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没有将“DefaultAssay”应用于类“列表”对象的适用方法
我首先提取了B细胞的部分,并将其定义为
pbmc
。然后我试着分析里面的线粒体。但是,我得到了以下错误,我不知道如何修复它。
pbmc
[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(
pbmc
, pattern = "^mt-")library(dplyr)library(patchwork)setwd(
浏览 32
修改于2022-04-20
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回答
使用BioPython将FASTA seq_ID替换为来自dict的新ID
was_445_cDNA_v01VT':'446_cDNA_v01VT', '446_was_445_cDNA_v03VT': '446_cDNA_v03VT', '428
PBMC
_2_V3': '428_
PBMC
_2_V3', '428
PBMC
_3_V3': '428_
PBMC
_3_V3', '428
PBMC
_4_V3
浏览 1
修改于2018-08-14
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1
回答
加载数据错误(Read10X,Seurat引导的集群教程)
加载
PBMC
数据集如图像所示,我已经设置了工作目录。") BiocManager::install("mul
浏览 3
修改于2020-06-20
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1
回答
用于每个群集的FeatureScatter的facet_grid
我想要绘制的两个特性是由feature1和feature2定义的,方面应该是我的对象中定义为
pbmc
.big$seurat_clusters中的级别的集群。FeatureScatter(object =
pbmc
.big, feature2 = "percent.mito
浏览 12
修改于2021-02-10
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1
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带有函数的For循环(来自r包)问题
library(Seurat) DoHeatmap(object
浏览 11
修改于2020-01-16
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1
回答
通过匹配文本文件bash中的键值来重命名文件
/Monos/SRR3.fastqSRR1
pbmc
-1SRR3 mono-2./PBMCs/
pbmc
-1_1.fastq./Monos/mono-1.fastq .
浏览 2
修改于2022-10-01
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2
回答
从数据帧中的两列中删除NAs向上移动
我有这个数据框 atac.v1.
pbmc
.5k.possorted.bam.bam possorted.bam.bam chr1.9941.10736652 343 我想要删除NAs,并获得以下内容: atac.v1.
pbmc
浏览 20
提问于2020-07-22
得票数 0
3
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如何将标题中的“日期”列格式化为日期
structure(list(source = c("Track", "Track", "Track", "Track", ), collection_date = c("39646", "
浏览 3
提问于2022-08-06
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1
回答
Seurat数据可视化
嗨,我正在使用公共数据
pbmc
来练习单细胞分析,我在这一点上被这个错误信息卡住了。刚从R开始,遇到困难,有人能给一个指针吗?非常感谢代码: RidgePlot(
pbmc
3k.final,features = features,ncol = 2) FetchData.Seurat中的错误(对象=对象
浏览 3
修改于2022-08-11
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2
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即使在index_reset之后,Concat也创建了Nan值
import shuffle# remove first col from training datasetdata2 = pd.read_csv('/home/katerina/Desktop/
PBMC
_
浏览 13
提问于2021-12-28
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1
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使用ggplot2有选择地向点添加纹理
Blood Sample3 Blood Sample4 BM Sample5 BM Sample6
PBMC
Sample7
PBMC
..... ....geom_point(色=因数(df1 2,1),大小= 5)+实验室(color= "Color_Code") +scale_colour_manual(引导=‘传奇’,名称=‘联想’,标签=c(“血”,"BM","
浏览 0
修改于2021-05-06
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2
回答
如何在新df中配置和保存其他变量
(nominal) 37 Normal""12-Lead Electrocardiogram (EG) at Log Pages (Dosing, ECG,
PBMC
, Biomarkers, PK)", "12-Lead Electrocardiogram (EG) at Log Page
浏览 3
修改于2021-10-10
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回答
返回破碎的base64图像
我通过以下方法获取图像数据:此返回,例如,以下字符串:然后,输出总是中断(最后的源如下所示): <img src="data:image/jpeg;base64,PGJyIC8+CjxiPldhcm5
pbmc
8L2I
浏览 3
修改于2016-03-17
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回答
你好,我想用我的数据集在R中创建tsne图。但是当我写命令的时候,我得到了这个错误
= "zdata.matrix.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T) meta_data <- read.table(file = "atac_v1_
pbmc
浏览 20
修改于2020-04-06
得票数 0
1
回答
如何创建形状的Numpy数组X (2638,1838),为一个数据create有形状(2638,1840)?
这是我的代码: import numpy as np df = pd.read_csv('
pbmc
_data.csv', index_col
浏览 3
修改于2021-03-11
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2
回答
R循环将输出赋值给新的向量
cluster.assignment <- c("1 Unknown", "1 Unknown", "2 Neuron","3 Value1 <- c("a","ba 1913 2 Neuron c 178 4 3
PBMC
浏览 9
提问于2018-09-05
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1
回答
^符号在R正则表达式中是什么意思?
以下是背景:这个命令只用于从一大串基因中提取线粒体基因。
浏览 2
修改于2019-11-29
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改变RMarkdown输出的pdf中所有标头的颜色
---author: "Koundinya Desiraju" pdf_document: highlight
浏览 4
提问于2015-03-30
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回答
sqlite3.OperationalError:靠近"CSV1":语法错误
Sample_platform_id
PBMC
_S.pneumoniae_INF009, GSM173179, Public on march 16 2007, ribonucleic acid,
浏览 0
修改于2015-01-02
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2
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pandas df:添加列如果不存在,则从dict向新列添加值
RNA BMMC. '
PBMC
':['CD4','NK', 'CD8'], 'PB': ['cDNA
浏览 42
提问于2018-07-27
得票数 3
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