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五月份的学徒专注于GEO数据库里面的表达量芯片数据处理,主要的难点是表达量矩阵获取和探针的基因名字转换,合理的分组后就是标准的差异分析,富集分析。主要是参考我八...
在GEO网站上直接点击下载数据时,可能会遇到下载中断或速度过慢的问题,此时可以尝试以下几种替代方法来获取数据。
一般来说,GEO数据库的每个GPL平台都有对应的网页,而且可以获取其详细信息的txt文本文件,比如:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/g...
一般,我最先会使用 GEOquery这个包进行下载,代码如下,只需要给出 GEO编号,设置 getGPL = T即可,随便给一个GSE编号:GSE228568
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TA 很懒,什么都没有留下╮(╯_╰)╭