AI模型知道Seurat包AggregateExpression/AverageExpression的这个小坑吗？

KS科研分享与服务-TS的美梦

发布于 2026-04-02 13:07:59

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以前还真没有注意，主要是没有遇到上，使用Seurat包AggregateExpression/AverageExpression函数计算基因平均表达量的时候，发现celltype如果有一些特殊字符会发生改变。比如这里遇到的"_"变成"-"，一般没有问题，但是在某些情况的使用下会有问题，主要是因为celltype名称不匹配的问题。如果不知道会导致让人摸不着头脑！

unique(scRNA_Y16$celltype)
#[1] MC     Astro  LAMA   IN_SST OPC    PN_CUX IN_VIP ODC    PN_RO  IN_ID  IN_PV  LAMPs 
#Levels: Astro ODC MC OPC PN_CUX IN_SST IN_VIP LAMA IN_ID IN_PV PN_RO LAMPs Vas

exp = AggregateExpression(scRNA_Y16,
                        features = c("NRXN2" , "DSCAM" , "NRXN3" , "GABBR2" , "ROBO2"),
                        assays = 'RNA')
exp = as.data.frame(exp$RNA)

colnames(exp)
#[1] "Astro"  "ODC"    "MC"     "OPC"    "PN-CUX" "IN-SST" "IN-VIP" "LAMA"   "IN-ID"  "IN-PV"  "PN-RO" 
#[12] "LAMPs"

其实一开始还真想不到是AggregateExpression/AverageExpression的问题，然后查询之后才知道（https://github.com/satijalab/seurat/issues/7893），但是在最新的seurat中会出现warning，提示您这个信息，如果之前的版本不提示那真的是抓耳挠腮！

exp = AverageExpression(scRNA_Y16,
                         features = c("NRXN2" , "DSCAM" , "NRXN3" , "GABBR2" , "ROBO2"),
                         group.by = 'celltype',layer = 'data',assays = 'RNA')
#Ahis message is displayed once per session.
#Names of identity class contain underscores ('_'), replacing with dashes ('-')

那么我们看看AI知不知道这个事呢？把我们的项目直接塞进去询问，它很明显找不到问题！