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背景:我正在尝试分析一些RNAseq数据，需要编写一个for循环来通过STAR读取所有成对结束的fastq文件。 这是我现在拥有的代码： #!
浏览 23提问于2020-09-04得票数 1
我有一个我能理解或解决的问题。我从GEO下载了GSE115262。。我想从GSM3172784HC$annotation.gene_name中提取基因名称。当我这样做的时候，我得到的是数字，而不是基因的名字。如何获得字符值？如果运行Str()，将得到$ annotation.gene_name : Factor w/ 56233级别"5_8S_rRNA“、"5S_rRNA”、..：53514 52750 11836 48738。我们看到我有号码。如果我运行head()并查看GSM3172784HC$annotation.gene_name，我会得到基因名称，这就是我想要的。我怎
浏览 0提问于2020-06-16得票数 0
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我正在尝试学习RNAseq分析的基本工作流程:从将读数对齐到基因组，通过评估读数对齐质量，到通过计算读数来测量基因表达水平。
浏览 1提问于2013-01-13得票数 0
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我正在尝试从RNAseq结果摘要文件中提取几个基因集的数据： ? 示例基因列表： ? 我正在使用Excel首先突出显示重复的基因，对摘要文件进行排序，然后复制所需的数据。
浏览 24修改于2020-06-12得票数 0
我有一个表示RNAseq结果的大型稀疏矩阵，其中列是不同的条形码，行是不同的特性。有一个条形码子集，我想提取，以供进一步分析。我有一个表，其中包含我想提取的特定条形码号码。我该怎么做呢？
浏览 1提问于2021-06-15得票数 0
====================================nextflow run nf-core/rnaseq --aligner histat2 -profiletest,docker-[nf-core/rnaseq] Pipeline completed with errors-
WARN: To render the executionError executing process > 'NFCORE_RNASEQ:R
浏览 7修改于2021-09-10得票数 1
.ht2l bob.6.ht2lbob.8.ht2l
steve.1.ht2l ....steve.8.ht2l and so on 和sereval RNAseq我想将所有的rnaseq reds与基因组进行比对。
浏览 7修改于2019-12-29得票数 0
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我有几个带有后缀.1.ht2l到.8.ht2l的基因组文件...steve.1.ht2l steve.8.ht2lflower_kevin_1.fastq.gzflower_daniel_1.fastq.gz我需要使所有的rnaseq读对每个基因组
浏览 0修改于2020-01-16得票数 0
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我有一个.csv文件，它包含第一列中的基因名称和后续列中每个患者的每个基因的“每百万条转录数”计数。有56,632个基因被读取，并且似乎有许多重复的基因ID。下面是我的数据矩阵示例：TSPAN6 1.45 1.30 1.53 1.35 1.50DPM1
浏览 0提问于2015-10-24得票数 0
", "CPBT_0001_1_tumor_RNASeq", "CPBT_0008_1_tumor_RNASeq</em
浏览 2修改于2017-03-29得票数 0
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1回答
如何加快创建对象和应用函数的重复任务？
substring、summary、对象、函数、图表
我正在尝试加快以下任务： # For retrieving Cancer Genome Atlas RNAseq data
summary(SKCM_sampletypeOther objects I like to apply this function are (I have
浏览 285提问于2018-06-08
├── C021_0003_001409_tumor_RNASeq.tar.gz├── C021_0005_001661_tumor_RNASeq.tar.gz├── C021_0008_001699_tumor_RNASeq.tar.gz_tumor_RNASeq.tar.gz
├── C021_0012_001825_
浏览 3修改于2016-08-08得票数 3
下面的df称为RNASeq2 1 TCGA-3C-AAAU-01A-11R-A41B-07 TCGA.3C.AAAU<- RNASeq2[RNASeq2$Substrng_RNASeq2Norm %in% intersect_samples,]RNASeq_filtered <- RNASeq2[RNASeq</e
浏览 14修改于2019-10-29得票数 2
下面是我运行的脚本：
Rscript RNASeq_QC_run.R -v 1 --count ~/devel/R/projects/rnaseq_qc/data/DataTest_Count_expression_generic2out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf'.**cropping /private/tmp&#x
浏览 4修改于2015-03-16得票数 0
我正在尝试加速以下任务：
summary(SKCM_sampletypeOther objects I like to apply this function are (I have
浏览 22提问于2018-06-02得票数 -1
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我正在尝试同步两个s3存储桶：但是我得到了以下错误第二个存储桶是我的，我可以访问它： DIR s3://<em
浏览 14提问于2016-07-20得票数 1
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$ -pe openmp 8
STAR --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --readFilesIn/d
浏览 0提问于2017-10-10得票数 0
工作流程要求组织所有数据文件，以便每个原始读取文件都以分析类型(RNASeq、DNaseSeq等)开头。并且此文件名约定在工作流生成的所有文件中都保持不变。我有一个规则来对齐除RNASeq之外的每个分析的数据读数，还有一个仅应用于RNASeq数据的不同规则。我在设置这些规则时遇到了麻烦，这样snakemake才能知道对哪些文件使用哪些规则。在RNASeq规则中，我有以下内容：这将确保RNASe
浏览 5提问于2017-10-21得票数 1
awk 'FILENAME=="/Users/RNAseq/Transcriptomic_results/8_DEseq2/1_Results/StatusResults_sign_DESeq2.csv"{A[$1]=$1}
FILENAME=="/Users/RNAseq/Transcriptomic_results/9_EdgeR/1_Results/StatusResult
浏览 1修改于2013-11-27得票数 0
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我有一个脚本，它可以遍历来自两种不同单元格类型的RNAseq数据，并在另一个数据集中运行一个测试。它适用于这个应用程序，但代码感觉非常粗糙，我知道我会编写很多类似的脚本。方案目标：
from scipy.stats import ttest_ind
rnatest = {'Gene symbol':["GeneA","GeneB"],&qu
浏览 5修改于2020-01-23得票数 5
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