加载说明。请注意，使用Signac时，请确保您使用的是最新版本的Bioconductor，因为用户在使用较旧的BioC版本时报告了错误。 inputdata.10x <- Read10X_h5("/brahms/hartmana/vignette_data/pbmc_cellranger_arc_2/pbmc_granulocyte_sorted annotations) <- 'UCSC' genome(annotations) <- "hg38" # 包含ATAC每个片段信息的文件 frag.file <- "/brahms/hartmana/vignette_data
60710编辑于 2024-04-02 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
空间单细胞｜基于图像的数据分析（3）
nano.obj <- LoadNanostring(data.dir = "/brahms/hartmana/<em>vignette</em>_data/nanostring/lung5_rep1", fov = " lung5.rep1") # add in precomputed Azimuth annotations azimuth.data <- readRDS("/brahms/hartmana/vignette_data coord.fixed = FALSE) Reference [1] Source: https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_spatial_vignette
48710编辑于 2024-07-05
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